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AMBERとNAMDについて知ってる奴ら集合!

1 :名無しさん@3周年:04/10/28 18:32:34
AMBERとNAMDの大きな違いってなんですかね?
AMBER使ってたんですけどNAMDに変えようかと思いまして.
分子構造の引っ張りや圧縮ならNAMDって聞いたんですが・・・・

2 :名無しさん@3周年:04/10/28 20:16:29
これからは、最低でも密度汎関数法と組み合わせた
第一原理計算でないと全部リジェクトだ。


3 :名無しさん@3周年:04/10/28 20:51:15
そんな小せー話じゃねーんだよ!

4 :名無しさん@3周年:04/10/28 20:52:48
古典論的な力場が許容されるのは、惑星スケールのシミュレーションのみ。


5 :名無しさん@3周年:04/10/28 21:23:23
計算機しょぼいんだよ..許してくれ

6 :名無しさん@3周年:04/10/31 16:32:46
MDMA

7 :名無しさん@3周年:04/11/01 22:59:55
AMBERもNAMDもフリーで使えるの?

8 :名無しさん@3周年:04/11/02 00:27:00
NAMDはフリーですが、AMBERは$400ですね。
NAMD→http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/
AMBER→http://amber.scripps.edu/

9 :名無しさん@3周年:04/11/03 07:47:48
あ ん ば  ぁ 〜

10 :名無しさん@3周年:04/11/04 17:56:37
10ゲット!

11 :名無しさん@3周年:04/11/08 13:11:00
な む ど ぉ 〜

12 :名無しさん@3周年:04/11/19 03:06:26
AMBERでTIP4PやTIP5Pを固定して(IBERRY=1)
MD計算すると… くぁwせdrftgyふじこlp;


13 :1:04/11/19 15:32:55
どういう意味ですか??<12

14 :名無しさん@3周年:04/12/02 00:21:07
>>1

           , ‐‐‐、                , ---、  _
         r‐'´     `ー' ヽ、         r' ´    `´ ヽ,
        ノ    -、     ヽ       ノ   r=ゝr=、  `ヽ
       /  _,,/_ 厂`ー=!    ',      /  ノ-/、 `  ̄{    {
       ),、ィ´/ノ `   -{-l、   }     } _ノ -‐'    ‐ヽ|、   )
      (ハ | r-- 、    )ノ!  「     (ハノ| r ==、   __ ヽ} ノ
       / l      ' ̄ヽ >、 ノ       / .l    ,  ´ ̄ヽ/} r'
     ,、-(/l    ノ    / {ィリ     「 ヽ( }'ヽ 、,,`__,   /rリ
    /:::::::/ )ヽ、 r┐  /'| {-、   「ヽ「:l  l }! |       / {、
   ノ:::::::::::))l:::::::ノ ノ,-‐‐ヘ/ }::l   入 ヽ;} V /(ヽ、 _,、 ' 「::{ ノ::l
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    }:::::::::::\r'ー':::::::!::::::`ー ノ:::「     ヾ`:::^フ冖':::::::l::.::.`:´ノ:::ソ
    ヽ-‐' ´ )::.::.::.::./::.::.r=ニ-┘      ヾ'´」::.::.::.::./::.::./::::::::{
       /;;;´`ー‐‐‐へ,           /;;;``ーーー‐へ`ー┘
       /;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;ヽ         /;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;ヽ
           ひ                 み



15 :名無しさん@3周年:04/12/02 00:21:29


                       ,、ー--‐ ‐--、
                      ,「,r-,        ヽ
                     {  }-!」  、  、 ,ヽ
        _, 、_ノ_      ヽト」ヾ「ヽ、_`‐┐┐」 }
      ,-'´     , -ヽ       」 「ヽ ノ!  フ ∠、__
      「     , /-ハ 、 }       ヽ __  { T>r‐‐、;;{  ヽ、
     ノ   / , イ/「`リ V       _,ヽ、'_,、ィz;;/:::::::::---┐)
     l    、ィ-‐{ { ゙}┐      「:::::::::::「::::)rへ;::::::::::::::::::リ
     イ   {'⌒  `‐' rn     _r'::::::::::::::};::::ハ:::, ヘ::::::::::'´::ヽ、
     {l、_  ーヘ    ( {l _,、‐r'´:::::::;ヘ_/L-}:::「ノ:::`−'ヽ、:::::)
       `lィ「-r-r-イ┘ヽゝ;;;;ヾr‐'´     ヽ−=r::.,- ';;;L
        r‐‐ヽ::;'::{└' ー'´`  ̄           フ;;;;;;;;;;;;;;;;;ヽ,
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       / `ゝへ r'==:l
                   つ



16 :名無しさん@3周年:04/12/04 21:30:01
http://www.gromacs.org/
最近はこのGROMACSというソフトがトレンドらしい??

17 : ◆SP1RWrm9VI :04/12/05 10:35:44
test

18 :名無しさん@3周年:04/12/07 12:20:12
NAMDの方が並列計算のスケーラビリティーが高い。
きっちりベンチを取ってないけど、1CPUで計算した時でも速い時があった。

19 :名無しさん@3周年:04/12/08 06:53:35
すみません
PMEではスケーリングしますでせうか?

20 :名無しさん@3周年:04/12/08 15:40:05
クラスターシステム買おうとおもうんだけど,
何CPUぐらいがいいかな?
どこのがいいとかある?

21 :名無しさん@3周年:05/01/12 15:56:46
NAMD使ってる人って少ないな...orz

22 :山.崎 渉:05/02/22 20:15:17
...これからも僕を応援して下さいね(^^)。   
  
━―━―━―━―━―━―━―━―━[JR山崎駅(^^)]━―━―━―━―━―━―━―━―━―
         
     ∧_∧
ピュ.ー (  ^^ ) <これからも僕を応援して下さいね(^^)。                         
  =〔~∪ ̄ ̄〕                                            
  = ◎――◎                      山崎渉                       
                                
 __∧_∧_                                                 
 |(  ^^ )| <寝るぽ(^^)      
 |\⌒⌒⌒\                                
 \ |⌒⌒⌒~|         山崎渉             
   ~ ̄ ̄ ̄ ̄                            
                            
   ∧_∧                                       
  (  ^^ )< ぬるぽ(^^)      
                                                       
    (⌒V⌒)                    
   │ ^ ^ │<これからも僕を応援して下さいね(^^)。   
  ⊂|    |つ                                
   (_)(_)                      山崎パン 
                                         
     ∧_∧  ∧_∧
ピュ.ー (  ・3・) (  ^^ ) <これからも僕たちを応援して下さいね(^^)。
  =〔~∪ ̄ ̄ ̄∪ ̄ ̄〕                          
  = ◎――――――◎                      山崎渉&ぼるじょあ

23 :名無しさん@3周年:2005/03/30(水) 22:22:28
NAMD2って並列化手法はうまく考えられてるよね
AMBERはまだreplicated data?

24 :名無しさん@3周年:2005/06/22(水) 21:09:02
     .┌━┐    ┌━┐
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同じスレにはコピペ ┌╋┐        ┌╋┐
できるけど、違う  ┃└╋╋━━╋╋┘┃
スレにはコピペでき ┃  ┃┃    ┃┃  ┃
ない不思議コピペ ┃  ┃┃    ┃┃  ┃
           └━┘┘   └└━┘

25 :名無しさん@3周年:2005/07/05(火) 17:00:20
AMBER初心者なんですけど論文や
ttp://www.chpc.utah.edu/~cheatham/cornell_prm
に載ってる二面角のパラメータでX-CA-CA-Xみたいなのがありますけども
X-CA-OS-Xっていうのは存在しないのですか?
他にも別な組み合わせのを探しているんですけど詳しく載っているwebページ
や論文ってありますか?

26 :名無しさん@3周年:2005/07/07(木) 20:40:14
http://www2.bigcosmic.com/board/f/board.cgi?id=135
オドロキ

27 :名無しさん@5周年:2006/10/25(水) 00:50:01
タンパク引張MD職人がいるらしいwktk

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