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構造生物学どうよ part2

1 :名無しゲノムのクローンさん:2006/10/11(水) 01:13:02
構造生物学に関してマターリ語り合いましょう。

前スレ
http://science4.2ch.net/test/read.cgi/life/1065960303/

2 :名無しゲノムのクローンさん:2006/10/11(水) 01:14:41
2


3 :名無しゲノムのクローンさん:2006/10/11(水) 01:21:32
関連スレ

タンパク質のNMR
http://science4.2ch.net/test/read.cgi/life/1054459635/

X線のタンパク結晶化ってどうよ?
http://science4.2ch.net/test/read.cgi/life/1030796416/

他にもあるかな?

4 :名無しゲノムのクローンさん:2006/10/11(水) 06:08:51
横山茂之ってどうよ
http://science4.2ch.net/test/read.cgi/life/1057995154/

5 :名無しゲノムのクローンさん:2006/10/11(水) 06:25:19
参考 'Big science' protein project under fire
Nature vol.443 p.382

But big numbers aren't enough, say vocal critics in Japan. "A lot of it is junk," says
Masatsune Kainosho of Tokyo Metropolitan University, reflecting the
sentiment of many protein researchers contacted by Nature.
He says a lot of the structures solved so far are similar, and
relatively easy: "They've gone after a lot of low-hanging fruit."
The criticism is compounded by a shifting benchmark.
Japan's contribution of 3,000 protein structures was supposed
to form a third of about 10,000 protein folds thought to exist.
That number has now jumped to 16,000 by Yokoyama's estimation
and may be 30,000 according to others.


6 :名無しゲノムのクローンさん:2006/10/14(土) 18:40:36
タンパク3000の成果のデータベースってなんで拠点ごとのものと全体のものと作るわけ?
重複して無駄じゃん。



7 :誰か:2006/10/14(土) 18:43:29
オオムラサキの糸って何のためにあるの?

8 :名無しゲノムのクローンさん:2006/10/14(土) 18:46:22
http://jrecin.jst.go.jp/html/kyujin/main/D106100801.html
東京工業大学
大学院生命理工学研究科生体分子機能工学専攻 
生体分子物性講座生体分子物性分野
分野: 生体高分子の固体構造及び物性,高分子のNMR構造解析について研究と
学部・大学院学生の教育を井上義夫と協力して行っていくことが可能な方
助手
募集期間 年月日 - 2006年10月14-30日
http://www.titech.ac.jp/employment/j/employment-j.html


9 :名無しゲノムのクローンさん:2006/10/14(土) 18:54:52

58 :名無しゲノムのクローンさん :2006/10/14(土) 11:38:12
>>55>>56
おいおい、KNSなんてお仲間中のお仲間だろが。
Nにわざわざ名前晒して批判めいたこと書いてるのは、
オープンに批判の出来るちゃんとしたコミュニティだってアピールと
本当にヤバイ話を突っ込まれないように、認めても大丈夫なところで
ガス抜きを図ってるんだよ。政治だよ政治。


10 :名無しゲノムのクローンさん:2006/10/16(月) 13:54:45
N木先生またN articleだね。今年でCNS3報ってすげぇな

11 :名無しゲノムのクローンさん:2006/10/16(月) 15:28:14
>10

本来の能力発揮してるだけでしょ。いままではY山先生に吸い取られてただけ。
逆にY山グループは凋落の一途。

12 :名無しゲノムのクローンさん:2006/10/21(土) 00:47:19
昨日久しぶりにYさんを見た。
思わず殴りかかりそうになって、必死にこらえた。

13 :名無しゲノムのクローンさん:2006/11/03(金) 00:23:11
就職先が見つからないあげ

14 :名無しゲノムのクローンさん:2006/11/03(金) 02:40:24
NMR?X線?

15 :名無しゲノムのクローンさん:2006/11/03(金) 02:46:07
>>14
NMRですが何か?

16 :名無しゲノムのクローンさん:2006/11/03(金) 03:33:46
Yさんに雇ってもらえばいいのに

17 :名無しゲノムのクローンさん:2006/11/03(金) 11:52:21
2006年日本発構造生物関連Nature
Architecture of ribonucleoprotein complexes in influenza A virus particles.
Nature. 2006 Jan 26;439(7075):490-2.
Optimal isotope labelling for NMR protein structure determinations.
Nature. 2006 Mar 2;440(7080):52-7.
Structural basis for the spectral difference in luciferase bioluminescence.
Nature. 2006 Mar 16;440(7082):372-6.
Snapshots of tRNA sulphuration via an adenylated intermediate.
Nature. 2006 Jul 27;442(7101):419-24.
Crystal structures of a multidrug transporter reveal a functionally rotating mechanism.
Nature. 2006 Sep 14;443(7108):173-9.
Complete crystallographic analysis of the dynamics of CCA sequence addition.
Nature. 2006 Oct 26;443(7114):956-60.

タンパク3000大成功!

18 :名無しゲノムのクローンさん:2006/11/04(土) 18:07:47
↑チンパク3000じゃないのも入ってるけどな。

19 :名無しゲノムのクローンさん:2006/11/04(土) 19:37:32
>>12
その場所に君の銅像が建つかもね

20 :環境学者:2006/11/06(月) 13:50:14
全ての動物は利己的に生存しているといわれている。たとえば、ハチは花の蜜を吸う時間
を何秒にするか、1日何回にするか決まっていてそのとおり活動しているというのだ。
別にハチが頭で考えてそう行動しているのではない。たまたま、このように活動したハチが、
多く生存し遺伝子を残したからなのである。
そこで、人間の世界に目を向けてみることにする。
最近の話だが、ある学生が線路に落ちている男性を命の危険があるにもかかわらず助け
ようとしたが、電車にはねられ無残にも命を落としたというニュースがあった。
先にも述べたように全ての動物は利己的に生存しているといわれている。
しかしどうだろう、人間は自らの欲求を犠牲にしても生きたり、人を助けたりするのではない
だろうか。なにも、自分自身のことだけを考えて生きているわけではないだろう。
僕は、そこに人間の生きる意味を感じるのである。

21 :名無しゲノムのクローンさん:2006/11/07(火) 13:22:37
>11
いかにうまく共同研究するか、という能力の差だね。
構造はおもしろいタンパク質を見つけ、そしてそいつを発現・可溶化するようにすることが難しい。
N木先生は国内にあるたくさんのネタを拾って、発現系とさらにはタンパク発現のノウハウごと仕入れる。
アメリカじゃ同じ建物内のラボ同士とかでよくやってそうだけど、日本ではあまりこういうとこがなかった。
日本発のネタを総取りだから、これからもいい構造がでてくるんじゃないの?
Y山さんなんぞはまったく逆。全部自分でやる、って言い張って独占するので嫌われているようだね。

22 :名無しゲノムのクローンさん:2006/11/14(火) 23:30:07
KNSは潰してやるって、お役人と言ってたよ。

23 :名無しゲノムのクローンさん:2006/11/14(火) 23:58:16
>>21
300人からぶら下がってるんだから、自前でやんないと手が余ってしょうがないんだろ。

24 :名無しゲノムのクローンさん:2006/11/21(火) 14:07:45
>>22
kwsk!!

25 :名無しゲノムのクローンさん:2006/11/22(水) 01:13:21
もともと都立大でもてあまされていたらしい knsはこのまま終わるかもね

26 :名無しゲノムのクローンさん:2006/11/28(火) 02:51:06
前スレ終わったみたいだな。

27 :名無しゲノムのクローンさん:2006/11/29(水) 01:12:57
位相決まんないです。
SeMetもダメ。水銀もプラチナもサマリウムも鉛も金もルテチウムも
一通り試したけどみんなダメでした。SeMet以外で位相決定に苦労された先輩方
何かアドバイスがあったらよろしくお願いします。
あ、ちなみに新規構造なのでおそらく分子置換も厳しいです。

28 :名無しゲノムのクローンさん:2006/11/29(水) 01:26:48
ネイティブの分解能が高いならS-SADやってみたら?

29 :名無しゲノムのクローンさん:2006/11/29(水) 01:53:37
>27
Hamptonのキットにある重原子化合物全部試しなさい。同じ重原子でも化合物が異なると全く違う挙動を示します。
まず反射が出なくなる濃度を決めて次にそれを10倍希釈して反射が出なくなるかどうか調べます。
反射が出てまともにデータセットを取れるぎりぎりの重原子濃度が決まったら1セットとってみて差パターソン。ピークが出なかったら
重原子濃度を薄めて(またはソーキング時間を短くして)またデータセットをとります。
上記をきれいに解釈できる差パターソンが得られるまでひたすら繰り返しなさい。後のことは指導教官にでも聞きなさい。



30 :名無しゲノムのクローンさん:2006/11/29(水) 08:28:34
>27
Xeガス。
PFに装置一式あるから使わせてもらえ。

31 :名無しゲノムのクローンさん:2006/11/29(水) 09:19:12
>>25
こないだ国内のNMRの有名な先生にきいたらY vs Knsは「私闘」なんだってさ。

32 :名無しゲノムのクローンさん:2006/11/30(木) 10:25:09
>>27
・ハロゲンソークはどうだ?
うちのラボでは成功したことはないが、世界的にはけっこうメジャーな方法になりつつある印象がある。
分解能次第だろうが。

・Seはどうダメだったんだ?
 タンパクがとれない?
 結晶化しない?
 分解能が悪い?
 サイトが決まらない?
 マップが解釈できない?
俺はSeの結晶化条件がNativeと違っていて相当苦労したが、それでも古典的な重原子法より早く解けたぞ。

33 :名無しゲノムのクローンさん:2006/12/01(金) 12:00:45
廃液処理の学内規則でSeが使えないところってある?

34 :名無しゲノムのクローンさん:2006/12/04(月) 01:02:30
結晶は大変だな

35 :名無しゲノムのクローンさん:2006/12/05(火) 00:51:32
だが結果が出ればインパクトおおきいでつからね

36 :名無しゲノムのクローンさん:2006/12/05(火) 12:53:09
>35
いまじゃ構造インフレだからインパクトの大きいものってのも難しい。
ただ、他の分野と違って、結晶でて構造さえ出れば、たとえ先越されてもどっかのジャーナルには載る。
昔ほどNatureやScienceに載りにくくなったとはいえ、トライし続ければ業績は増えていくという点では楽。
教授はタダ働き学生集めてとにかく結晶作らせれば論文が生産できるから、とてもオイシイ
その陰では多くの学生やポスドクが・・・

37 :名無しゲノムのクローンさん:2006/12/23(土) 19:31:45
東工大のN木(元Y研)ってどうなのでしょうか??
>36さんのように学生は教授の言うようにしか研究させてもらえないと聞きました。
N木研からはCNSが出ているのですが、実態を知りたいです。

38 :名無しゲノムのクローンさん:2006/12/23(土) 21:03:37
ピペット土方が教授の言いなりにならないなんて思い上がるな!

  当  然  完  全  服  従


  

39 :名無しゲノムのクローンさん:2006/12/23(土) 21:34:23
>>37
結晶作って解くってラボで、享受の言うようでないってどういうこと?
対象にするタンパク質に異を唱えるってこと?
それとも、発現方法や結晶化の条件に異を唱えるの?

40 :名無しゲノムのクローンさん:2006/12/25(月) 13:38:22
結晶作って解くだけが、結晶ラボの仕事じゃないでしょ?
結晶の前に遺伝子操作とかやらなきゃいけない仕事を、俺は享受が全て正しいとは
思わないけどね。

経験値は享受が上、でもそれは運良く事を運んできた人が灯台のY研出身者には多いでしょ。
実際、周りのY研出身者は意味不明な理論唱える人多いし。

可哀想なD君たちの気持ちを俺はすごく理解できるな。


41 :名無しゲノムのクローンさん:2006/12/25(月) 13:47:09
http://jrecin.jst.go.jp/html/kyujin/main/D106121244.html
京都大学理学研究科特別講座准教授の公募
任期付き

wordファイルをダウンロードしないと何も読めないつうのはやめてほすぃ

42 :名無しゲノムのクローンさん:2006/12/26(火) 01:41:48
>>37
この業界で学生が好き勝手やって結果出すとか難しいんじゃない?
最初は言いなりでもあんだけ結果が出てりゃいいじゃないか。N木さんのところの実際は知らないが
どこでも最初はボスのいうサンプルやってみるところが多いんじゃないかな。

43 :名無しゲノムのクローンさん:2006/12/26(火) 02:23:13
最初にもらったサンプルが上手くいくかは重要だよな

44 :名無しゲノムのクローンさん:2006/12/26(火) 06:15:44
学生レベルで思いつくことはとっくの昔に誰かがやってる

45 :名無しゲノムのクローンさん:2006/12/26(火) 07:25:21
生物学的には精子も生命体?

46 :名無しゲノムのクローンさん:2006/12/26(火) 16:40:57
おれ、今さらながらにようやく勝手にやり始めたし、下にも勝手にやるようにそそのかしてる。
だってこんなテーマで解けても職ないし。
共同研究者が…だし。

47 :名無しゲノムのクローンさん:2006/12/27(水) 00:18:32
構造生物学ほど地雷臭のする分野も珍しい

48 :名無しゲノムのクローンさん:2006/12/27(水) 13:51:52
ポスト3000の陣取り合戦だ!
ポスドク3000の間違いじゃないかっていうあの巨大グループの跡地をぶん取るぞ!

49 :名無しゲノムのクローンさん:2006/12/27(水) 23:07:46
淡白3000が残したのは大量のポス毒

50 :名無しゲノムのクローンさん:2006/12/31(日) 01:50:38
http://science4.2ch.net/test/read.cgi/life/1057995154/705

51 :名無しゲノムのクローンさん:2007/01/01(月) 12:18:10
>>47
地雷どころかすでに焼け野原ですが何か?
所詮生化学、医学の下請けですから。構造ラボは。

52 :名無しゲノムのクローンさん:2007/01/05(金) 03:28:18
ポスト3000どうなるの?

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