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量子化学の話題はこのスレで CCSDTQ

1 :1:05/01/01 07:44:11
年も変わってこのスレもいよいよ4スレ目。
理論についての話からツール類の使い方まで
いろいろ話しちゃってくだせぇ。

荒れそうになったらその話題は即中止。
守れない人は CCSDTQ の超高速プログラムを自作してフリーで公開すること。

前スレ 量子化学の話題はこのスレで MP3
http://science3.2ch.net/test/read.cgi/bake/1083363576/

2 :あるケミストさん:05/01/01 07:44:42
過去スレ

量子化学の話題はこのスレでパート2
http://science2.2ch.net/test/read.cgi/bake/1069578310/
!量子化学の話題はこのスレで!
http://science2.2ch.net/test/read.cgi/bake/1000923327/

3 :あるケミストさん:05/01/03 09:59:29
>>1
乙!

4 :あるケミストさん:05/01/03 14:42:15
質問です

TD-HFの計算で2次摂動を加えることのできるツール
御存知の方いらっしゃいませんか?
そもそも、当方、合成化学者なので理論からよくわからないです。
論文にはMP2で行う振動エネルギー計算の電子励起エネルギー版?
のようなことが書いてありました。

うちの研究室ではガウシアン03しかないので、試しにMP2でTD計算が
できないかやってみましたが、エラーで弾かれてしまいました。

このスレに書くのは初めてですが宜しくお願いします。
最後に>>1サンスレ建乙です。
このスレのセンスがなんか好きです。

5 :あるケミストさん:05/01/04 07:04:21
理論は分かるけど、ソフトは知りませんね...。
EOM-CCSD や TDDFT じゃだめですかね?

6 :4:05/01/04 09:59:27
>>5
系は配位結合をもった化合物でして、
MP2でないと系を完全に再現するのは難しいようです
(化合物の構造を実験値と比較しての結論です)

DFTでも6-31G+(2d,p)を基底とした場合、一応2,3%程度の誤差で
結合長、結合角が再現できます。
基底がこれより小さいか、大きいと駄目であるようです。

この基底でTDDFT行って正しい結果といってよいのか
わからないので質問してみました。結果は一応、実験の傾向を
説明はできるが、定量性が無いため(当然かもしれませんが)
判断に困っていました。

文献では2次摂動を加えると比較的定量性があるとあったので
質問した次第であります。

あいまいな質問ですみません。あまり細かいこと書くと特定されそう
なのでこれで勘弁してください。

7 :あるケミストさん:05/01/05 07:53:38
CCSD だとサイズ的に無理っぽい?


8 :あるケミストさん:05/01/08 19:14:37
MOLDAの先生、亡くなったの?

9 :あるケミストさん:05/01/08 23:05:56
そうみたいね。

10 :あるケミストさん:05/01/09 13:35:13
(T-T)

11 :あるケミストさん:05/01/09 14:55:58
マジ?
確かまだ若かったよね?
残念です。

12 :あるケミストさん:05/01/09 19:53:10
吉田先生はかの田隅三生御大の弟子で、80年代後半からの量子化学計算による振動解析の先駆者の一人した。
まだ40代そこそこだったと思います。ご冥福をお祈りします。


13 :あるケミストさん:05/01/19 15:38:07
質問です。
GaussianのアウトプットのEigenvaluesの単位を教えて下さい。
どうやったらeVになるの?


14 :あるケミストさん:05/01/19 17:19:14
>>13
27

15 :13:05/01/19 18:25:18
>>14
あっ!なんだ、Hartreeか!
thx!
分かってみれば何でこんな当たり前の事を…。


16 :あるケミストさん:05/01/20 20:34:36
27、、、
何?

17 :あるケミストさん:05/01/20 23:35:40
1a.u. =27.21138eV (CODATA 2002)

18 :あるケミストさん:05/01/22 02:12:55
Hartree-Fuck!

19 :あるケミストさん:05/01/24 17:03:29
山田君、>>18の座布団全部持ってって。


20 :あるケミストさん:05/01/28 12:23:12
密度汎関数法の計算アルゴリズムをフローチャートで教えてください。
自分でいらべましたが、見つかりませんんでした。


21 :あるケミストさん:05/01/28 12:32:41
そりゃあ、いらべたぐらいでは
見つからんだろうなw

22 :Rkky:05/01/28 15:54:48
量子力学と量子化学ってどうちがうんだ?
どうせなら量子力学の教科書で勉強すればいいやんか。
量子化学に名著なんてないような気がするし...


23 :あるケミストさん:05/01/28 17:28:35
>>22
ごあいにく様、ここの連中は猪木やランダウやJJサクライくらいは普通に読んでるから
下らない煽りは通用しないよ


24 :あるケミストさん:05/01/28 19:00:52
>>22
1行目のみ同意。

25 :Rkky:05/01/28 19:42:44
>>23
そうなの?やっぱり量子化学でいい本はないの?
みんな量子力学の本で勉強してるの?
(量子化学の本って読むの?)
おいら、ガキだからわかりません。最近ようやく量子力学勉強しはじめたから。
知識もなんもないんです。ちなみに高校物理なんて勉強してません。
授業とってないし。でも解析学を勉強してたから、消化某の物理学選書で勉強したら
なんとなく分かってきたような感じです。まあ高校物理なんて糞ですけど★

26 :あるケミストさん:05/01/28 19:46:46
東大応用化学の平尾先生著の、あのソフトカバーの本はどう?

27 :あるケミストさん:05/01/28 21:03:00
>>22
じゃあ聞くが、お前は固体物理を量子力学の本だけで勉強するのか?


28 :あるケミストさん:05/01/28 22:08:57
ザボとかマッキーニは有名なんじゃない?

29 :あるケミストさん:05/01/28 22:27:19
物理板なんかでよく見る「すべての自然科学は物理に帰する!」
という主張と似ているな。
それはある意味正しいんだけど、現実は厳しいんだよ。化学は化学で、
生物は生物で勉強しないことには、とても追いつかん。

30 :あるケミストさん:05/01/28 22:28:51
化学の教科書と量子力学の教科書を勉強したら、
量子化学の教科書を読む必要はないのでは。


31 :あるケミストさん:05/01/28 23:21:57
化学の教科書って何よ?専門課程にそんなのあるんけ?

32 :あるケミストさん:05/01/28 23:40:28
量子化学の教科書と量子力学の本を両方読めば分かるが、
両者の内容は全然違う。
量子化学は対象が分子(多電子系)くらいしかないから、
内容が専門化して偏ってる。
量子力学の本だけで量子化学を勉強するのは難しいのでは?

33 :あるケミストさん:05/01/28 23:59:04
どちらかというと、量子化学と固体物理をマスターすれば、
量子力学の実践的な側面は、網羅した事になるのかな。
光化学ってどうよ?量子化学と違うんけ?

34 :あるケミストさん:05/01/29 00:53:49
Rkkyに構うな。
そいつは物理板でもうざがられている。


35 :あるケミストさん:05/01/29 09:40:16
そもそも量子化学が実践だけで良いとは思わないんだが。

36 :あるケミストさん:05/01/29 20:14:06
おおおお!良スレハケーン!
何の予備知識もないのに量子化学の研究室に割り振られた私は
とりあえず量子力学の本から読もうと思います!

37 :あるケミストさん:05/01/29 22:48:29
>>36
なんで量化の研究室に割り振られたの?


38 :あるケミストさん:05/01/29 22:57:02
調和近似を補正する式を作られたが。
しかし、スケーリング ファクターをかけるだけでよかったのでは。
サンプリングからはずれた化合物(複合体など)ではあまり役立たなかったな。

今では、非調和項まで取り込んだ計算もg03でできますね。
もちろん、まだ小さい化合物までしかできませんが。

39 :あるケミストさん:05/01/29 23:41:06


40 :あるケミストさん:05/01/30 00:21:50
>>36
予備知識がそんなにある人自体まれかと思われ。
研究室で勉強して理解できる能力がちゃんとあれば、
入る時点でどうのこうのはあまり関係ないと思う。

41 :あるケミストさん:05/01/30 01:51:54
特別な才能がある人しか、量子化学はわかりません。
まして、量子化学で本物の研究者になれる人は、例外中の例外。

才能のない人は、行動生物学がいいよ。

42 :36:05/01/30 02:21:02
>>37
本当は天体物理を希望していたのですが、結構人気で。。
分子生物学とか電磁気学とか取ってたばかりに、似たような研究室があるからと。
予定では星間塵のIR(?)ということになりました。

>>40
ほんとですか?がんがります。

>>41
もう変更できません…。とりあえず卒業めざしてがんがります。

43 :あるケミストさん:05/01/30 02:45:28
星間物質を予測するテーマだね。
IRの計算値と実験値の一致から同定する流行の研究だね。

普通の量子化学計算は、真空を仮定している。
だから、星間物質を量子化学で計算するのは有利なんだ。
その上、星間物質は小さいから計算しやすい。
(Nの4−5乗だから)

ところが、未知の物質を同定するためには、超超高精度計算が必要らしい。
学会で平野先生がその辺の悪戦苦闘ぶりを話されていた。


44 :36:05/01/30 03:10:46
>>43
詳しい説明をありがとうございます。流行だったんですか…。
とりあえず、参考書を読みふけろうと思います。

45 :あるケミストさん:05/01/30 04:52:55
>>41
禿同。

>>44
「だった」という過去形は正しいかもしれんね。

46 :あるケミストさん:05/01/30 06:54:36
天道虫の観察なんか気楽でいいね。
神経すり減らして計算機の限界までしないと駄目だから。

47 :あるケミストさん:05/01/30 11:40:05
>>41
そんなわけない。

48 :あるケミストさん:05/01/30 14:31:39
>>47
前半は正しいと思うよ。

49 :あるケミストさん:05/01/30 18:57:36
星間は絶対温度0度だから、なおさら量子化学計算に有利。

50 :あるケミストさん:05/01/30 19:27:09
絶対零度なのか?宇宙背景放射とかあるから、3度くらいじゃなかったっけ?
0度だったら、ボーズアインシュタイン凝縮も、観測できるのか?

51 :あるケミストさん:05/01/30 21:52:42
3度でも計算精度に影響なし。

52 :あるケミストさん:05/01/30 22:05:40
へー。。

53 :あるケミストさん:05/01/31 00:07:52
それでも電子は回っている

54 :あるケミストさん:05/01/31 00:54:10
>>48
逆だよ。前半が間違ってる。量子化学はそんなご大層なもんではない。
化学で普通に使われてるよ。
たぶん行動生物学のほうが難しいと思うので、>>41の後半も間違ってるとは思うが。

55 :あるケミストさん:05/01/31 01:15:43
使いこなすのと、理解するのは別次元。
計算屋が数学屋ではないのと同様。

56 :あるケミストさん:05/01/31 01:36:01
>>50
いくら低温でも、星間分子のような希薄な系ではBECは起きないよ

57 :あるケミストさん:05/01/31 05:43:33
>>54
挫折した人間の感想として、文系での哲学科の位置ぐらいの
インテリ度を感じるんだけど・・・
喩えが悪いかなw

58 :あるケミストさん:05/01/31 13:24:20
文系から見た哲学科の位置のインテリ度がわからない

59 : ◆l8.yTPiXyw :05/01/31 17:25:23
だれか〜マクマリーの答えもってませんか〜☆

60 :あるケミストさん:05/01/31 20:14:46
>>57
1.難しい(難しそうに見える)
2.周りから「それやって何の意味があるの?」と言われる
3.就職が無い
という点が似ているのでは・・・。

61 :あるケミストさん:05/01/31 21:36:34
>>58
高尚で近寄りがたい感じかな〜
それで、実験屋は泥ξ感じ。

>>60
正鵠を射てますw

62 :あるケミストさん :05/01/31 22:28:34
>>60
1. 確かに難しそうに見えるらしい。別に量子化学はインテリの学問ではないと思う。
 これからの若い研究者は,(量子化学以外の専門の場合)量子化学はツールとして使えなきゃDQN。
 ただ,量子化学が専門なら、新しい手法を開発しなきゃDQN。計算は実験家でもできる。
3. 就職が無いは嘘だろ。いわゆる化学(合成)系への就職が難しいからそう見えるだけ。

63 :あるケミストさん:05/01/31 22:37:26
>>62
どういうとこに就職してるんでしょうか?
企業でも量子化学の研究を続けられるんですか

64 :あるケミストさん:05/01/31 22:56:34
>>62

>計算は実験家でもできる。

論文読めばわかるけど、実験家の計算は荒いから信用できないよ。
本人たちは、ぜんぜんわかってないみたいですけど。
特に、細かいことや重要なことが。
高精度計算と一致しないから。
計算量子化学で大事なことは、信頼できる結果を出すことです。
そのためには、長い修行が必要です。
実験と計算の両方を修行できるほど、甘くない。

実験は計算家でもできる?と思います。
最近は、実験装置に試料入れとけばデータでるのでは?
だけど、細かいことがわかってないからだめでしょう。

65 :あるケミストさん:05/01/31 22:59:52
>>63
企業で量子化学の研究職を設けているところは、一応存在はする

66 :あるケミストさん:05/01/31 23:05:24
>>65
ということはやっぱり厳しいんでしょうか
量子化学に進みたいけど、研究職をやっていきたいもので・・・

67 :あるケミストさん:05/01/31 23:24:38
>>66
まあ、ソロンや宇宙論、数学の連中ほど悲惨なことにはならんから安心しろ

68 :あるケミストさん:05/01/31 23:29:07
>>67
そうですね、研究室訪問で色々聞いてみます

69 :あるケミストさん:05/01/31 23:31:14
矢と手やろ過?

70 :あるケミストさん:05/02/01 10:36:54
>>64
> 論文読めばわかるけど、実験家の計算は荒いから信用できないよ。
その論文を同じ畑の人が読むから全然問題なかったりして

71 :あるケミストさん:05/02/01 20:17:36
実験値を解釈するときに実験家が行う計算は、
B3LYP/6-31+G(d)
程度です。
あまりに安直すぎませんか?


72 :あるケミストさん:05/02/01 20:51:14
>>71
重原子50個以上だと、それが限界。


73 :あるケミストさん :05/02/01 22:15:25
>>64, 71
計算するプロパティが何なのかにも依存すると思う。
必要な計算値に,必要な計算レベルが何かを知っていなければならないのは
当たり前。
これは今や,実験家にも必要な事。
何故なら,自分で計算をしなくても,多数の計算論文の中で,
本当に正しいものは何かを見抜くため。
また,必要に応じて,自分で計算を行う能力も,今の時代,必要かと思われる。
そんなに甘くない,それはそうだと思うが,世界的観点からすれば
そんなのんきな事は言ってられないのではないでしょうか?
単に高精度にすれば良いと思ってるなら,DQN。


74 :あるケミストさん:05/02/01 22:18:57
簡単にお手軽に精度が上がるんならいいんだろうけどね・・・

75 :あるケミストさん:05/02/01 23:46:29
実験家で計算もバリバリできる人ているの?

76 :あるケミストさん:05/02/02 06:01:45
>>73

あなたがDQN.

77 :あるケミストさん:05/02/02 07:31:46
理論屋が高精度に扱える対象なんて、極々極々限られた物だって事も知らんのか。

78 :あるケミストさん:05/02/02 08:00:07
シュレヂンガー方程式もexactに解けるようになったらしいですね。
もちろん、まだ極々極々限られた物までですけど。

79 :あるケミストさん:05/02/02 10:03:00
張り切って水素様原子の計算しようか。

80 :あるケミストさん:05/02/02 10:08:11
N先生の仕事しらないらしいな。


81 :あるケミストさん:05/02/02 10:39:06
計算方法や基底関数を選ぶのって恣意的なんでしょ?
妥協して決めてるっていうかー
計算環境によるっていうかー

と実験屋は言うかもしれない

82 :あるケミストさん:05/02/02 11:01:19
いやー、「長いものには巻かれろ」と言うよ。

83 :あるケミストさん:05/02/02 12:07:04
>>78
exact じゃないよ。Free ICI は。
「ほぼ」exact だよ。
発表聞いた限りでは、
良い基底関数を効率よく生成して、
それから CI を行うという手法みたいね。
波動関数は原理的には無限級数になる...筈だから
どんだけ続けても「ほぼ」exact にしかならない。
ただ、He とかだと 30 桁くらいの精度があったと思うから、
exact と言いたくなる気持ちも分からんでもないが。
ここまでくると、対角化の精度とかも気になってくるね。

しかし、あれだけの桁を合わせても
結局近似が入ってるんだよね(非相対論だとか BO 近似とかその辺り)。
今の所は手法の有効性のチェックに過ぎないんだろうけど、
そろそろ H2 や dtμ の non-BO 計算とかしてみて欲しいな。

84 :あるケミストさん:05/02/02 12:52:16
そう?
CIよりもクラスター展開に似てない?
発表聞いてないのでわからないけど。

85 :あるケミストさん:05/02/02 13:24:48
>>83
数値解析な時点でexactじゃないだろ

86 :あるケミストさん:05/02/02 16:23:06
>>85
だから exact でないとゆうとるに...。

87 :あるケミストさん:05/02/02 23:32:04
>>83
non-BO計算には興味持っているので、いろいろと論文読んでいるですがなかなか難しいですね。
理論自体も難しいし、プログラムをいっぱい作らないといけないし。

でも、gasphaseのスペクトルと計算があわないところが結構あるので、この分野は開拓の余地が
いっぱいありそうです。





88 :あるケミストさん:05/02/03 04:46:53
テーマが小さい。

89 :あるケミストさん:05/02/03 18:25:33
系が小さくないとそもそも Free ICI 使えないし。

90 :あるケミストさん:05/02/04 04:53:37
化学全体の興味は、
1.環境化学
2.構造生物学
3.ナノテクノロジー

この3つに関係あるような計算すべきですよ。
もちろん、方法論の開発はべつですが

91 :あるケミストさん:05/02/04 05:29:11
>>90
> 1.環境化学
って胡散臭いんだけどw

92 :あるケミストさん:05/02/04 05:57:47
>>91

ぐずぐず言ってられないほど、急を要することです。


93 :あるケミストさん:05/02/04 08:07:12
はやりの分野をやる人ばっかりになるのは、化学自体の衰退を招くよ。

94 :あるケミストさん:05/02/04 08:20:18
ちょっと質門。
気相クラスターの構造を研究する動機は?

95 :あるケミストさん:05/02/04 10:47:49
>>92
国民を脅かして研究と称して税金巻き上げ、ホントに役立つか
どうかわからん研究してもどーなんでしょうね?
分析屋だって、胡散臭い業者が出てきている
(ダイオキシン関係。日垣隆の本参照)。

マクロなもの、例えば温暖化やオゾンホール、をミクロでかつ
理想的な実験系で理論的に出た答えを、複雑系な自然に
適応できるんかいな?

この分野を否定しないけど、量子化学は関係ないと思う。

>>93
禿同。
だけど、それやらんと金入ってこないんでしょ?

96 :あるケミストさん:05/02/04 21:01:08
もちろん、常識的にはそうかもしれないけど、
アメリカで環境化学のために100テラフロップのコンピュータがあるよ。

97 :あるケミストさん:05/02/04 21:32:05
パソオタの遊びに研究費を出す必要があるんだろうか。
自分で稼いで副業でやるならまだしも。

98 :あるケミストさん:05/02/04 21:52:05
DQN実験系よりも、廃棄物が少ない分、地球に優しいかと。

99 :あるケミストさん:05/02/04 21:55:59
>>93
有機電子論スレのノリを持ってくるな。
以下放置せよ。

100 :あるケミストさん:05/02/04 21:56:44
ごめん間違えた。93スマソ。
>>97な。

101 :あるケミストさん:05/02/04 21:59:11
>>98
直感でそう思うけど・・・隠居した鯖はちゃんと処分されてるのかな??

102 :あるケミストさん:05/02/04 22:00:33
さすが汚物!!!

103 :あるケミストさん:05/02/04 22:49:56
東大を敵に回したら研究費つかなくなるぞw


104 :あるケミストさん:05/02/04 23:46:34
量子化学計算屋 vs 有機電子論信者

のデスマッチもう一回キボンヌ

105 :あるケミストさん:05/02/05 00:13:26
>>96

うっかり人を嫉妬させたな。
嫉妬ほど怖いものないよ。
ここまで憎悪されるとは。

106 :あるケミストさん:05/02/05 00:20:40
人の嫉妬についてデスマッチもう一回キボンヌ

107 :96:05/02/05 01:22:33
図星らしい。

108 :あるケミストさん:05/02/05 23:08:33
電脳師にMacminiでGamessとかGaussian動かしてみてホスイ…。

それはそうと、この流れだとCCSDTQの超高速プログラム書いてくれるやつがいるのか?

109 :あるケミストさん:05/02/06 16:16:20
Mac mini を並列につないだら重箱

110 :あるケミストさん:05/02/06 16:25:29
G4だから、そこそこ計算できるかもね。
Mac miniの弱点のグラフィック関係は、計算だけならどうでもいいし。
コスト-性能-設置スペース-騒音のバランスとしては、まあまあかなあ。

111 :あるケミストさん:05/02/06 16:53:03
なぜ、スーパーコンピュータ使わないの?

112 :あるケミストさん:05/02/06 17:25:05
地球シミュレーターって、普通の研究者が使えるものなの?

113 :あるケミストさん:05/02/06 17:26:30
>>111
マシンはどれもタダではないので、特別高速性が要求されていない計算にスパコンを使ったりすると、ボスに怒られます。

114 :あるケミストさん:05/02/06 17:37:01
なるほど。
最近は、PCでも本格的な量子化学計算をできるのですか?
PCで量子化学計算したことないのでよくわかりません。

115 :あるケミストさん:05/02/06 18:33:08
>>114
おまえは、1年間ROMってマックスパルタンでも使ってろな

116 :あるケミストさん:05/02/06 18:51:53
>>115

なぜハラがたつの?


117 :あるケミストさん:05/02/06 19:00:25
>>114はスパコンでやってたんですか?手計算でやってたんですか?

118 :あるケミストさん:05/02/06 19:08:53
また嫉妬で怒り狂っただけみたいだね。
君たちは、みんなそういうやつばかりだよ。

君たちは、どれくらい計算しないと論文にならないかわからないみたいだな。
最近は、スーパーコンピュータでCPU500時間くらい計算しないと駄目だね。
もちろん、研究目的が時代の要求を満たしてる上で。



119 :あるケミストさん:05/02/06 19:23:30
>>116
悪い。
一回言ってみたかっただけです。

120 :あるケミストさん:05/02/06 19:45:51
日本の大学を見ても、量子化学計算を行う研究室は数少ない。ましてや非経験的手法による高精度の計算となれば、世界でもあまり行われていないのが現状である。その必要性は、この研究室がここ数年継続して原研の受託研究で予算をもらっていることからでも分かると思う。

 純粋理論に基づく高精度の計算。核融合の基礎データ収集。研究のライバルはあくまでも世界。
 それが、この研究室の特徴である。

tp://molmag.gs.niigata-u.ac.jp/~www/

121 :あるケミストさん:05/02/06 21:29:37
>>120
いちいち何度も晒すな。学生が書いたみたいなんだし、いい加減許してやれ。

>>118
だんだんネタが面白くなくなってきたぞ。もうちょっとガンバレ。

122 :あるケミストさん:05/02/06 21:42:36
>>118
それはあなたのモデルが化学者のツールとして使えないことを
証明しているだけです。


123 :あるケミストさん:05/02/06 22:06:00
>>120-122

なにわけわからんこといってるの。
そういう態度では、相手から何も学べませんよ。
もっと謙虚に相手から学び取るつもりがない人は終わりです。

だけど修士課程在学中の人にあなたのようなタイプが。
的外れなことばかり書いてる言ってる自信のない尊大者が。

日本の研究者で量子化学の発展に貢献している人は
意外とすくないかもしれませんが、ab initio計算くらい誰でもできるのでは?
それとも貴殿がab initio計算したことないのでは。
枡で練習されてるだけではw

124 :あるケミストさん:05/02/06 22:09:01
枡は2つの意味ですw
1つはマスター。
2つはvacation。

125 :あるケミストさん:05/02/06 22:17:25
>>123
なんで120-122が同じ人だと思ってるんだ。どう見ても別人だろ。
レス内容を見る限り、120へのレスか?
120は他所からのコピペなので、真面目に反応するだけ損だぞ。

126 :あるケミストさん:05/02/06 22:32:05
もうけっこう。
マックでHMO,EHMO,PM3くらいやってな。

127 :あるケミストさん:05/02/06 22:53:47
分子量120万ぐらいのタンパクの三次元構造を知りたいのですが、
このスレに出ている量子化学計算では、どのぐらいの計算規模になるのでしょうか?

128 :あるケミストさん:05/02/06 23:36:13
>>127
何がしたいのかをもうちょっと詳しく。
既知構造の最適化がしたいのか、未知構造の予測がしたいのか。
前者でもいろいろな手法がある(が、分子量120万は無理では)。後者ならそれは今のところ量子化学の領域ではない。
というか、MM(古典MDを含む)と混同してない?

129 :あるケミストさん:05/02/07 05:19:10
>>127
ボスに内緒で分子件になげとけ

130 :あるケミストさん:05/02/07 19:51:33
>>128
活性点近傍だけ量子化学の計算をして、
その他の領域はMMで最適化する方法があるようですが。

131 :あるケミストさん:05/02/07 20:12:14
>>130
そう、それも手段の一つ。QM/MMだね。
ただ、最適化を「三次元構造を知る」と呼ぶのはちょっとなあ、という気もする。

132 :あるケミストさん:05/02/07 23:19:53
一次構造だけしか分からないものから
高次構造を予言する...ってのは
古典的にもどうなんだろうという感じ?
いわんや量子的にをや。

133 :あるケミストさん:05/02/07 23:31:09
>>132
配列相同性の高いタンパク質の立体構造が既知なら可能なことも。
量子とは関係ないけど。

134 :あるケミストさん:05/02/08 02:00:14
生物板 生体分子の分子動力学シミュレーション
http://science3.2ch.net/test/read.cgi/life/1104077613/l50

135 :あるケミストさん:05/02/08 23:30:39
電脳師キター
http://digital.hmx.net/02contents/pc/ppc/mac_mini/mac_mini_box.shtml

136 :あるケミストさん:05/02/09 18:52:12
>>132
一次元配列からの立体構造予測は萌えでできるよ。


137 :あるケミストさん:05/02/09 20:18:03
>>133

元々人間やめてた元生物物理学会長は、科学者やめて占い師になった。
宝くじ当てみたいなやり方がうまくいく分けない。



138 :あるケミストさん:05/02/09 22:20:34
>>136
原理を知ろう。そうすればそんな脳天気なことは言えなくなる。

>>137
このスレにはなぜか私怨野郎を寄せ付ける力があるようだ。

139 :あるケミストさん:05/02/09 22:22:46
>>138

それおまえのこと。

140 :あるケミストさん:05/02/09 22:52:16
>>138

無知だね。君は。
有力だよ。
O先生の成功に期待してるよ。
きっと、世界の研究者たちも。

141 :あるケミストさん:05/02/10 00:31:04
>>138
放置しとけよ。137はいつもの奴じゃねーの?

142 :あるケミストさん:05/02/12 18:27:26
Gaussianで計算してたら、毒男がいっぱい出てきた。

(A') (A') (A') (A') (A') (A') (A') (A') (A") (A') (A') (A")

143 :あるケミストさん:05/02/13 12:26:44
>>142
未来の何かを暗示してるんだよ。

144 :あるケミストさん:05/02/13 15:15:02
(((( ;゚Д゚)))ガクガクブルブル

145 :あるケミストさん:05/02/17 07:22:48
STO-3G基底ではガウス関数の指数部を固定してりますが、何故固定
しているのでしょうか?

例えばHF/3-21Gでは、指数部を固定しない代わりに展開係数(ScaleFactor)
を1.0に固定しています。指数を変動させることにより軌道の広がりは柔軟
になりますが、STO-3Gでは単に計算を高速化するために、この柔軟性を犠牲に
しているのでしょうか?


146 :あるケミストさん:05/02/17 07:35:49
>>145
そういうことでいいと思うよ。
結局は基底系としてちゃんとしてればいい訳だから。

147 :145:05/02/17 07:39:15
すみません。展開係数=ScaleFactorと勘違いしていました。

質問がごちゃ混ぜになりかけているので、再度まとめて質問します。


148 :あるケミストさん:05/02/17 17:23:01
指数部はどれも固定されてる。
基底関数を split するってのは、
Gauss 関数の線形結合定数を変動可能にするということと同じ。

split する/しないは指摘の通り計算速度からの制約。
ただ、STO-3G は定性的な議論もうまくいかない場合も多く、
実用的にはある程度 split した方がいい。

149 :145&147:05/02/17 19:08:39
>>146,148 さんありがとうございました。


150 :あるケミストさん:05/02/17 22:35:12
時代錯誤。
30年前の話。

151 :あるケミストさん:05/02/18 06:28:58
華麗にヌルー

152 :あるケミストさん:05/02/18 23:09:08
>>150の論理ならシュレーディンガーの波動方程式も
「時代錯誤。」
「80年前の話。」


153 :あるケミストさん:05/02/18 23:47:14
それを正確に解く方法を開発するのなら現在意味がある話。
三体問題で正確に解けないからどうのこうのなら、古典。





154 :あるケミストさん:05/02/19 00:03:01
>>153
3体問題の厳密解が存在しないことは数学的に証明されているんですが。


155 :あるケミストさん:05/02/19 00:07:28
>>150

スレのレベル落とすなよ


156 :あるケミストさん:05/02/19 00:09:26
そうですか。
それを正確方法を開発するなら、建設的。
最初から無理というなら、だれでもできる。

157 :あるケミストさん:05/02/19 00:15:46
数学的証明済=いくらやっても近似にすぎないって事では?

158 :あるケミストさん:05/02/19 00:19:47
神は解くことが出来るんだ、だから世界が存在している

159 :あるケミストさん:05/02/19 00:35:48
でも、神はサイコロを振らない


160 :あるケミストさん:05/02/19 01:03:39
よくわからないけど、
小数点以下数十桁も正確なら、量子化学では十分正確解でいいのでは。


161 :あるケミストさん:05/02/19 04:54:10
それがN先生の路線だね。

162 :あるケミストさん:05/02/19 09:36:04
でも物質は実験室の中にあるのであって、計算機の中にはないです

163 :あるケミストさん:05/02/19 11:04:33
>>162
物質は実験室の中にあるのではなくて、自然界にあるのです。
「実験室の中で全てできる」というのは人間の思い上がりです。

164 :あるケミストさん:05/02/19 12:34:15
自然界は地球の中にあるのではなくて、宇宙の中にあるのです。
「地球の中で全てできる」というのは人間の思い上がりです。


165 :あるケミストさん:05/02/19 13:24:19
それに真空じゃねーし
温度もへんだし

166 :あるケミストさん:05/02/19 15:02:04
つまらんネタ合戦になってきたな。
それ以前に、162みたいなありがちな煽りに反応するなよ。

165の指摘はわからんでもないが、「だからダメ」ってもんではない。
モデル化(実験でも計算でも)は必要なものだし、量子化学でやっているのはそれほどひどいモデル化でもない。

167 :あるケミストさん:05/02/19 18:22:58
「モデル化」といわれると、きもい。
なんかぴんとがずれてないか?

168 :あるケミストさん:05/02/19 18:26:31
例えば、水なら水分子一個持ってくるのがモデル化

169 :あるケミストさん:05/02/19 18:46:00
例えば、芋なら芋一個持ってくるのがモデル化
芋を量子力学で解析しても疲れるだけ。

170 :あるケミストさん:05/02/19 18:58:59
「化学者に役立つツール」も表現がきもい。
量子化学はまだそのレベルではありません。


171 :あるケミストさん:05/02/19 19:03:25
自然界に水分子一個ってあるのか?これが水分子ですって見せてみろ。

172 :あるケミストさん:05/02/19 19:12:42
例えば、人間なら168一個持ってくるのがモデル化


173 :あるケミストさん:05/02/19 19:17:37
例えば、人間なら168の脳みそをフラグメントにして持ってくるのがモデル化

174 :あるケミストさん:05/02/19 19:17:41
例えば、大学ならT橋一個持ってくるのがモデル化


175 :あるケミストさん:05/02/19 19:23:00
正しい考え方は、

168はどういう人間化と研究してるだけ。
T橋はどういう大学かと研究してるだけ。
水分子1個はどういう物理化学的特徴があるか計算研究してるだけ。







176 :あるケミストさん:05/02/19 19:28:59
>>171

君の鼻水やしょんべまでみせなければいけないのか?

177 :あるケミストさん:05/02/19 19:34:59
へんな屁理屈こねたいなら、弁護士か政治家に転職するのだな。

178 :あるケミストさん:05/02/19 20:50:58
東大・京大出身者は、論理にこだわる。
阪大・駅弁出身者は、方法論にこだわる。

179 :あるケミストさん:05/02/19 21:23:55
何これ。荒らしの自作自演?
全部ageだし。

180 :あるケミストさん:05/02/19 22:20:38
スルー汁

181 :あるケミストさん:05/02/20 13:24:54
計算終わらん…
皆どんなマシンで計算してる?

182 :あるケミストさん:05/02/20 16:18:57
今の日本のコンピュータ遅すぎる。
かつては、世界をリードしてたのに。
やっぱり、不況のせいですかね?

183 :あるケミストさん:05/02/21 00:32:53
ab initio の読み方がわからないオレは量子化学に向いてないですか?

184 :あるケミストさん:05/02/21 01:19:20
逝ってよし!

185 :あるケミストさん:05/02/21 01:37:18
えーびー いにちお

186 :あるケミストさん:05/02/21 01:38:46
危ないっしょ!?

187 :あるケミストさん:05/02/21 20:21:03
>>181

原付日本とF1マシーンアメリカが勝負してるような状況ですわ。
お手上げ。

188 :あるケミストさん:05/02/23 11:25:24
頭つかえよ。

189 :あるケミストさん:05/02/23 12:08:33
マックスパルタン使えばいいだろ

190 :あるケミストさん:05/02/23 12:17:58
F1で勝つには良いマシーンがあるチームに所属できるかどうかで決まる。
マックチームに所属しても、エンジントラブルでリタイヤ。

191 :あるケミストさん:05/02/23 14:37:04
2000 Outstanding Scientists of the 21st Century受賞したよ。

192 :あるケミストさん:05/02/23 23:46:31
地味ーに盛り上がってます。

生体分子の分子動力学シミュレーション
http://science3.2ch.net/test/read.cgi/life/1104077613/l50

193 :あるケミストさん:05/02/24 17:53:47
>>192

レベルが低い。

194 :あるケミストさん:05/02/24 23:06:47
>>193
このスレもどっこいどっこい

195 :おばかです:05/02/26 08:19:11
ψ(e)= 2φB1s-φA1s-φC1s
    ↑
この2って何?どうやって求めるの?
H3(三角形三水素)のとことでつまずいた。
ここらへんの分野よくわからないんだよね。
結構やばいかな。
よろしくお願いします。

196 :あるケミストさん:05/02/26 11:33:55
普通に Hueckel ハミルトニアン

αββ
βαβ
ββα

を対角化すれば出てくるよ。

197 :あるケミストさん:05/02/26 21:04:27
馬鹿野郎〜!!!
2φって 2ミリの穴開け加工やんけーーー

198 :あるケミストさん:05/02/26 21:05:45
科学がなんの社会貢献になるんか?いえや

199 :あるケミストさん:05/02/26 21:33:39
荒れてるねー。
わからんでもないな。
今の世の中、嫌がらせだらけ。

私は、量子化学計算をしてるときがもっとも幸福です。
計算機にJobを投入するときのわくわくした気持ち。

そういう意味で社会貢献してるw


200 :あるケミストさん:05/02/26 22:30:23
LOOP 999998:  E=+1000000.000 J/kg
LOOP 999999:  E=+1000000.000 J/kg
LOOP 1000000:  E=+1000000.000 J/kg

Terminated.


201 :あるケミストさん:05/02/26 23:14:48
>>195-196

計算機で計算してみるのもいいかもね。
構造を固定して、計算レベルをすこしづづあげるてみたらどうなるかな?

HMO,EHMO,CNDO/2,INDO,ZINDO,MNDO,PM3,STO-3G,3-21G,6-31G(d),.....

202 :あるケミストさん:05/02/26 23:25:50
195です。
お返事ありがとうございます。
はっきりいって・・・?????です。
無機化学(シュライバー)を初めからやっていてここでつまずきました。
なんだかさっぱです。
線形結合を考えていてなんとなくやってたら突然係数でつまずきました。
これはどのような分野で調べればよいでしょうか?
NH3の2重縮重の考えのことでも出てきますよね!?
本当の量子初心者です。

よろしくお願いします。

203 :あるケミストさん:05/02/26 23:27:58
アトキンスあたりを読んでみたら?物理化学に載ってたりする。

204 :あるケミストさん:05/02/27 09:25:13
うちは授業が糞だったからアトキンスで独学したよ。
よっぽどよく分かった。

205 :あるケミストさん:05/02/27 11:22:35
>>195

よくわからないけど、

 B
A  C

という構造かな?

ψ(e)= 2φB1s-φA1s-φC1s を変形すると
ψ(e)= (B1s-φA1s)+(B1s-φC1s)
です。この式が意味する事は、
第1項からBとAが反結合。なぜなら、B-Aになってるから。(−ということは、反結合)
同じく、第2項からBとCが反結合。なぜなら、B-Cになってるから。
電子の数が良くわかりませんが、それぞれの水素に電子が1つあるのなら、このような反結合が生じる事はありえると
思います。

第一項をY,第2項をZと定義すると、
ψ(e) = Y + Z
になります。
当然、構造からYとZの線形結合でも不思議ではありません。

ところが、AとCの相互作用がこの式にないことがわかります。
無機化学の教科書レベルでは、荒っぽく直感的に書いてるからだと推測できます。

教科書読んでなかなかわからない場合は、その部分をパスして読み続けたらいいです。
そのうち、わからない部分が自然とわかるときもありますから。

206 :あるケミストさん:05/02/28 16:46:34
この分子の場合、Huckel MO は

ψ1=(φA+φB+φC)/√3
ψ2=(2φB-φA-φC)/√6
ψ3=(φA-φC)/√2

となる。
問題の軌道はψ2なんだが、
実はこのψ2とψ3は縮退している。

>荒っぽく直感的に書いてるからだと推測できます
というのは間違いで、残りの A-C は単にψ3にあるというだけの話だ。

207 :あるケミストさん:05/02/28 17:10:24
そうでしたか。

ちょっとわからないのですが、
Huckel MOは、パイ電子に使うのでは?


208 :あるケミストさん:05/02/28 17:45:03
C三員環のHuckel近似もH三員環も殆ど同じだよ。

209 :あるケミストさん:05/02/28 18:51:09
なるほど

210 :さまよえる分子軌道:05/02/28 20:48:06
なんだかさらに難しくなっている
本当に皆さん返事ありがとうございます。
204さんみたいにうちも授業がちょっと・・・なので独学なんです。
無機はシュライバー、物化はアトキンスを買い揃えました。(うちは教科書までしょぼい)
分子軌道をH2からはじめてなんとなく結合性、半結合性、(時にはH3なんかで非結合性)を考えて進めていきました。
無機を初めにやったからこんな状態になったのでしょうね。
これまで感覚的に進んでいました。
ψとφの違いすら危ういです。
(ψは原子軌道、φは分子軌道だと思うのですが、
両教科書でWalshダイアグラムのとこ見ると無機はψとφ、物化はψだけになっていいたりしています。
他には同じ教科書内で混在していたりと見るたびにわからなくなります)

C1,C2等の係数がよくわからないんです。たとえば、水素(ψ=CAφA+CBφB)はCA=CBって説明は同じ原子なのでわかります。(同じだから簡単に消えてしまう!?)
それで上で聞いたH3の三角形水素のψ(e)の"2"なんかがそうですが、
これば直線のH3になると、下記のようなψ(1σ)とψ(3σ)にある√2なんかもわかりません。
ψ(1σ)=φA1s+√2φB1s+φC1s
ψ(2σ)=φA1s-φC1s
ψ(3σ)=φA1s-√2φB1s+φC1s
もしアトキンスで書いてあるのであればどこらへんか教えてもらえますか?
多分この先異核2原子分子とかも出てきそうなので。
一応一通り見たのですが、もしかしたら数字や公式がいっぱいあったところなのかもしれません。
わけわからないので飛ばしちゃいました。
どうかご伝授お願いします。



211 :とあるケミストさん:05/02/28 21:38:55
KrやXeといった重い希ガスのvan der Waals力をGaussian98で
構造最適化により計算しようと思っています。
電子相関を最大限考慮する必要があるのですが、適用できる基底
を踏まえると素人的に QCISD/LanL2DZ くらいしか浮かびません。

他に適当な方法はありますか?


212 :あるケミストさん:05/02/28 21:54:37
>>210
> ψは原子軌道、φは分子軌道だと思うのですが
志村、逆! 逆!
ま、単に記号をどう定義するかって問題なだけではあるけど。

係数はハミルトニアン書いて、実際に対角化すれば自然に出てくる。
直線・環状分子であれば、一電子近似&最近接近似すれば解析的に解ける。
例えば H_3 の MO は別の形で書けば
ψ1 = (φA + φB + φC) / √3
ψ2 = (φA cos(-π/3) + φB cos(0) + φC cos(π/3)) * √(2/3)
ψ3 = (φA sin(-π/3) + φB sin(0) + φC sin(π/3)) * √(2/3)
だったりするわけで、
奇数員環 H_n に一般化した形もそれなりに推測できるんじゃないかと。
π電子を使った話がアトキンスの上巻14.10で説明されてるけど、
s 軌道が p 軌道になっただけで、それ以外は H_n の場合と全く一緒。

別の考え方をすると、こういう係数は分子の対称性から出てくる。
群論を使った話が上巻15章に書いてある。

ただ、こういう細かい係数の話よりも、
ノードの数の方が重要なんじゃないかな。
H_3 だと、ψ1の係数は全部符号が一緒、
ψ2の係数はBとA-Cの間で符号が変わる、
ψ3の係数はそれに直交するA-Cの間で符号が変わる、と。
直線分子ではノード0、1、2、... の軌道ができる。

213 :あるケミストさん:05/03/02 00:30:17
からあげ


214 :あるケミストさん:05/03/02 00:44:39
ルナマリアさんと仲良くしたい

215 :あるケミストさん:05/03/03 00:46:14
>>211

CCL見たよ。
もっとましな質問しなれば、誰も返事くれないよ。
それと文例集でも見て、お決まりの表現使わないと相手してくれないよ。
CCLと2チャンネルは全然違うから。

あまり変な質問すると、嫌がらせや苦言メールが来るから。


216 :あるケミストさん:05/03/03 00:53:49
>>211

1.BSSE補正を必ず行う事。G03なら、CP-OPTもできますが。
2.基底関数にcorrelation consistent basis setのECP版を使うといいかも。
MolproのマニュアルがHPで公開されてます。そのHPで基底関数を探せばいいです。



217 :あるケミストさん:05/03/03 02:49:11
あーもう3月3日かあ・・・
このスレの人はちゃんと卒論or修論は提出できましたよね?

真の安定構造を求める時間がないので、教授の温情を頼って
とりあえず出した、なんてことはないように
(あっ、それは漏れのことか・・・)


218 :217:05/03/03 02:55:03
すみません。
間違ってAgeてしまいました。


219 :あるケミストさん:05/03/03 20:12:50
>>211

まず、論文検索すべき。
もし、まだ研究されてなかったら、
CCSD(T)レベルかもう少し高いレベルを使った方がいい。



220 :あるケミストさん:05/03/03 21:25:19
>>215,216,219
ありがとうございます。MolproマニュアルのHP見てみます。

CCSD(T)を勧めていますが、残念ながらG98ではこれでの構造
最適化はできません。計算法一覧を見た限り、QCISDが最も相関
を考慮して最適化できそうなので、これを選択しました。

なおQCISDのBSSE補正の論文は、Scirusではヒットしませんでした。


221 :あるケミストさん:05/03/03 21:34:40
>>220

QCLDB IIで検索したほうがいいです。

222 :あるケミストさん:05/03/04 11:13:02
CIはsize consistentじゃないからこういう計算には向かない
だから摂動の方が良いかも知れない

223 :あるケミストさん:05/03/04 17:36:10
QCISDは、size consistentです。

224 :あるケミストさん:05/03/04 23:21:17
そうなのか。Qというのが付いているから違うのか?
最近のMOとか知らないからな。

225 :あるケミストさん:05/03/05 10:33:41

物化屋さんどうよ??↓
3016.net/apps/index.htm

226 :あるケミストさん:05/03/05 11:47:51
>>225
今さらそんな超有名ページを紹介されても。

227 :あるケミストさん:05/03/05 12:10:40
うーーん
この中で高分子関係のサイトがあればなあ・・・・

228 :あるケミストさん :05/03/06 00:51:35
>>223
正確には,QCISDは,size consistent ではないのでは?
小さな系において幾つかテスト計算が存在していて,
Qを入れると,SD のみよりは size consistency の意味合いでマシという風に
理解していたが….

229 :あるケミストさん:05/03/06 03:18:23
>>228

Davidson correctionと混同してないか?
Qは、SDTQのQ(quadruple)じゃなくて、quadraticの略だよ。

230 :あるケミストさん:05/03/10 00:16:42
最近、gaussianいじりだしたんだけど、X線結晶構造解析されてる錯体なんかで電子スペクトルを計算したい場合、

構造最適化して、CISとかで計算した方がいい?X線のデータをそのままぶち込んでスペクトルの計算しても意味ない?



231 :あるケミストさん :05/03/12 00:06:43
CIS はあんまり意味ないと思うけど,TDDFT ならある程度は許せるんじゃない?
SAC-CI という手もあると思うが…

232 :あるケミストさん:05/03/12 03:17:48
なぜCISが意味なくてTDDFTは許せる?
TDDFTだってadiabatic近似してる以上RPAと同程度でCISと近似の物理的根拠は変わらん。
SACができるならそれに越したことはないが、錯体だと重いぞ。

233 :あるケミストさん:05/03/12 08:22:07
どなたか教えて下さい
@結晶中に不純物ドープされたfブロック金属の配位子場分裂を分子軌道計算を用い定量的に予測する方法。

234 :230:05/03/12 13:14:42
>>231

ありがとうございますm(_ _)m

TDDFTで計算したらけっこういい感じな値を得ることができました。(CISはだめ・・・・)

SAC-CIで計算してみようと思うんですが、この場合、計算したい励起状態のスピン多重度を入力しますよね?

例えば、d5高スピン錯体の電荷移動遷移を計算したい場合、

配位子から電子が上がって励起状態のd5電子だけ注目すれば、5重項で、系全体で見れば,全スピン多重度は変わらず、6重項ですよね?

入力するスピン多重度は、やっぱり系全体ってことですか?

SAC-CIに詳しい方いらっしゃったらよろしくお願いします。

235 :あるケミストさん :05/03/12 21:00:34
>>232

TDDFTは電子相関の効果をある程度含んだ,
Kohn-Sham軌道を使うから,Hartree-Fock軌道を
使うCISよりはマシだと思うけど.
実際,色んな錯体で(高励起状態は除く)ある程度の
パフォーマンスは示されてるよ.
もちろん,TDDFTを使う際には,注意して使わないと,
少なくとも,CASやって,少なくとも基底状態は
Singleで書けることはチェックしたいところか?

>>234

SAC-CIのページ
http://sbchema.sbchem.kyoto-u.ac.jp/nakatsuji-lab/sacci.html

236 :あるケミストさん:05/03/12 21:11:25
http://asjnajs.bufsiz.jp/

237 :あるケミストさん:05/03/12 21:34:10
そろそろサニベル組も帰ってくるか。

238 :あるケミストさん:05/03/13 09:05:18
>>234さん
有難うございます。で全く基本的なことなのですがこの場合のTDとはどのような動的状態を指しているのでしょうか。
またgaussianを用いた場合のクラスター数はどの程度まで可能なものでしょうか?



239 :あるケミストさん:05/03/13 09:40:16
>>232
CISとTD-DFTと比べると、TD-DFTのほうが実験値と一致しちゃうから、もっぱらTD-DFTばかり使っている。
なぜTD-DFTのほうがあうかは、、、、わかりませんけど。

240 :あるケミストさん:05/03/14 17:29:36
動的電子相関が DFT によって補完されるから、
動的電子相関の欠如が根本的に効いてる場合は
TD-DFT は TD-HF より改善する筈。
静的電子相関の欠如が根本的に効いてる場合は
TD-HF と同じくあてにならない。

あと、TD-HF と CIS は若干違う。
TD-HF は二電子励起の効果が若干入ってくる。

241 :あるケミストさん:05/03/17 11:55:49
>>195
等核三員環をヒュッケル法で解く。[>>196]より
|a,b,b|
|b,a,b| = H.
|b,b,a|

固有方程式は
 |xI-H| = (x-a)^3 -3(x-a)b^2 -2b^3 = (x-a-2b)(x-a+b)^2.

これを解くと[>>206]
 A: x = a+2b, ψ1 = (φA+φB+φC)/√3.
 E: x = a-b, ψ2 = (2φB-φA-φC)/√6, ψ3 = (φA-φC)/√2.

分からない香具師は↓へ
 http://science3.2ch.net/test/read.cgi/math/1090754133/

>>212
 ψ2 = (φA cos(-2π/3) + φB cos(0) + φC cos(2π/3)) * √(2/3)
 ψ3 = (φA sin(-2π/3) + φB sin(0) + φC sin(2π/3)) * √(2/3)

242 :あるケミストさん:05/03/17 12:09:01
>210
線状分子のときは
|a, b1, 0|
|b1,a ',b2| = H.
|0, b2, a|

固有方程式は
|xI-H| = (x-a ')(x-a)^2 -(x-a)(b1^2 +b2^2) = (x-a){(x-a)(x-a ') -2b^2}.
b = √{(b1^2 +b2^2)/2}.
これを解いて
A: x = (a '+a)/2 + b√(2 +δ^2), ψ1 = {φA +k(+)φB +φC} / √[2+k(+)^2].
B: x = a, ψ2 = (φA -φC)/√2.
A: x = (a '+a)/2 - b√(2 +δ^2), ψ3 = {φA +k(-)φB +φC} / √[2+k(-)^2].
縮退がない。
k(±) ≡ δ ± √(2+δ^2), δ≡(a'-a)/2b. 等核のときはδ=0, k=±√2.

分からない香具師は↓へ
 http://science3.2ch.net/test/read.cgi/math/1090754133/

243 :あるケミストさん:05/03/17 14:20:52
>>241
> 2π/3
ごぬん。ミスってた。
まぁ、さらに正確に言えば 4π/3 ね。
H3 だと関係ないけど、Hn に拡張する時に重要。

244 :あるケミストさん:05/03/18 21:47:00
>>235
CISよりとりあえず結果が改善されるというのは同意するけど、KS<軌道>が動的相関を含むというのはどうかと思う。
KS軌道って、それほど物理的に素性のはっきりしたもんじゃないのでは?
昔、DavidosnがHF、KS、Dyson軌道の比較をしてたが、KSについてはあまりいいこと言ってなかった。
>>240
大筋同意。ただadiabatic近似しといて、(励起状態についても)動的相関と言い切ってしまうTDDFT推奨派には若干抵抗を
感じる。

245 :240:05/03/19 12:45:11
>>244
あーは言ったが、実のところ半分同意。
理論的にはあまり素性の分かったもんじゃない。

ただ、やって悪い事になるかどうかもよく分からない。
HF が悪すぎるから仕方が無い部分も多い。

246 :あるケミストさん:05/03/19 19:39:58
フロンティア電子密度の計算で
永年方程式がいきなりドンとでてきたり
分子軌道計算のでてくるパラメーターがさっぱり



247 :あるケミストさん:05/03/19 20:05:21
>>246
高校数学でわかるシュレディンガー方程式 量子力学を学びたい人、ほんとうに理解したい人へ
ttp://www.7andy.jp/books/detail?accd=31506754

248 :あるケミストさん:05/03/19 22:33:59
GAUSSIANでTD-DFT計算を行う際、" TD "と" UTD "の違いがマニュアルにも書いておらずわかりません・・・

" U "は、非制限という意味なんでしょうが、A⇒Bもしくは、B⇒Aのようなスピンの向きが変わる禁制遷移も考慮して計算を行うということなんでしょうか?

ご存知の方いらっしゃったらよろしくお願いします。

あと、" B3LYP "と" UB3LYP "の違いもよくわかりません。。。

249 :あるケミストさん:05/03/20 05:28:02
相当な初心者だな
こんなくだらん質問に貴重な時間は使えん
おい暇人 なんとかしてやれ

250 :あるケミストさん:05/03/20 12:13:06
>>248
U は非制限。
非制限が何なのかは本を読んで調べるべし。
禁制遷移が考慮されてるかどうかは
アウトプットファイルを見れば大体分かるはずだ。

251 :あるケミストさん :05/03/20 23:14:04
>>248
スピン禁制遷移が考慮されるっていうのが,スピン軌道相互作用を含んでいるかどうか
という意味ならば,含まれていないというのが答え.
だが,TD=Triplets とか TD=50-50 をオプションに立てていると,いわゆる
Triplet coupling した configuration の励起状態が計算される.
もちろん,スピン軌道相互作用は入っていないので,f=0 となるし,
スピン軌道相互作用が強い場合は,全くエネルギーレベルも信用できない.



252 :248:2005/03/21(月) 13:12:42
>>250
>>251

ご丁寧にありがとうございます。

" U "は、いろいろ調べたんですが、開殻系の時に用いるみたいですね。

TD=Tripletsや50-50のキーワードは、、閉殻系の場合のみ有効ですよね?

あと、TDDFTで計算した励起状態の幾何構造は、調べたいんですが

" UB3LYP UTD(READ,ROOT=X) OPT "みたいな感じで求めることができるんですか?

あと、ROOT=XのXは、NSTATEとは異なりますよね?OUTPUTに出力されるROOTのことですか?

ほんと、周りにGAUSSIAN使える人がいなくて非常に苦労してます。よろしくお願いしますm( _ _ )m

253 :あるケミストさん:2005/03/21(月) 13:43:34
>>252
量子化学の専門家ではないみたいね

254 :あるケミストさん :2005/03/21(月) 18:44:24
>>252
ROOT=X <-- (構造最適化の)ターゲットになる励起状態の指定
NStates=N <-- 全体で何番目の励起状態まで計算を行うかの指定
なお,TD の構造最適化は解析的ではなく数値的に行われるので,
相当小さな系じゃないと OPT は無理だと思います.
系はどんなものを扱うのですか?
簡単な有機化合物以外なら気をつけた方が良いですよ.
単一配置で書けるとは限りませんから….

255 :あるケミストさん:2005/03/21(月) 19:01:28
>>253
周りにGaussian使える人がいない、ってくらいなんだから、そりゃそうだろう。
ま、そういう人も大切にしていこうや。

256 :248:2005/03/21(月) 20:57:57
>>252

なるほど、わかりました。試してみます!

ほんと助かります(^ ^;

計算しようとしている系は、二核の遷移金属錯体で、今は一核で練習(?)中です・・・。

しかも反強磁性体なのでこれからまだまだ苦労しそうです。。。

257 :あるケミストさん:2005/03/24(木) 02:28:32
オレはGaussianを使える環境でさえない。

258 :あるケミストさん:2005/03/26(土) 12:19:13
しかし量子化学初心者が TDDFT を走らせるというのもおそろしいことではあるな。

259 :248:2005/03/26(土) 22:41:06
248です。

また、質問したいことがあります・・・・

TD-DFTで次のような結果が出たとします。

*********************************************************
Excited State 35: ?Spin -A 3.5264 eV 351.59 nm f=0.0218
65A -> 67A 0.13
55B -> 63B 0.21
55B -> 65B 0.35
56B -> 64B 0.14
56B -> 66B -0.40
57B -> 66B -0.15
**********************************************************

この励起状態を帰属する場合、CI係数が一番大きい 55B -> 65B に帰属でよろしいんでしょうか?
それとも絶対値が一番大きい 56B -> 66B に帰属されるんでしょうか?

どなたかご教授ください。よろしくお願いしますm(_ _)m




260 :あるケミストさん :2005/03/27(日) 15:23:11
>>258
あのぅ,Gaussian の基本的な使い方って,日本語の教科書にも載ってますよねぇ.
少しは,自分で調べてから質問しないと,たとえ量子化学をツールとして使う,素人っていっても,
あまりにも,不勉強すぎて恥ずかしくはないのですか?

261 :248:2005/03/27(日) 16:10:40
>>260

おっしゃる通りです。

一応、本調べた限りでは、CI係数が一番大きい値で帰属するというのは、なんとなく理解できたのですが、不安でみなさんに質問してみました・・・。

勉強すればするほど、量子力学の敷居の高さを感じてしまう今日この頃です・・・

262 :あるケミストさん:2005/03/27(日) 16:16:49
>>261
そんなあなたに、マックスパルタン

263 :あるケミストさん:2005/03/28(月) 17:27:09
ふと思いついてアウトプットをエキサイト翻訳に入れてみた。

Projection of angular mom. = True
角張っているおかあさんの映像。 = 本当

264 :あるケミストさん:2005/04/02(土) 18:45:02
>263

J( 'ー`)し たけしへげんきですか。いま後ろにいます














    |
    |          .::::::::::::::::::::.
    |         ...:..:.:::::::::::::::::::::::::::::::::::.:..:...
    |     、-=・=-`:::::::::::::::::::::::::::::::::´-=・=-,.
    |      ⌒..:::::::::::.ヘ   /.:::::::::::..⌒
    |           .:::::::::::|  |:::::::::::.
    |           .:.:::::::::::::|  |::::::::::::::.:.
    |        -  .::::::::( |_| ):::::::::.
    |      ┌    ____    ┐
    |       ` ┬─────┬ ´
    |          \┼┼┼┼/
    |            ,.二二二二、
    |  (   ゚)        ─
   / ̄ノ( ヘヘ ̄ ̄ ̄

265 :あるケミストさん:2005/04/08(金) 22:49:13
>263
>角張っているおかあさん

激ワロスw 丸みがあってはだめなのか...

266 :あるケミストさん:2005/04/12(火) 09:57:19
ピレンのイオン半径っていくつですか?
計算で出せるのでしょうか?
化学便覧などでも調べてみたけどのってませんでした。
普通イオン半径って原子のみだと思ってたんだけど、分子にもあるんですよね?
ちなみにピレンはベンゼン環が4つついたものです。
教えてください。


267 :あるケミストさん:2005/04/12(火) 13:18:15
漏れもGaussianを買ってもらえない環境にあるのだが
匹敵するオープンソース物はあるんですか?

268 :あるケミストさん:2005/04/12(火) 15:14:26
匹敵してたらガウッシャン誰が買うのかと

269 :あるケミストさん:2005/04/12(火) 22:41:43
>>267
匹敵する必要がそもそもあるのか。
何がやりたいのかをまず述べよ。

270 :あるケミストさん:2005/04/13(水) 09:07:48
とりあえず CI, MCSCF 系なら GAMESS を使えば良い。

271 :あるケミストさん:2005/04/15(金) 20:33:12
科研費の若手に応募。200-300万円あたれば、Gaussian用にLinuxクラスター買う。
来週あたり発表。宝くじみたいなもんだな。

量子化学で科研費応募している椰子、大きな買い物はやっぱコンピューター?

272 :あるケミストさん:2005/04/16(土) 14:22:39
そりゃもう。

273 :あるケミストさん:2005/04/16(土) 15:47:36
やっぱりクラスタはLinuxか。
Macで作ってる人いないかな?

274 :あるケミストさん:2005/04/16(土) 16:27:57
だれか Mac mini クラスタにして
「重箱!」とか言ってる写真うpキボンヌ

275 :あるケミストさん:2005/04/16(土) 17:16:34
ガウシャンはライセンスあるから、メインはコンピューターだな。パーツやらメモリーやらあわせて300万。
あとは煙ドローやらソフトウエアで100万。残りは成果発表で100万。



276 :あるケミストさん:2005/04/17(日) 03:02:07
いかにも当てた事がなさそうなドンブリ勘定だな。

277 :あるケミストさん:2005/04/17(日) 22:44:31
満額申請したほうがいいと、先輩に教わった。 
ドクターとったばかりのファースト2本の駆け出し。、、、、ま、だめだろうな。 orz



278 :あるケミストさん:2005/04/17(日) 23:44:36
ファースト2本でドクター取れるとは驚きだ、と煽ってみるテスト

279 :あるケミストさん:2005/04/18(月) 00:14:29
旧帝大の物理だが、ファースト一本でOKだった。

280 :あるケミストさん:2005/04/20(水) 08:53:59
MOLCASとMOLPROって全然違うもの? 


281 :あるケミストさん:2005/04/29(金) 23:21:24
>>275
煙オフィス、今ならβテスターとして参加出来るぞ。
http://www.cambridgesoft.com/about/betatesting.cfm

282 :あるケミストさん:2005/04/30(土) 21:21:20
理物の物性理論だが、化学屋さんはすごいねえ。ここのスレ見てビビッた。
有機物性の著しい実用もあり、やはりこれからは化学の時代だと感じますた(涙)。

283 :あるケミストさん:2005/04/30(土) 23:14:31
対称性がD2の有機錯体(銅、鉄あたりの金属を含み、全原子数が160くらい)の計算をGAMESSでやってみよう
と思っていますが、適したbasis setってどれですか?

284 :あるケミストさん:2005/04/30(土) 23:23:54
>>283
QCLDBで調べたら?

285 :あるケミストさん:2005/05/03(火) 04:38:43
>>283

6-31G系は実験値とあまり合わないし
160原子もあるなら時間がかかりすぎて無理かも.
LANL2DZ(Hay-Wadt) ECPは有名な割に精度がいまいち
なのでSBKJC ECPあたりが手軽でいいんでない?
DFTならBLYPかBOP汎関数がおすすめだ.
文献がなければ自分で精度検証してみよう.

defaultで用意されているもの以外のbasisは,既出だが
http://www.emsl.pnl.gov/forms/basisform.html
から入手可能.計算たいへんそうだけど頑張って〜


286 :あるケミストさん:2005/05/12(木) 09:07:25
>>282 釣れませんな。

287 :ボンクラM1:2005/05/13(金) 15:37:36
5分程度で終わる簡単な計算の間ここの人は何してますか?
やっぱり2chが多いのかなあ。
論文読むにもどうも中途半端で。

288 :あるケミストさん:2005/05/13(金) 22:39:26
>>287
ここでも見てなさい。

大人の時間
ttp://www.otona-times.com/imgboard.htm

三次元@ふたば
ttp://zip.2chan.net/a/futaba.htm

289 :あるケミストさん:2005/05/15(日) 20:11:23
>>286
#HF/91分けの禿隠し(鬱、死) Opt=full頭皮

290 :あるケミストさん:2005/05/16(月) 01:01:59
超伝導を学ぶとどのようなことがわかるのですか?
超伝導とフラーレンは関係あるのですか?
超伝導によってパソコンの性能が上がるらしいですが、
それはなぜですか?

291 :あるケミストさん:2005/05/16(月) 14:58:40
>超伝導を学ぶとどのようなことがわかるのですか?
http://www.google.co.jp/search?hl=ja&c2coff=1&client=firefox-a&rls=org.mozilla%3Aja-JP%3Aofficial&q=%22%E8%B6%85%E4%BC%9D%E5%B0%8E%22&btnG=Google+%E6%A4%9C%E7%B4%A2&lr=

>超伝導とフラーレンは関係あるのですか?
http://structure.chem.okayama-u.ac.jp/Japanese/work/dope.html

>超伝導によってパソコンの性能が上がるらしいですが、
>それはなぜですか?
http://www.nuee.nagoya-u.ac.jp/labs/hayakawalab/study/circuit2.html

292 :あるケミストさん:2005/05/17(火) 00:38:03
このスレの住人、JACSとかJCPとかJPCとか載せることができて羨ましいな

     ∧∧
    /⌒ヽ)  
   i三 ∪ 洩れなんか一年かけてやっとCPLだよ。はぁletterかよ・・・
  〜三 |   
   (/~∪   
   三三
  三三



293 :あるケミストさん:2005/05/17(火) 23:40:59
今の量子化学の最前線の研究って何?

294 :あるケミストさん:2005/05/18(水) 00:23:57
厳密解

295 :あるケミストさん:2005/05/18(水) 01:24:33
JCP
http://www.jcp.or.jp/


296 :あるケミストさん:2005/05/18(水) 18:44:29
>>292
レター誌であるにもかかわらず、フル(ry

297 :あるケミストさん:2005/05/19(木) 22:54:21
>>293

*** National Meetingへ行けばわかる。
日本の研究は、安全第一だが地味過ぎる。

298 :あるケミストさん:2005/05/25(水) 09:07:59
でもやはりCPLどまりじゃいまいちだなあ。
そればっかしって人も結構いるんだけどw

299 :あるケミストさん:2005/05/25(水) 18:08:33
CPLは難関

300 :あるケミストさん:2005/05/25(水) 20:51:28
CPLはreviewerを日本人にできるんじゃなかったけ? 日本語でのやりとりも可だったような気が。


301 :あるケミストさん:2005/05/25(水) 21:00:36
それCLでは?

302 :あるケミストさん:2005/05/26(木) 19:24:17
>266
とりあえず中性分子は
 長半径: 3.52 + 1.10 ≒ 4.62Å
 短半径: 2.45 + 1.10 ≒ 3.55Å
の楕円板で近似する(水素核まで)。これに
 ファンデルワールス半径 1.20Å
の厚さの衣を付ける・・・

303 :あるケミストさん:2005/05/27(金) 01:46:52
フェルミディラック分布を考える上でわからないところがあります。
1) 各々の電子は区別できない。 
2) 一つの座席には一つの電子しか入れない( Pauliの原理 )。
このような条件で座席を占める粒子が熱平衡状態でとるエネルギー分布
<--- 全電子数一定,全エネルギー一定のもとでの最確分布
の最確分布の意味がわかりません。テキストには最確分布を求めるのに
全エネルギーでの座席を占める粒子の仕方の総数Wの極地を求めればいい・・・
と書いてあるんですが、何でそうなるのかさっぱりです。
最確分布について教えてください

304 :あるケミストさん:2005/05/30(月) 10:54:13
そのテキストの説明で何で分からないのかさっぱりですよ。

305 :あるケミストさん:2005/05/30(月) 15:44:08
すげースレ違いっぽいんだが。。
要するにエネルギーさえ同じならば
どのような配置も等確率で実現するというのが
統計力学の考え方なわけで、
ならば見かけ上区別のつかないような状態が
(実は本質的に区別がつかないのだという補正が(N!)^-1)
一番多いのはどのような分布の仕方なのか求めよう、
っていう構図はこれまでとずっと変わらない。
式の意味に気を配りながらもう一度ボルツマン分布の
ところを復習してみたら自然と分かってくるんじゃない?

306 :あるケミストさん:2005/05/31(火) 18:56:47
ジャン 「…何か、言葉が彫ってあるよ

ナディア「………
      火の龍と、南面ンゴンドの月日は
           15回目の復活
       今日 目出度き日に授かりし
         我が娘 ナディアに
            百の喜び
            千の幸せ
         万の慈愛を願いて
    ここに その生命コードを収めんとす

グランデス「我が娘……ナディア……?
ハンソン「これは……!?
ナディア「…私が生まれたときの、
     私のための碑文だわ……
ジャン 「…その、ナントカの月っていうのは、
     いつなの?
ナディア「西暦で言うと…1875年5月31日……!?
サンソン「それってもしかして…
               …今日のことじゃねェのか?
ハンソン「じ、じゃあ今日は!
グランデス「ひょっとするってェと……
ジャン 「ナディアの、 誕 生 日 だッ!!

307 :あるケミストさん:2005/05/31(火) 23:28:30
>>306
あぁ、えっと……そうなの?

308 :あるケミストさん:2005/06/01(水) 01:09:29
何度調べても遷移状態のエネルギーがreactantよりも低く
なってしまうのですが、これって活性化エネルギーのない
反応系と考えればいいのでしょうか?

計算レベルもそんなに低くないし、大きな1虚振動もつし、
明らかに遷移状態なんですが、、、

309 :あるケミストさん:2005/06/01(水) 01:21:58
>>308
MP4でチェックしる。

310 :あるケミストさん:2005/06/01(水) 01:39:01
>308
実験はどうなの?
B3LYP/6-311+以上でそうなら,バリアレスな発熱反応と言い切るしかない.
坂道PESの微妙な中間状態にぶち当たってるのかも

311 :あるケミストさん:2005/06/01(水) 09:09:22
BSSEギンギンだったり

312 :あるケミストさん:2005/06/04(土) 03:42:18
その遷移状態からIRCかいてみれば。
それなりの計算して虚振動数が1つはっきりでてるなら、遷移状態のチェックにMP4なんかやったって時間の無駄。
頭の悪い計算資源の無駄使いはやめましょう。


313 :あるケミストさん:2005/06/04(土) 11:56:53
知識派の方、加勢お願いいたします。
http://bbs.enjoykorea.naver.co.jp/jaction/list.php?id=enjoyjapan_16

314 :あるケミストさん:2005/06/04(土) 12:29:28
>>313
いくら「知識派」でも、理論化学屋にそんな話題のコメントを求めてどうするんだ?w


315 :あるケミストさん:2005/06/04(土) 18:40:30
量子化学の入門書で、お勧めありますか?

316 :あるケミストさん:2005/06/04(土) 20:19:21
>>315
ザボ


317 :あるケミストさん:2005/06/05(日) 01:35:01
>>315
挫母

318 :あるケミストさん:2005/06/05(日) 11:12:55
振動計算で同位体シフトやりたいんですが、チェックポイントファイルから何を引き継げば効率いいですか?

guess と scrf とあと何かありますか?



319 :あるケミストさん:2005/06/05(日) 12:11:29
ザボって記述内容古いような

320 :あるケミストさん:2005/06/07(火) 22:33:23
Szabo

321 :あるケミストさん:2005/06/08(水) 23:21:41
物理の者ですが、量子力学が基礎という点で量子化学と同じです。
ということで量子化学にも手を出したいのですが、どのような本がお勧めですか?

322 :あるケミストさん:2005/06/09(木) 00:30:05
Szabo か McWeeny?

323 :あるケミストさん:2005/06/09(木) 01:30:33
ザボ

324 :あるケミストさん:2005/06/09(木) 10:59:05
Helgaker を最初から全部嫁

325 :あるケミストさん:2005/06/09(木) 18:16:57
全然勉強してないのに明日量子化学の試験がある僕にアドバイスください


326 :あるケミストさん:2005/06/09(木) 19:08:51
>325
つ(教授への心付け)

327 :あるケミストさん:2005/06/09(木) 20:01:48
単位落とせ

328 :bareta:2005/06/12(日) 18:53:31
Althouh...

tuzukide-su.


329 :あるケミストさん:2005/06/13(月) 14:47:33
水素原子の結合エネルギーを量子論的に求める際に、MO法の取り扱いよりもAO法の取り扱いにほうが近似が良いのは何故でしょうか?
教えてください

330 :あるケミストさん:2005/06/13(月) 17:39:49
解析的に解けるから

331 :あるケミストさん:2005/06/14(火) 08:17:07
>>329
無限遠方での振舞い

332 :あるケミストさん:2005/06/16(木) 23:32:14
分子軌道法の変分原理の証明ってどうしたらいいんでしょうか?


333 :あるケミストさん:2005/06/17(金) 00:34:53

       ??▼???▼??????????????
       ???:::: ::: ::   ::::?::?????????????
     ???::: ::       :: ::?????????????
     ??::?::::: ::    :: ::::??????????????
    ???? :: :::????::::???????????????
     ?:: ::?:: ::??::: :: :: ::?????????????
    ┃■??:::?????  :: ::::???????????
    ? :::::?? :: :::〓?  :: ::::?::????? ▲??
    ┃ ::?:::  :::?:::    ::: :::::???? ?▼??
    ┃::??????::      ::: ::::?▼ ●???
      ???::?:::::: ??::    :: :::?::?:::???
     ? ::?〓?????::    :: ::??::: ??
      ?::::??〓????    :: :::????
      ┃::??:::: :: ?    ::??::??


334 :あるケミストさん:2005/06/17(金) 16:44:20
>>332
試行関数では正しい軌道に誤差分がくっついてるはずよな。
その形に書き直してエネルギー期待値出してみ。

335 :あるケミストさん:2005/06/18(土) 11:45:19
Einsteinの光量子説を導いた実験とはどんな物だったのでしょうか?

336 :あるケミストさん:2005/06/18(土) 12:47:02
>>335
光電効果

337 :あるケミストさん:2005/06/19(日) 19:34:30
領域 X<0、X>LでV(X)=∞、0≦X≦LではV(x)=0であるようなポテンシャルの壁を持つ一次元の箱の中の質量mの粒子の運動を量子論的に取り扱った状態で

ブタジエンの共役二重結合中の4個の電子(質量m)は、一次元の箱(長さL)の中を独自に自由運動していると近似できる。
この時、基底状態と最低勃起状態のエネルギー差をm、L、hを用いて表す時どんな感じになりますか?

338 :あるケミストさん:2005/06/19(日) 19:46:46
>>337
>最低勃起状態
テラワロス(w

339 :あるケミストさん:2005/06/20(月) 00:01:45
オレは最高勃起状態。

340 :あるケミストさん:2005/06/20(月) 00:40:10
あげ

341 :あるケミストさん:2005/06/23(木) 00:21:05
水素分子の非結合性分子軌道ができる説明で
波動関数が正と負の部分が重なる図がでてきて
○●
こんなのがあるのですが、水素の1s軌道って
波動関数が負の部分が無いと思うのですが、
どう解釈すればいいのでしょう。


342 :あるケミストさん:2005/06/23(木) 01:09:07
>>341
波動関数はユニタリー変換分の任意性をもつ

343 :あるケミストさん:2005/06/23(木) 03:09:06
>>341
片方に−1をかけてるだけ

344 :あるケミストさん:2005/06/23(木) 11:06:56
波動関数は正負逆転させてもokってこと?


345 :あるケミストさん:2005/06/23(木) 13:11:00
>>344
もともと正・負の決め方が恣意的だからなぁ。
どっちが正でどっちが負でもいいんだよ。
2種類の符号がありさえすれば。

346 :あるケミストさん:2005/06/23(木) 15:21:39
すごく限定的な話をしよう。
君が「水素原子の1s軌道」と言ったとき、
これは要するに定常波のことを考えているんだよね?
何をどう定常的であると言っているのかと言うと、
そもそもSchrodinger eq.を解くときに設定した条件、
つまり空間的に密度分布が一定であり、
かつエネルギーも変化しないことだ。

そして密度分布はどう表されるかと言えば、
これはもう知っての通り波動関数の絶対値の2乗。
ということは、元の波動関数に絶対値が1の値、
つまりexp(iθ)をかけてもその値は変わらない。
言い換えれば定常波であってもこの位相分の
自由度は残されているわけだ。
水素原子を2つ持ってきて単純にその波動関数を重ねた場合、
その電子の2つの波動関数の位相によって
つまりエネルギーは変わってくる。
位相の取り方にはもちろん無限にパターンがあるが、
その中で互いに直行するものは2つしか取れない。
んで片方を+1に設定した、するともう片方は−1になった。
それがそのテキストに書いてあることの意味。

347 :あるケミストさん:2005/06/23(木) 15:45:46
サンクス
位相がπ違う2つが重なれば反結合性ってことですね。

3dとかで波動関数が正になったり負になったりするのが
ありますが、あれを重ね合わせるときも、一つの軌道内の
正の部分負の部分と考えるよりは、位相をπ反転させた
もう一個の軌道をもってきて考えたほうがいいのかな。



348 :あるケミストさん:2005/06/23(木) 15:48:17
ちょっと違うと思うぞ。

349 :あるケミストさん:2005/06/23(木) 15:50:33
>>346 のことな。

350 :あるケミストさん:2005/06/23(木) 17:10:50
だいぶ胡散臭い説明なのは分かってるが、
ここで躓いているレベルならこれでもいいかと思った。
今は反省している。

351 :soap land gai no hoterukara:2005/06/23(木) 19:37:49
soap land no kyakuhiki level no setumeidana.
mainiti kyakuhikisareteruto bakabakasikunarimasu.

omaenosetumeito yokuniteru.


352 :soap land gai no hoterukara:2005/06/23(木) 19:50:45
masaka soap land gai no hoterudatoha...
omakeni musiatui.
taberutokoromonai.
taberutokorowosagasiteruto, netyuusyouninarisouda.

"oni-sa..."mo iikagenn kikiakita.
internet de hoteru wo mousikomutokino pointdemo kaitekuretahougaiina.




353 :soap land gai no hoterukara:2005/06/23(木) 20:31:23
337-339niha osusume.

354 :soap land gai no hoterukara:2005/06/23(木) 23:37:24
>>341

Can you simply understand this concept ?
Otherwise, you give up studying Quantum Chemistry.

konoteidonokotoha,tyokkanntekini, rikaidekinakutehadame.
fukuzatunakotowo,iidasebakiriganai.
suusikinotennkaiwosidasebakiriganai.

wakaranakereba,

1+1=2 ---> ketugou
1-1=0 ---> hannketugou

to, omotteokebaiinodeha.

Simple is best.


1+1=2
1-1=0

355 :あるケミストさん:2005/06/23(木) 23:43:53
長い、非常に長い金属ミクロワイヤーがある。その両端の表面準位あたりに
擬似局在する二つの電子。これらに対しても、パウリの排他原理が適用されることを
第二量子化を用いずに説明せよ。(例えば、弱く電子を束縛するTamm準位を想定してよい)

一昨日、輪講でこんな問題が提示された。どう考えればいいの?

356 :あるケミストさん:2005/06/24(金) 08:31:17
悪問に煩わされるのは時間の無駄と考える。

357 :あるケミストさん:2005/06/24(金) 12:24:30
>>355
いや、ちょっと設問が妙なところあるけど、これはいい問題だぞ。
悪問なんてトンでもないぞ。
ただ、妙というのは、「第二量子化を用いずに」とあることだ。関係ない。
また、「ミクロ」とは意味不明、バルクワイヤでいいではないか。
さもないのなら、ナノワイヤか、とも金属原子Tomonaga1次元配列とするのか
特定しないといかんぞ。
誰や、この問題出したのは?


358 :あるケミストさん:2005/06/24(金) 18:37:03
非常に細いってことじゃないのかな? <ミクロ

359 :あるケミストさん:2005/06/28(火) 21:51:28
あげ
伝統のこのスレが数日も動いてない様なので

360 :あるケミストさん:2005/06/29(水) 08:04:13
>>359
それもまた伝統なので、気にするな。

361 :あるケミストさん:2005/06/30(木) 01:39:01
357>>
濡れ=355より:この前、院でやってる9研究室縦断型の輪講で、量子論(固体物性関係)の
著名な本も書いているある老子が担当された。その時の宿題として出された。
その名誉教授は、今度は9月末の第32講でまた来られるらしい。それまでに
解いておきたい。第二量子化ということはヒントで、生成演算子で生成させた
電子の準位の量子数とスピンを考慮し、同じセットはないという筋で行けないかと
思った。しかし、勝手に電子を生成させたら、エネルギー保存則に反し、実在金属
を破ってしまいそうで困る。また、両端の電子は互いに他と同じでないとどうして
情報交換ができるかということを言わないと矛盾が出て来そうだ。
 糸口が掴めないでいる。しかし、エポックポイントのような問題であり、挑戦を
続けたい。ジュリームモデルは何も言ってくれなさそう。もちろん、ゾンメフェルトでも
駄目そう(当然だけど)。
 卓見あれば訊きたかったのですが。確かに、トモナガ1次元のモデルでも行けそうだが、
だが、成り立っているかどうかの判定の同時性は? 相対論も絡みそうで、そこに
踏み出すのは怖そうだけど。その前に、オッペンハイマーの電気力学を読みなおすべきか、
ランダウの方にヒントがあるか?
 あ、輪講のシステム書いちゃったからわかっちゃうかもしれないけど、わかった方も
どうか特定は試みないで下さい。その詳細記載は非キボンです。

362 :あるケミストさん:2005/07/01(金) 02:22:49
計算化学の先輩様たちへ

      X''=-X-2XY
Y''=-Y-X*X+Y*Y
      ’=d/dt
という、微分方程式の数値計算法を考えています。
 そこで、ルンゲ・クッタ法を使って解こうと思いますが、
Xについて解こうと思うと、yをどう処理したらいいか分からなくなります。
 皆さんはどんな方法で解くんですか?是非お教えくださいませ。
 ちにみに、netでいろいろ検索したり、数値計算の本をみてもなかなか、よいヒント
 が見つかりません。参考になりそうな文献でもありましたら教えてください。
 お願いします。

363 :あるケミストさん:2005/07/01(金) 10:14:26
普通の常微分方程式に見えるが..
http://www.library.cornell.edu/nr/cbookfpdf.html
http://www.library.cornell.edu/nr/bookfpdf/f16-5.pdf




364 :362:2005/07/01(金) 15:02:00
>>363
ありがとうございました。
なるほど。なるほど。
自分ではなかなか思い付かないものですね.....


365 :あるケミストさん:2005/07/02(土) 07:59:12
この程度だったらそういうものでもないだろう。

366 :あるケミストさん:2005/07/04(月) 16:19:54
>>361
●大の物性■■でしょ。もうバレバレですよ。
それはともかく、量子数のセットに関する「同時性」を考えるとは、
どうしても意味がわかりませんが。。。。。。W
そもそも、この件は、TOMONAGA1次元では説明済みのことのように思われるが。
いずれにせよ、化学スレだけでなく、物理スレの関係ページにも出してみたら?

367 :あるケミストさん:2005/07/04(月) 22:07:36
エロンゲーション法をエロゲと略してみるテスト。

  ∧_∧
 ( ´∀`)< エロゲ

368 :あるケミストさん:2005/07/05(火) 00:55:56
次の問題について教えてください

一次元の箱の中の自由粒子の運動を量子力学的に解きなさい
更にそれを三次元に拡張するとどうなるか?

369 :あるケミストさん:2005/07/05(火) 02:46:03
スルー


370 :あるケミストさん:2005/07/05(火) 11:09:57
>>368
アホ

371 :あるケミストさん:2005/07/07(木) 11:19:39
オマイら、夏はシュレディンガー音頭ですよ。

372 :あるケミストさん:2005/07/07(木) 16:41:44
ポリエンCH2=(CH-CH=)k-1CH2は共役系が長くなるほど吸収する光の波長が長くなる。
その理由を説明せよ。但しπ電子を一次元の箱の中の粒子として近似すること。

意味不明…。分かる方、お願いします。

373 :あるケミストさん:2005/07/07(木) 17:01:22
>>372=>>368か?
もちっと基礎の勉強頑張って来い。

374 :あるケミストさん:2005/07/09(土) 03:29:14
近似するのが目的の学問なんてやってて悲しくならないかね


375 :あるケミストさん:2005/07/09(土) 03:47:22
>>374
>>372>>368も解析的に解けるぞ
頑張れ!

376 :あるケミストさん:2005/07/09(土) 04:00:02
既に近似入ってるジャン

377 :あるケミストさん:2005/07/09(土) 04:33:04
古典論でも、摩擦空気抵抗相対論諸々を加味した厳密解出してる奴なんかいないよ
統計もある意味近似でしょ

378 :あるケミストさん:2005/07/09(土) 06:30:25
普通「近似の無い理論」って TOE の事を指すんじゃないの?

379 :あるケミストさん:2005/07/09(土) 12:42:23
量子力学の範疇で解析的に解ける問題を研究しているやつなんていない。
古典論は量子力学の近似でしょう。
私の言いたいことは、そういう"ある意味近似"とかではなくて、
ある程度、現在の計算能力を考慮した理論を立てないといけないということ
話を限定すれば、理論や基底関数の、構築の過程・選択にどれくらいの理論的根拠があるのか考えたことある?
近似が含まれている云々ではなく、その学問の目的のことを言っている


380 :あるケミストさん:2005/07/09(土) 13:38:01
そうは言っても、自然科学自体が近似を目的としているからねえ。
自然現象を、人間の能力を考慮して理論化しているわけですから。
君はもう少し「理論」という言葉に批判的になったほうがいいかもしれないね。

381 :あるケミストさん:2005/07/09(土) 14:34:26
自然の現象をより簡単な方法で表そう、というのが自然科学だと思ってたが。


382 :あるケミストさん:2005/07/09(土) 17:01:56
通常の自然科学は自然の有効な近似法を求める学問だ。
だから「近似するのが目的の学問なんて」なんて言うのは
万物の理論(TOE)を目指す人くらいだと思ったんだがなぁ。
もしくは、自分のやってる事に近似が入ってるのに気付いてないバカ者か。

物理の世界では万物の理論(TOE)を目指す者達だけが
近似の無い理論を作ろうとしているが、
それでも「自然は数学的な法則に当てはめられる」という
自然科学の大前提の上に成り立っているんだよな。

383 :あるケミストさん:2005/07/10(日) 11:05:54
論点がずれている、一般的な自然科学のアプローチ方法を問題にしているのではない、ここは量子化学板でしょ
数学以外の自然科学に近似が入っているのは自明。
ちなみに、量子化学の世界で"理論"といえば近似レベルのこと、
"理論的根拠"といえば量子力学等による裏付けもしくは妥当性のこと、
と少なくとも私は思っている
で、現在量子化学がやっていることは、
実験結果に矛盾しない、より計算機で解き易い方法の探究でしょう。
計算機の能力が大きく変われば、これまで使われていた方法が
そっくりそのままなくなる可能性のある、報われない学問だというのが主張。
質点だとか量子だとか素粒子だとかひもとかいう話とは全く別次元の話。
"簡単な方法で表そう"というのと"実験結果と比べて妥当な近似を探そう"とは
まったく違うことと思う。"簡単な方法"という表現も反論したいが...
あと、
自然科学は近似を目的とはしていないと思うよ、結果的にそうであっても
ニュートンはじめ昔の人も"これで完璧"と思っていたと思う

384 :あるケミストさん:2005/07/10(日) 11:51:56
量子化学は確かに近似法を開発する学問だけど、
それでもやっぱり近似は目的じゃなくて手段だ。
つまり、最初の釣り(面白いので敢えて釣られたが)は最初から論点を外している。

近似を行うのは、その近似を使って何かしたいから。
それはたとえ量子化学における手法論開発でも変わらない。
意識としては手法論開発が目的のように行動しているかもしれんが、
それでも目的を達成するための手段にすぎない。
もしくは、研究の目的じゃなくて、趣味的な目的か。

「で、それ使えるの?」とはよく聞かれる事であるが、
それは「近似して、で、終わり?」という意味であって、
近似が目的ってのはおかしいよということだ。
使えて何ぼということなら、自分が使うにしろ、他人に使われるにしろ、使うのがやっぱり目的だ。

>ニュートンはじめ昔の人も"これで完璧"と思っていたと思う
ニュートンの頃は近似だとは思ってなかったのかもしれないけど、
今は殆どの人が意識してるし、していなくてはならない。
理論の前提(原理、要請、仮定)が何なのかしっかり理解しておかないと、
前提外の事象に理論を適用してしまうかもしれない。

物理にしろ量子化学にしろ、「どんな近似を行うか」を常に考えている。
化学合成の分野でも、
「こういう系は大体こういう反応がおき、条件はこうこうこうだ」
という「近似」をいくつも作って、それを利用、応用している。
「どんな近似を行って、現象をいかに説明するか、いかに予想し、制御するか」
が、(数学を除く)自然科学の目的だ。
近似を考える、近似を利用する、これが研究の主軸であり、そして手段だ。

385 :あるケミストさん:2005/07/10(日) 19:53:47
どうでもいい質問。B3LYPって何て発音してます?
俺はビースリーリップだと良いなぁと思うのだが。


386 :あるケミストさん:2005/07/10(日) 20:03:36
上に同じ

387 :あるケミストさん:2005/07/10(日) 23:00:23
びーさんえるわいぴー

388 :あるケミストさん:2005/07/11(月) 00:19:25
おまい、国際学会でもエスティーオーサンジーとか言っとらんやろな。

389 :あるケミストさん:2005/07/11(月) 03:09:16
やべ、いわれてみると俺普段から
ろくさんいちいちじーとかいっている・・・。
まぁ国際学会なんて出てないから傷は浅いけど。

390 :あるケミストさん:2005/07/11(月) 21:39:20
>>379
それは研究室のボスの経験則によるもので、厳密には非経験的ではない

391 :あるケミストさん:2005/07/13(水) 23:33:29
しーしーえすでぃーてぃーおーぐしーしーぴーぶいてぃーぜっと

392 :あるケミストさん:2005/07/14(木) 00:27:14
本田宗一郎は独力でエンジンを作るために、毎日悪戦苦闘した。
しかし、ある時悟った。エンジンを自分で作るためには学校へ行かなければ行けないと。
それで、浜松高等学校へ入学した。当時、すでに29歳で妻子もあった。
しかしこの大英断はその後のホンダの繁栄を築いたと言える。

>>390

一人で練習しても限界がある。
国際学会でうまく発表するためには、やはり留学する必要がある。
と悟った。


393 :あるケミストさん:2005/07/14(木) 00:29:43
I am sorry for my mistake:

390 is incorrect.
391 is correct.

394 :あるケミストさん:2005/07/14(木) 00:39:58
漏れは、>>355 であり、 >>361 でもあります。
この問題、老師から、「アプローチのアイデアが浮んだものは、先んじてe-mailで議論
してあげるから、早めに今からでも寄せなさい」とメイルが来ました。
漏れはまだ、取っ掛かりが掴めていません。
もし、suggestion頂ければ幸いです。

395 :あるケミストさん:2005/07/14(木) 04:01:24
>>392-393
妙な誤爆だな

396 :あるケミストさん:2005/07/14(木) 22:34:27
>>394

I think as follow:
Quantum Mechanics hold for Universe.
Similarly, of course, Pauli’s rule holds for Universe.
That is to say, the rule holds for every material.
Of course, the rule holds for your material.
Therefore, I suggest that you should read original paper of Pauli’s rule.


397 :あるケミストさん:2005/07/14(木) 22:46:27
>>396
Thanks. But note that it is NOT a "Rule" but a "Principle"!
Please doublecheck it!
Bye!

398 :あるケミストさん:2005/07/15(金) 08:24:29
お前ら何かキモイよ。


399 :あるケミストさん:2005/07/15(金) 10:46:55
>>398
余計なカキコして、伝統のこのスレを荒らすな!

400 :あるケミストさん:2005/07/15(金) 16:50:28
流れぶった切って申し訳ないのですが質問があります。
Windows版Gaussian03を使っていますが、
cubegenに与えるメモリーをデフォルトの6MW=48MBから
増やすにはいったいどうしたらいいのでしょう?
マニュアルにはコマンドラインオプションで指定できるとありますが、
ここにどのような値を設定してもcubegen.exeが使うメモリーは
増えも減りもせず、48MBのままでした。
環境変数GAUSS_MEMDEFを使えとも書いてあるので
同じ値を設定してみましたがこれもだめ。
だいたい食べさせるのがfchkファイルなのに
「Use %mem=7MW to provide...」などと言われても、、、
駄目もとで@head.dat置いてみましたが意味はありませんでしたし。

401 :あるケミストさん:2005/07/16(土) 02:14:28
You may ask the question to Gaussian Inc.

402 :あるケミストさん:2005/07/16(土) 11:15:14
そうします……

403 :あるケミストさん:2005/07/18(月) 02:29:19
有効交換積分値で磁性を評価したいんですが、OUTPUTのどこに載ってるんでしょうか?



404 :あるケミストさん:2005/07/26(火) 00:30:09
Gaussianの初歩的な質問でスレを汚して済まないですが、
密度汎関数法で発光スペクトルを求めるってできますか?
# B3LYP/6-31G(d) TD(nstate=10) opt
みたいにやっても上手くゆきません。

405 :あるケミストさん:2005/07/26(火) 06:55:25
本当にちゃんとした基底状態になってる?

406 :あるケミストさん:2005/07/26(火) 11:39:35
レスサンクスです>>405。つまりfreqでチェックせよとのことですか?
実はそれ以前にこんなエラーが出て計算が進まないのです。
************************************************
** ERROR IN INITNF. NUMBER OF VARIABLES ( 0) **
** INCORRECT (SHOULD BE BETWEEN 1 AND 50) **
************************************************

それとも俺の理解が間違っているのだろうか?俺の理解:={
# B3LYP/6-31G(d) opt
で最適化した構造に対して
# B3LYP/6-31G(d) TD(nstate=10)
とやると、吸収スペクトルが得られる。

これに対して
# B3LYP/6-31G(d) TD(nstate=10) opt
とやると、励起安定構造が求まって、その都度、吸収スペクトル
(いわゆる発光スペクトル)が求まる。

「DFTでは電子励起状態をあらわには取り扱えない」っていうけど
つまり、この計算は出来ないという話なんでしょうか?>>詳しい人

407 :あるケミストさん:2005/07/26(火) 11:56:00
うへ。
そのエラー、見たことあるようなないような...。
TD 使ったの結構前だから、あんま覚えとらんわ。

状態数が 10 もないとかいう事はないよね?

408 :あるケミストさん:2005/07/26(火) 12:14:34
どうもです。>>407 今、状態数=1にしてみましたが同様でした。なお、
# HF/6-31G(d) CIS(nstate=10) opt
とやると、問題ないんですよ。
やっぱTDの励起安定構造探索ってむりなのかな。

409 :あるケミストさん:2005/07/26(火) 12:18:10
うーん。かもしれんね。
最新バージョンでもダメなのかは分からんが...。

410 :あるケミストさん:2005/07/26(火) 12:43:47
そうかもですか、なるほど・・・。
お昼時にかまってくれて有難うございました。
Gaussian.com に気安くメールで質問してみることにします。
(はじめからそうしろって?)

411 :あるケミストさん:2005/07/26(火) 14:24:45
QCHECK文字化けしませんか?

412 :あるケミストさん:2005/07/26(火) 14:39:51
文字化けというか、エンコードの自動選択に失敗してるだけだったりしない?

413 :あるケミストさん:2005/07/26(火) 15:13:43
>>410

may:してもいい。
何事もほどほどならいいのでは?
「下手な考え休むに似たり」になるくらいなら、
ある程度考えたら行動すべき。


414 :あるケミストさん:2005/07/26(火) 17:41:20
相手によるのでは?

415 :あるケミストさん:2005/07/26(火) 22:51:56
量子化学の専門用語(CASSCFとかQM/MM)って何かの暗号みたい

416 :あるケミストさん:2005/07/26(火) 23:03:13
Universal Award of Accomplishmentは、どの程度価値あるの?

417 :あるケミストさん:2005/07/26(火) 23:19:43
Top 100 Scientists Pinnacle of Achievementよりも価値あると思う。

418 :あるケミストさん:2005/07/26(火) 23:49:14
What is "Top 100 Scientists Pinnacle of Achivement" ?

419 :あるケミストさん:2005/07/27(水) 01:59:52
日本の量子化学が駄目な点を述べよ。

420 :あるケミストさん:2005/07/27(水) 02:07:41
>>419がいるから。

421 :あるケミストさん:2005/07/27(水) 02:28:02
それは極めて独創的意見。
大丈夫。そのうち留学しますから。


422 :あるケミストさん:2005/07/27(水) 02:41:48
>>419
数値計算の体系的な教育が全くなっていないから

423 :あるケミストさん:2005/07/27(水) 02:56:32
なくてもいい論文ばかりを一流雑誌に大量出版することを目的としているから。
最近は、数の点でも減少気味。


424 :あるケミストさん:2005/07/27(水) 03:00:40
超鈍足スーパーコンピュータのため。
バッチ投入後、3日後に動き出すようではもう駄目です。


425 :あるケミストさん:2005/07/27(水) 03:26:40
>>420

419のような独学者が
Universal Award of Accomplishment
Top 100 Scientists Pinnacle of Achievement
などなどを受賞するから。

426 :423:2005/07/27(水) 08:23:08
具体例。
ベンゼン環2つの場合の論文をJACSに出版。ご立派。
次に、ベンゼン環3つの場合に関して同じような内容の論文を
JACSに出版。ちょっと疑問。
その次は、ベンゼン環4つに関しても同じ。明らかに意図明白。
その次は、5つに関して行う。
コンピュータが早くなれば、6,7,8…と行う。

さて、このグループは何のために研究しているのでしょうか?
くどくど説明しなくてもわかるだろう。


427 :あるケミストさん:2005/07/27(水) 08:25:00
理想だけでは飯は食っていけんのですよ。

428 :あるケミストさん:2005/07/27(水) 08:28:28
言い訳するな!

429 :あるケミストさん:2005/07/27(水) 08:48:51
出世したいだけなら、知り合いを多く作ればいい。
特に、大物に取り入ればいい。
T先生のように気持ち悪くすりよればいいw


430 :あるケミストさん:2005/07/27(水) 09:45:52
>>426
一レスで書けるようなことを何レスにも分けて書くな

431 :あるケミストさん:2005/07/27(水) 10:44:35
>>426
そこの先生がその研究で満足してるんなら別にいいんじゃない?


432 :あるケミストさん:2005/07/27(水) 21:31:58
>>426
追加:基底関数や計算方法をより高度なものにする。

433 :あるケミストさん:2005/07/28(木) 12:27:13
>>406

今知りましたが最新版ではTDで最適化できるんですね。
ただしnumerical gradientsで行うのでデフォルトでは
NEF(NUMERICAL EIGENVECTOR FOLLOWING)を使うようです。
EFは変数を50までに制限しているのでそのようなエラーが出るのでしょう。


434 :教えてください:2005/07/28(木) 18:16:04
ハミルトン演算子がH=Ho+λH1で表せるときの
ヘルムホルツの自由エネルギーに関してなんですが、
この自由エネルギーの拡張がなぜ
F=Fo+λ<H1>o+・・・
になるんですか?
あとこの次の項ってどうなりますか?
どなたかわかる方、教えていただけないでしょうか。

435 :あるケミストさん:2005/07/28(木) 19:38:08
ただの摂動論でねーの?
量子力学の教科書でも読めば解決しそうな希ガス

436 :434:2005/07/28(木) 19:59:49
教科書を読んでるんですが、肝心の自由エネルギーを
ハミルトン演算子でどうやって表せばいいのかがわかりません。
そこを教えていただけませんか。お願いします。


437 :あるケミストさん:2005/07/28(木) 20:13:04
ハミルトニアンから分配関数作ってヘルムホルツ持ってくとか〜。

438 :あるケミストさん:2005/07/28(木) 21:51:53
>>426
Z = Tr{exp(-βH)} = \sigma_{i} <i| exp(-βH)| i> = exp(-βF)



439 :あるケミストさん:2005/07/28(木) 22:03:19
>>436の間違いだった。
>>438の式を適当に摂動展開したら出てこないか?


440 :436:2005/07/29(金) 11:26:31
摂動展開がわかりません。根本的に私の力が足りないんでしょうね・・・


441 :あるケミストさん:2005/07/29(金) 11:56:40
摂動が分からないのはさすがに問題だと思う
テキスト読み直しなさいよ

442 :436:2005/07/29(金) 12:10:22
摂動自体はなんとなくですが理解できました
>>438の式の摂動展開ができないんですよ・・

443 :あるケミストさん:2005/07/29(金) 12:18:52
>>442
指数関数(肩は演算子)のテイラー展開でいいんじゃないの?

444 :443:2005/07/29(金) 12:19:46
ハミルトニアンをH=H0+H1っておいて。

445 :436:2005/07/29(金) 12:43:11
>>436くらいの問題はレベル的には学部生レベルですか?
どうしても解けません。自分の力がないのはわかってるんですが。


446 :436:2005/07/29(金) 12:44:24
>>434の問題です。

447 :あるケミストさん:2005/07/29(金) 12:54:45
>>445
学部生にはちょいきついかな、でも本格的に物理を勉強してる奴は出来るかな
っていうレベルかと思われ

448 :436:2005/07/29(金) 13:11:58
私は化学系学科の学部生なんですが、教科書のには同じような
(摂動に関するところ)ところはほとんどのっていません。できれば
具体的な解き方を教えていただけませんか。

449 :あるケミストさん:2005/07/30(土) 20:40:25
有った

450 :あるケミストさん:2005/07/30(土) 20:47:12
量子化学の手法においては、
一般的になぜ直行系ではない原子軌道を使用しているのかが
疑問。
初めから規格直行した分子軌道を使用しないのはなぜ。


451 :あるケミストさん:2005/07/30(土) 21:32:10
複雑だからさ。

452 :あるケミストさん:2005/07/30(土) 22:00:46
それなら球面調和関数を基底に持ってくるってのはダメなの?

453 :あるケミストさん:2005/07/30(土) 22:02:17
>>450
ガウス関数を基底関数にとるのが普通なため
規格直交化ないほうがまだ楽だから

454 :あるケミストさん:2005/07/30(土) 22:16:14
>>452
持ってきてるんじゃないの?
まぁ、線形結合とって実にしてるけども。

455 :あるケミストさん:2005/07/30(土) 22:29:26
スレーター型関数の詳細定義ってどの分野の教科書に載ってます?

456 :あるケミストさん:2005/07/30(土) 22:31:28
>>455
ザボ

457 :あるケミストさん:2005/07/30(土) 22:38:05
朝倉の原子分子物理学に載ってはいるが、詳細ではないので、
詳細に載っている本をご存知の方教えてください。


458 :あるケミストさん:2005/07/30(土) 22:41:29
>>457
ザボ

459 :あるケミストさん:2005/07/30(土) 22:46:27
ザボに軌道指数の決定法は載っています?

460 :あるケミストさん:2005/07/30(土) 22:48:21
http://chat.chat-w.com/3/
ここのROM数を増やそう!!!

461 :あるケミストさん:2005/07/30(土) 22:54:58
スレーターが考案した軌道指数は変分で決めるらしのだが
詳細な式の展開が分らん。
論文読むしかないのかなー。

462 :あるケミストさん:2005/07/31(日) 01:24:27
>>461
GAMESSなどの出来合いのプログラムならその辺は全部自動でやってくれるが

463 :アルキルナフタレン:2005/07/31(日) 11:02:12
唐突な質問ですいません。
アルキルナフタレンって潤滑油ベースに非常にいいと聴いたんですが
どんな物でどんなところが造っていて、どんな使われ方なので
しょうか?
先生教えてください

464 :あるケミストさん:2005/07/31(日) 12:50:42
ageでマルチはやめれ。
宿題は宿題スレだけでやれ。マルチだから誰も答えてくれないんだよ。

465 :あるケミストさん:2005/07/31(日) 14:24:22
>>461
古い本を探せば載っているかも知れないが、探す手間を考えれば
原論文読むのが結局一番早いだろうな。

466 :あるケミストさん:2005/07/31(日) 22:37:58
アルキルがアナルに見えた
しかも潤滑油とか言ってるから、ホモかと思った。

467 :あるケミストさん:2005/08/02(火) 11:10:31
HOMO

468 :あるケミストさん:2005/08/02(火) 14:42:59
原論読んでみます。

469 :あるケミストさん:2005/08/08(月) 02:10:31
本に載っているような分子軌道のダイアグラムって、どのレベルの計算を使っているの?
HF? MP2?

470 :あるケミストさん:2005/08/08(月) 02:16:39
「分子軌道」である以上、HF とか Huckel とか DFT とかそんなもんだろうね。
自然軌道ならまた変わってくるんだが。

471 :あるケミストさん:2005/08/08(月) 17:23:33
みなさん大好きなB3LYPの意味を教えてくれませんか?
あんなインチキくさいモノをつかえません。
実験と合うからいいって、すげー問題だよね〜。
元の理論の範囲内で議論しましょう。

472 :あるケミストさん:2005/08/08(月) 17:34:06
まあ今回の法案廃案がいかに危険な事かを知るためには、
とりあえず

「特定郵便局長 逮捕」

とgoogleで検索してみる事から始めるべきだな。




473 :あるケミストさん:2005/08/08(月) 20:19:12
Becke88 交換汎関数
 Slater 交換汎関数に密度勾配を用いて補正を加え、
 HF 交換エネルギーを出来るだけ再現できるようにしたもの。

Colle-Salvetti 相関汎関数
 相関(電子間)Cusp 条件を満たすよう HF 波動関数に補正項を加え、
 それにより変化するエネルギーを相関エネルギーとしたもの。
 一般には二電子密度が必要になる。
 近距離における電子相関を取り入れる事ができる。

Lee-Yang-Parr 相関汎関数
 CS 相関汎関数を密度と密度勾配を用いて近似したもの。

というわけで、BLYP は結構まともな手法になっている。
Becke88 はちょっと微妙なところがあるけど。
CS 汎関数は無駄な近似があるので、
そのあたりをもっとまともにした汎関数も開発されている。

474 :あるケミストさん:2005/08/08(月) 20:20:36
Vosko-Wilk-Nusair 相関汎関数
 電子ガスにおける高密度極限と低密度極限における相関エネルギーを Pade 補間し、全密度で使用できるようにしたもの。

Kohn-Sham DFT
 Hohenberg-Kohn の定理に厳密に基づくなら、
 エネルギーは密度のみの汎関数として表されなければならない。
 しかし、実際にそうすると結合がうまく表現できないことが証明された。
 その主たる原因は運動エネルギーにあるので、
 運動エネルギーを HF と同じ形にし、そうすることによるズレを
 相関項に全部押し付けるようにしたもの。
 当然この方法に賛否はあるが、結合も表せないよりは遥かにましであろう。

B3LYP
 Becke88, HF 交換汎関数と VWN, LYP 相関汎関数を
 G2 データセットで良い結果を与えるように特定の比率で混ぜ合わせたもの。
 KS-DFT で行っていたのは運動エネルギー項を2つに分解するものであったが、
 B3LYP では交換項も同様に2つに分解する。
 ただ、HF 交換項をそのまま全部は取り入れず、
 ある比率を持って導入する形になっている。
 とはいえ、錬金術と言われるのも無理は無いきらいはある。
 しかし、現実問題大きな分子では B3LYP くらいしか使える手法は無く、
 内心は已むを得ず使ってる人が多いのが現状である。

475 :あるケミストさん:2005/08/08(月) 20:51:15
>>472
>特定郵便局長の”平均”年収は約900万円 + 賃貸料430万円(自宅が郵便局だから) =1330万円
>特定郵便局長の”平均”年収は約900万円 + 賃貸料430万円(自宅が郵便局だから) =1330万円
>特定郵便局長の”平均”年収は約900万円 + 賃貸料430万円(自宅が郵便局だから) =1330万円
>特定郵便局長の”平均”年収は約900万円 + 賃貸料430万円(自宅が郵便局だから) =1330万円


東大卒→ソニーの平均年収790万円
大卒サラリーマンの平均年収560万円
全サラリーマンの平均年収430万円

コピペしろ!

特定郵便局長の平均年収は920万円
http://money4.2ch.net/test/read.cgi/nenga/1094801504/

●●【世襲制】特定郵便局●●
http://money4.2ch.net/test/read.cgi/nenga/1080883369/




476 :あるケミストさん:2005/08/10(水) 13:32:11
すれ違い。市ね。


477 :あるケミストさん:2005/08/18(木) 03:07:05
HF交換項を陽的に計算して相関汎関数を計算しなければならない限り、
実践的な点からも(特に大規模系への適用という点で)、DFTの持つ本質的
利点を生かしたことにならない。
いつまでもbest semi-empiricalの枠内での補正による精密化にこだわらず、
そろそろ原点であるKEDFに立ち返るべきでは?
分子、結合が難しいというのは十分承知の上での提言。


478 :あるケミストさん:2005/08/18(木) 20:38:15
分子軌道計算とは違いますが、フリーの平面波基底のバンド計算ソフトって
何がお薦めでしょうか?
abinit
cpmd
siesta
などいろいろあるようですが。

479 :あるケミストさん:2005/08/18(木) 22:46:03
ABINITはPAW使えるらしいので良いかもしれない.
GNU/GPLでは他に PWscf なんてのもあるよ.

あとは、閑散としてるけどここで聞いたら
1ヵ月後ぐらいに返答がもらえるかもしれない(笑
ttp://science3.2ch.net/test/read.cgi/material/1092329472/l50

480 :あるケミストさん:2005/08/19(金) 03:32:12
個人的にはPWscfがおススメ。MLで結構初歩的な質問にも丁寧に答えてくれるし。
norm conserving とUSPPしか使えないという制限はあるのと、ちょこちょこupdateするのが難点。
ちなみに今PWscfにはcpももれなくついてくる。
siestaは平面波基底じゃないよ。


481 :あるケミストさん:2005/08/20(土) 19:51:51
シロウトでも簡単に扱える量子化学計算ソフトを教えてください
(Windowsで動かせるやつ)

482 :あるケミストさん:2005/08/20(土) 21:19:30
>>481
http://3016.net/ 読め。

483 :あるケミストさん:2005/08/20(土) 23:53:55
Fractional CoordinatesとSpace Groupって結晶構造とか
をソフトで書くとき(または計算するとき)に必要になりますよね?

そうゆうのってどこで調べればいいんですか?商用じゃなくフリーです。
k-(BEAD-TTF)2Cu2CN3ってなかなかなくて…。化の人ならどうなんどろうと思い…


484 :あるケミストさん:2005/08/20(土) 23:55:23
>>483
k-(BEDT-TTF)2Cu2CN3 でした。すいません。

485 :あるケミストさん:2005/08/27(土) 23:47:59
漏れのセックスは非経験的で自己無頓着

486 :あるケミストさん:2005/08/28(日) 21:31:29
>>485
素人童貞は半経験的か?w

487 :あるケミストさん:2005/09/01(木) 23:38:41
Widows上で動く、出力がTxt形式のFreeの量子化学計算
プログラムってありますか?

QCPEやJQCPE(スペル?)で調べましたが、Win上で動か
なかったり、入手不可だったりして適当なモノが見つかり
ません。
目的は、グラフィックではなく数値的に理解することなので、
(いまどきですが)出力がTxt形式のものを探しています。

宜しくお願い致します。


488 :487:2005/09/01(木) 23:41:18
理論は経験的〜非経験までOKです。勿論、
素人童貞の半経験法もイケます。


489 :あるケミストさん:2005/09/07(水) 22:53:31
>>487
cygwinでGAMESS

490 :あるケミストさん:2005/09/07(水) 23:41:14
なんでクリンルームのライトはオレンジ色なの?長い時間要ると
頭痛くなるんですけど、どぅーしてか教えて!先輩はウエハに
ダメージがどうのって言ってたけどほんと?

491 :あるケミストさん:2005/09/08(木) 02:14:47
>>490
波長の短い(エネルギーの高い)光線をウエハに当てると結晶構造が破壊されるから。
可視域でウエハに光学活性がないのが丁度オレンジ色だったからオレンジにした。
以上、嘘。

492 :あるケミストさん:2005/09/13(火) 17:49:08
GaussianでSAC-CIを使おうとしているのですが、キーワードで
# SAC-CI(Singlet=(Nstate=(2,1,3,2...
# SAC-CI(Singlet=(Nstaet=(2,2,1,2...
などと指定しますよね?
この数字の意味がよく分からないのですが、どなたかご存知ないでしょうか?

マニュアルには計算する系の対称性を指定する、と書いてありますが、
数字と対称性との関係が分からないです。
というか、どの数字が対称性を指定して、どの数字が計算される励起状態の数
を指定しているのかも分からず、悩んでいます。どなたかご存知でしたら
教えてください。


493 :487:2005/09/14(水) 22:30:30
>>489 cygwinでGAMESS
Thxです。


494 :あるケミストさん:2005/09/16(金) 03:05:05
CygwinってIntelのコンパイラ使えたっけ?
gccはオソス…

495 :あるケミストさん:2005/09/16(金) 10:58:13
『量子化学演習』(大野公一/著)の本で量子力学を勉強しなおそうと思うのですが、この本わかりやすいですか?

496 :あるケミストさん:2005/09/19(月) 22:09:16
>>495
悪い本ではないと思うよ。岩波のピンクの本でしょ?
院試の時に解いたなぁ。懐かしい。
ただ、卒研に入る前に片付けておきたい程度のことしか書いてないし、
「量子力学」をやりたいというならサクライとかの方がいい気もするが。


497 :あるケミストさん:2005/09/23(金) 02:49:34
そうです!ピンクのやつです!でっ、その本買っちゃいました〜!!解説は丁寧なので助かりました。
でも、もともと物理分野は好きでないので思うように進みませんが・・・。



498 :宮内庁.com ◆K.qmyQDBQc :2005/09/23(金) 03:20:40
>>497
うるせーよ馬鹿が!死ね。以上。どうも宮内庁.comです。

499 :あるケミストさん:2005/09/23(金) 04:35:47
(ソフト:Gaussian98W_A7)

「Gross orbital populations」で質問です。ある計算結果で、この
欄を見たところ、負の値がありました(下に例)。
...
...
24 3PZ 0.29214 0.14607 0.14607 0.00000
25 4XX -0.00485 -0.00243 -0.00243 0.00000
26 4YY 0.00005 0.00003 0.00003 0.00000
...
...
※多重度が1なのに、UB3LYPで計算した結果です。ご了承下さい。

Gaussian社に問い合わせたところ、
「それはMulliken解析の欠陥で、大きな基底の時ほど出やすいんだよー」
との返事でした。

この返事は(Gaussian社とはいえ)鵜呑みにしていいのでしょうか?
負の「Gross orbital populations」には、何ら量子化学的な意味は
無いのでしょうか?

以上、宜しくお願い致します。


500 :あるケミストさん:2005/09/23(金) 18:20:34
Gaussian98でB3LYP/6-++31G** Freq=Numerで計算しているんですが、
タイムオーバーで計算が終わりません・・・。
どうにかしてこの系のZPEを求めたいんですがなにか良い方法ないですか?

501 :あるケミストさん:2005/09/23(金) 18:40:14
おまいの系は、H2かC60なのか?
情報が少な杉。


502 :あるケミストさん:2005/09/23(金) 19:23:01
498は誰やねん、いきなり

503 :500:2005/09/23(金) 20:26:20
系は原子が35個くらいでSやFも多く含まれる系です。
結構大きな系なのでメモリ最大にしてもタイムオーバーになってしまいます。


504 :あるケミストさん:2005/09/24(土) 07:12:00
>>503
多段階Jobにして序々に目的の基底に近づけてもダメか?
(一気に目的の基底をやってもエラーになる場合に特に有効)
あるいは、低基底で一旦SCF=QCをやってみた方が、計算時間が
逆に短縮できるぞ。

ところで、B3LYP/6-++31G** は、B3LYP/6-31++G(d,p) のことか?


505 :あるケミストさん:2005/09/24(土) 11:41:10
振動解析で、力の定数行列を全部出力するキーワードってありますか?

大きい系で計算すると、出力してくれません。。。

506 :503:2005/09/24(土) 13:17:06
>>504
B3LYP/6-++31G**はB3LYP/6-31++G**のことです。誤字です。すいません。

多段階ジョブでもダメでした。計算が途中で終わったチェックポイントファイル
から計算を再スタートさせるって方法はOKでしょうか・・・?
その再スタートさせるときのインプットファイルって求めたい構造の
分子指定とか入力する必要あるんですか?
構造は既知なんでシングルポイントの振動数計算なんですが・・・

Gaussian使い始めたばっかりでまだまだ勉強不足ですいません
でも計算化学が面白いってことは理解してます。

507 :あるケミストさん:2005/09/24(土) 13:33:00
>>506 でも計算化学が面白いってことは理解してます

方法によって得意・不得意があることも理解してね。
特にB3LYPが万能のようになってるけど、「結局HFとDFTを混ぜたら
ええ結果が得られるんちゃうか〜」が元になってるから、計算後の
厳密な理論考察が大変になる。

計算時間がオーバーするというのが分からん。CPUの時間借りしている
のかな?それともMaxサイクル数を増やさずにやってるとか?


508 :506:2005/09/24(土) 15:47:53
>>507
CPUの時間借りをしているんだと思います・・・一つの計算に対して制限時間が
設けられてあるのでその時間内に計算が終わらないとダメなんです。
計算が強制的に途中で終わりになっちゃうんです。

DFTが経験的に良い結果を出すけどその理論はまだよく分からないのが現状
っていう感じで解釈してます。僕の扱う系で電子相関を考慮する計算でMP2は
不可能なのでDFTを使ってます。まだまだ勉強の途中ですが・・・

509 :499:2005/09/26(月) 18:58:21
「Gross orbital populations」(ソフト:Gaussian98W_A7)の件
ですが、誰か分かる人いますか?



510 :あるケミストさん:2005/09/27(火) 21:48:01 ID:0
>>509
実験がてら、ちょろっと計算する程度の人間なので詳しいことはわからん。

でも、尋ねた結果が「Mulliken解析の欠陥」だということなら、
その Mulliken 解析とやらで中の人はどういう処理をしているのか、とか、
どういう欠陥があるからこういう結果が出なきゃならんのか、とか調べて/考えてはみたのかい?
GAUSSIAN 社がオンラインで公開しているマニュアルを見れば、
プログラムに組み込まれている理論の原著論文はすぐに見つかる筈だろ?
その論文を引用している論文を検索してみたら、
あんたの抱えている問題に答えを与えてくれる物があるかもしれないわけだし。

こんなところでこんなこと言うのも莫迦らしい話だけど、
人を疑っておきながら自分の頭を使おうともしない奴は干されて当然なのよ。
それが、>>499 が放置された最大の理由でないのかな?


ところで、分子構造はどうですか?皆さん。

511 :499&509:2005/09/27(火) 22:40:56
>>510
ご指摘ごもっともです。

ですが私も闇雲に質問してい訳ではなく、negative,Gross orbital populations
でググったり、参考文献(書籍)の入手を試みています。
ただこの文献は近所の大学(某帝大)の図書館になく、Amazonで発注して
いますが、到着までに10日〜2週間かかるとのことなので、この場を借りて
質問しました。なお参考文献は、
 "Molecular Modelling: Principles and Applications"
 (著)Andrew R. Leach 税込み10,359円
です。

レス有難うございました。


512 :あるケミストさん:2005/09/28(水) 02:24:38
>>511
もっと手広く調べろよw


ところで、GaussianシリーズのG98(W) G03(W)を使ったことがある人に
質問です。この2つのバージョンで、使いやすくなった点とそうでない
点がありましたら教えてくだせえ。


513 :あるケミストさん:2005/09/28(水) 08:06:16
>>511
その本日本語訳出てるよ。
しかも量子化学の専門書ではないのだが。

514 :あるケミストさん:2005/09/28(水) 10:34:17
http://homepage2.nifty.com/discipline/menu.html
たまには息抜きしたら?

515 :あるケミストさん:2005/09/28(水) 13:58:25
>>514
ここの連中は息抜きばっかりしている悪寒


516 :あるケミストさん:2005/10/02(日) 10:32:28
UB3LYPて何?B3LYPの親戚?

517 :あるケミストさん:2005/10/02(日) 19:19:20
polarization experimentってどういう原理?
教えてくれませぬか orz

518 :あるケミストさん:2005/10/03(月) 21:43:53
>>517
何から引用してるのでしょうか?

519 :あるケミストさん:2005/10/04(火) 09:43:19
>>516
Rに対するU


520 :あるケミストさん:2005/10/04(火) 22:45:08
>>519
RHFとUHFの関係ですね。

521 :あるケミストさん:2005/10/04(火) 22:57:26
DALTON使ったことある人いませんか?
コンパイルがうまくいきません。

522 :あるケミストさん:2005/10/04(火) 23:19:37
>>521
せめて環境書こうよ…。

523 :あるケミストさん:2005/10/04(火) 23:54:32
>>522
すみません。肝心なところがぬけてました。
Linux RedHat7.3
です。

524 :あるケミストさん:2005/10/05(水) 22:58:57
>>523
仮想メモリーの設定が小さいのが原因でした。


525 :K:2005/10/07(金) 14:50:33
BOSS v4.1って計算ソフトしってますか?

526 :あるケミストさん:2005/10/07(金) 19:13:31
>>525
非常に使いにくいとは聞いてます。
しかも、有償みたいです。
NAMD使ったほうが良いのでは?
http://zarbi.chem.yale.edu/software.html
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

527 :K:2005/10/07(金) 19:25:54
返事ありがとうございます。
BOSS v4.1を今週から使うことになりまして、
つまってばっかで、走るジョブから逆に考えていこうと思いまして。
誰か使ったことある人いませんか?

528 :あるケミストさん:2005/10/08(土) 10:34:55
age荒らしが出ているようなので、ageとく。

しかし、厳密にはBOSSはスレ違いなので、このスレには使っている人があまりいないかも。
もちろん「スレ違い出て行け」とか言う気はない(他に計算化学スレがないから)。

529 :あるケミストさん:2005/10/09(日) 08:03:35
ab-initioで構造最適化する場合、
基底関数は何でするのが一般的なのでしょうか?

530 :あるケミストさん:2005/10/09(日) 10:24:18
質問が漠然としすぎだw
系による。

531 :あるケミストさん:2005/10/09(日) 12:57:58
>>483
構造解析した論文を探すしかないでしょう。
データベースも教科書や論文のデータを取りまとめたものだし。
Landolt-Boernstein などををあなたの大学が買ってればいいんだけどね。

532 :あるケミストさん:2005/10/09(日) 16:23:38
>>530
確かに漠然としてました。
例えば、ベンゼン4つながった構造でスルフォン酸1個やカルボン酸1個が付いた分子くらいの系だと
B3LYP/6-31G*ってことになるのでしょうか?
3-21Gで計算とか、MOPAC/AM1などもありますが、いろいろ....
現状として一般的なは何かが知りたいというの本音です。


533 :あるケミストさん:2005/10/09(日) 16:35:45
CONFLEX5とか使ってるひといる?

534 :あるケミストさん:2005/10/09(日) 20:59:24
>>533
使っとるで。


535 :あるケミストさん:2005/10/09(日) 21:10:13
>>532
どこまで知りたいかが重要なのでは?
構造のトポロジカルな面だけを取り上げたり、
軌道の形を眺めてあーだこーだ語るだけなら小さい基底でも十分だけど、
定性的なところまで知りたいというのなら大きいのが必要。
あとは計算機のキャパと相談、という感じ。
vdW とか水素結合とかあるならもっとめんどくさくなるけど。

536 :あるケミストさん:2005/10/09(日) 23:18:06
>>535
コメントありがとうございます。
立体座標も定性的なところに合わせて大きい基底が必要なのでしょうか?


537 :あるケミストさん:2005/10/10(月) 23:52:30
>>532,536
比較的大き目の分子のようなので
自分ならとりあえずB3LYP/6-31G**を選ぶかな

AM1はS含有化合物の精度があまりよくないので
お勧めできない。

538 :あるケミストさん:2005/10/12(水) 04:48:34
Gaussianのlogを見ると引用しなくてはならない人々の長ーいリストがあるが
あれをそのままリファレンスに書いた論文ってみたことある?

539 :あるケミストさん:2005/10/12(水) 08:26:04
ある。というより、原則的には全員書いてるよ。
ただあまりにも多いので、editorに省略しろと言われることもある。

540 :あるケミストさん:2005/10/12(水) 10:47:11
Gaussianでは無いけど全員の名前がんばって書いた。
刷り上がりを見たら"et al"と勝手に省略されてたが..

541 :あるケミストさん:2005/10/13(木) 15:18:48
>>538
長々と書く代りに、GaussianのHPのURLを書いているのを昔見たことがある。


---------------------------------
ところで、GaussianシリーズのG98(W) G03(W)を使ったことがある人に
質問です。この2つのバージョンで、使いやすくなった点とそうでない
点がありましたら教えてくだせえ。

 ・・・・このレスをくだせえ。


542 :あるケミストさん:2005/10/13(木) 22:47:58
>>541
PCMがまともに動くようになった。

543 :541:2005/10/14(金) 00:27:28
>>542
Thxです。溶液中の計算がG98でもまだ不正確だったとは・・・・
レスが少ないというのは、意外とG03を使っている人が少ないということかな?

ちなみに漏れは、G98WのA7とA11を持っています。A11では自動Counterpoise
計算のキーワードがありますが、これを水素結合(CH3COOHのダイマーとか)
に適用すると、変な結果になります。

なので、いまだに手計算でBSSE補正です。グスン(涙)


544 :あるケミストさん:2005/10/15(土) 00:49:14
>>543
BSSE補正ってなんですか?

545 :あるケミストさん:2005/10/15(土) 13:58:54
Basis. Set Superposition Error

546 :あるケミストさん:2005/10/15(土) 20:18:29
>>545
解説あったら教えて下さい。

547 :あるケミストさん:2005/10/15(土) 22:01:55
>>546
Molecular Quantum Chemistry (Oxford) でも嫁。

548 :あるケミストさん:2005/10/15(土) 22:03:42
まちがえた。
Molecular Quantum Mechanics. Atkins の本。

549 :あるケミストさん:2005/10/16(日) 19:05:03
おすすめの専門書は何?
注)入門は除く。

550 :あるケミストさん:2005/10/17(月) 01:15:23
オメコの臭いよっちゃんイカのにおいのする女とマンコするのは皆さん辞退してください。
マンコしたらちんぽの回りがかゆくてかゆくて、どないもこないもアイ・キャン・ノットですわ。
おまけにブスでブタで最悪。私こんなと女ようオメコしました。
たまに居まっせこんな女。臭すぎるんじゃ〜

女に一番大事なのはオメコの臭いちがいますか?
こんな女とオメコした人すごいでしょう。





551 :あるケミストさん:2005/10/17(月) 09:04:43
>550をExciteで翻訳してみた

Please decline you to the Manco with the woman whom the smell of the smell squid of Omeco
does.
...the Manco, turn itchy, and itchy, and the eye Cann knot...
Additionally, it is ugly and the worst in the pig. I Omecoed it and the woman way.
...it is.. Onna occasionally. Is it too stinky?

Do you ..smell of Omeco.. differ most importantly in the woman?
It might be person Omecoed with such a woman.


552 :あるケミストさん:2005/10/17(月) 13:38:16
>>551をExciteで翻訳してみた

Omecoのにおいイカのにおいがする女性と共にMancoに断ってください。
....回転かゆくて、かゆいManco、および目のキャン結び…
さらに、それは、ブタで醜くて、最も悪いです。 I Omecoed、それと女性道。
....それはそうです。 時折Onnaです。 それは悪臭があり過ぎますか?

あなたをしてください。Omecoのにおいがしてください。女性で最も重要に異なってくださ
いか?
それはそのような女性がいる人のOmecoedであるかもしれません。


553 :あるケミストさん:2005/10/17(月) 14:31:38
I Omecoed!

554 :あるケミストさん:2005/10/17(月) 16:50:28
今更恥ずかしくて先輩にも聞けないので、どなたかこっそりと
6-31G*の読み方を教えてください。
「ろくのさんいちじーすたー」で大丈夫?

555 :あるケミストさん:2005/10/17(月) 19:01:44
>>554
G*がジースターなら全部英語にすれば。


556 :あるケミストさん:2005/10/17(月) 23:38:29
たしか「の」が要らなかった希ガス。

くそー計算終わらんちん!

557 :あるケミストさん:2005/10/18(火) 00:44:51
WS買うならどこよ?
HP? IBM? DELL?

558 :あるケミストさん:2005/10/18(火) 01:58:15
>>554
うちも「ろくさんいちじぃすたぁ」だな。
俺は個人的に (d) 派だが。

>>557
GAUSSIAN とかを回す計算機?
だったら HIT あたりに頼むのがポピュラーなんじゃない?
有名なプログラムも売ってるから保守も楽っぽいし。

559 :あるケミストさん:2005/10/18(火) 07:50:37
>>555
厨房のころ、H2Oを「えっちにーおー」と発音する共産党の先生いましたよ

560 :あるケミストさん:2005/10/18(火) 11:33:38
6は「ろく」と読むようにしている
かつてセックスと発言して以来、恐怖心が消えない
関係ないけど5も「ご」だな、4も「よん」と「フォーーー」が半々

561 :あるケミストさん:2005/10/18(火) 19:00:49
縮退した2つのπ軌道にそれぞれ1個ずつ電子が入っている場合、有機で言うようなπ結合していると言っていいのでしょうか?
それともラジカルであると言うのでしょうか?

562 :あるケミストさん:2005/10/18(火) 19:34:08
>>557
HITは高いし、ちゃちーハードだからやめたほうが無難だね。
USBの差込おれた。

563 :あるケミストさん:2005/10/18(火) 19:35:24
>>559
それはトリビアだね。

564 :あるケミストさん:2005/10/18(火) 22:29:33
>>557
アルファチップ搭載のDECのマシーン

565 :あるケミストさん:2005/10/19(水) 01:29:19
HITはモノはアレだが、ちゃんとソフトのセッティングしてくれてるのが(・∀・)イイ!!
コンピュータが使えない(使える人間がいない)で量子化学計算をしようと思ったら、
必然的にお世話になる事になるべ。

で、そろそろMac miniでクラスタ組む香具師は出ないのかw

566 :あるケミストさん:2005/10/19(水) 16:30:31
PowerMacG5 > Mac mini x8 クラスタ
らしいよ。Macの雑誌に載ってた。


567 :あるケミストさん:2005/10/19(水) 21:10:12
>>566
だって、Mac miniって100Baseでしょ?
そりゃ通信が律速になって遅くなるわ。

568 :あるケミストさん:2005/10/19(水) 22:30:02
>>567
>律速

さすが化学屋ですね。

569 :あるケミストさん:2005/10/21(金) 22:26:51
物理化学の人って、他の分野の人よりも
業界用語を日常で使う回数が明らかに多いような気がする。
飲み会で酒に弱い人がビールをびちび飲んでいるところを
「準静的に飲む」って表現した先輩とか、
院生部屋の机の割り振りを「微細構造」と呼ぶ先生とか。

570 :あるケミストさん:2005/10/21(金) 23:07:09
励起状態をもとめるのはどうすればよいのでしょうか?


571 :あるケミストさん:2005/10/22(土) 02:32:11
0 1

0 3

572 :あるケミストさん:2005/10/22(土) 21:43:00
Gaussian(G98W)の結果の解釈について質問です。

例えばH2Oで
Total atomic charges:
1
1 O -.330730
2 H .165365
3 H .165365

Atomic charges with hydrogens summed into heavy atoms:
1
1 O .000000
2 H .000000
3 H .000000

があったとき、これら 「Total atomic charges:」と
「Atomic charges with hydrogens〜」の違いが分かりません。

ttp://www.chem.swin.edu.au/modules/mod5/annot_h2o.html
では、前者は原子毎の密度行列の総和,後者は孤立原子の電荷から
引いたもの、とのことですが今ひとつ区別ができません。

何卒お願い致します。


573 :あるケミストさん:2005/10/22(土) 22:57:26
いろんなチャージあるな。

574 :572:2005/10/23(日) 00:12:13
〜Gaussian(G98W)の結果の解釈について質問
質問が不十分でした。

密度行列の総和となる電荷も、孤立原子から引き算した電荷も同じ値に
なるような気がします。
上の場合だとなぜ、3原子で違う値が出るのでしょうか?


575 :あるケミストさん:2005/10/23(日) 10:16:38
G5対応のgaussianはいつでるのか?
2年後?

576 :あるケミストさん:2005/10/23(日) 10:33:35
>575
そうねだいたいね。

577 :あるケミストさん:2005/10/23(日) 16:50:09
Huckel法のbetaの値が教科書によって
-75kJ/molと-2.5eVで違うのはどうしてでしょうか?

578 :あるケミストさん:2005/10/23(日) 20:03:34
>>577
質問文の文法(助詞の使い方が)がおかしい気ガス


579 :あるケミストさん:2005/10/24(月) 00:53:15
>>575
UNIX版のGaussianで動かないの?
Quad coreには対応してないってこと?

580 :Nanashi_et_al.:2005/10/25(火) 21:43:25
群論における既約性の要請が分かりません。
どうして分子や試料の対称性だけからいきなり縮退しているといえるのですか?


581 :あるケミストさん:2005/10/26(水) 03:53:25
郡論は学ぶものじゃない
感じろ

582 :あるケミストさん:2005/10/26(水) 07:33:08
>>580
つ応用群論

583 :あるケミストさん:2005/10/26(水) 23:39:20
>>580
対称性いれて計算することはあるけど、
すべてが縮退っていうわけでもないのでは。

584 :あるケミストさん:2005/10/27(木) 03:39:12
ghemical-gmsがWindows2000で起動しないのですが?
Xのパスが不明なようで、どうすればよいのでしょう?


585 :あるケミストさん:2005/10/27(木) 10:58:05
GAMESSにあるTDHFの使い方を知っている人いないでしょうか?

586 :あるケミストさん:2005/10/27(木) 13:04:27
>>574
Atomic charges with hydrogens summed into heavy atoms:
って書いてあるじゃん


587 :あるケミストさん:2005/10/29(土) 02:41:27
>>572
何がいいたいんだかよくわからない。こっちも何が言いたいんだかわからないけど。

Total atomic charges ってのは、
計算した分子について、個々の原子に電荷がどのように割り振られているかってことを示す値。
上述の水分子の場合、中性での計算だから分子全体での総電荷は0なわけだけど、
構成原子を一つ一つ見たときに、それらが正負のいずれかに偏ることはよくある話で、
それが個々の原子 H, H, O にどのように割り振られているかを示しているわけ。
各原子の値を全部足したら0になるでしょ。
総電荷-1の負イオンを計算させたなら、ここの値の総和は-1になるし。

でも、例えば有機分子なんかを扱う場合、そこら中に付いてる水素原子の電荷をいちいち見ても面白くない。
そういうときに使うのが Atomic charges with hydrogens summed into heavy atoms の値。
「水素原子の電荷を、その水素原子が付いている重原子の電荷に足した値。」
例えば酢酸だったら、CH3/C/O/OH という風に区分けされて、
その4つの区域にどのように電荷が割り振られているかがわかるわけで、
こうすることで、各官能基の電荷を計算する手間が減る、と。
こっちの表記では水素原子の値を示すことに意味は無いんだが、内部の事情で0と表記することになっている。
水分子の場合だと、二つのHがどちらも一つのOに結合しているから、
全ての値が0になっているわけ。

「Mulliken のポピュレーション解析」も知らずにGAUSSIAN ですか。そうですか。

588 :あるケミストさん:2005/10/30(日) 02:29:13
第一原理のソフトって何がありますか?
フリーウェアのもの知りませんか?

589 :あるケミストさん:2005/10/30(日) 06:37:50
>>579
64ビットプロセッサに対応してないため
G4とG5でほとんど速度に差が出ないとのこと

590 :あるケミストさん:2005/10/30(日) 16:18:27
チンコが励起した。

591 :あるケミストさん:2005/10/30(日) 20:54:33
>590
Eを求めよ。

592 :あるケミストさん:2005/11/01(火) 16:51:51
第5回東北大学多元物質科学研究所研究発表会
http://www.tagen.tohoku.ac.jp/general/event/meeting/2005/
プログラム
第1部(会場:仙台国際ホテル 平成の間)
特別講演 「分子を動かす、集める、転写する」
新海 征治 先生
(九州大学大学院 工学研究院 応用化学部門 教授)
特別講演 「研究にはセンスと雰囲気、それにプラスαが重要
 − 酸化チタン光触媒とダイヤモンド電極を例にして」
藤嶋 昭 先生
(財団法人神奈川科学技術アカデミー理事長 東京大学名誉教授)
特別講演 「ナノカーボン材料の科学と応用」
飯島 澄男 先生
(名城大学理工学部教授 産総研・新炭素系材料開発研究センター長)

593 :あるケミストさん:2005/11/02(水) 23:48:51
Daltonの入力ファイル作成に何か良いツールありませんか?

594 :あるケミストさん:2005/11/03(木) 00:06:18
Daltonとはまた渋いところを突いてきたな。

595 :あるケミストさん:2005/11/03(木) 00:39:17
>>593
使っている人いないんじゃない。


596 :あるケミストさん:2005/11/05(土) 01:07:11
Dalton の入力ファイルって、どんなの?
gaussian とmolpro しか使ったことない。

597 :あるケミストさん:2005/11/05(土) 08:45:24
>>596
入力は計算設定部分と構造+基底関数部分とから構成されてます。
マニュアルに入力ファイルの例があります。
DALTONのサイトで見れます。
http://www.kjemi.uio.no/software/dalton/dalton.html


598 :あるケミストさん:2005/11/05(土) 09:43:38
>>596
molproはどのような計算に使っているのですか?


599 :あるケミストさん:2005/11/05(土) 15:09:01
ガウシアンのTDDFTの入力設定はどう決めればいいの?

600 :あるケミストさん:2005/11/05(土) 20:16:27
学部生が汚してまことに申し訳ないのですが,量子化学の研究室って
東大工平尾
京大工中辻
  理加藤・谷村
阪大理山口
北大理武次
名大 天能
   安田

上で抜けているとか,ここはイイとかという研究室ってありますか?
うちの大学は4年→修士の時期に定年退官で募集がなさそうで,
外部から院試を受けに行く必要がありそうなので・・・


601 :あるケミストさん:2005/11/05(土) 21:01:58
東北などいろいろ抜けているが、それ以前にそこで挙げられた研究室の中にも
退官が近いところがある。
どこも名門なので、研究室自体は続くだろうが。

602 :あるケミストさん:2005/11/05(土) 21:39:38
こうしてみると京大の3つって随分多いんだな。

603 :596:2005/11/05(土) 21:55:29
>>597
サンクス。勉強になった。
試しに入れてみたgamess もテストジョブ走らせただけで飽きちまった俺には縁がなさそうw。

>>598
励起状態をMRCIとか、小さめの分子の高精度PES計算なんかに。
もう一年も触ってないけど。

>>599
#t td(root=1, nstates=10) b3lyp/6-31+g(d)
みたいにルートセクションに書いとけばとりあえず回るけど?

604 :あるケミストさん:2005/11/06(日) 02:11:42
googleで発見した国内の研究室リンク
ttp://www.metro-u.ac.jp/~hada/kokunai.html


605 :604:2005/11/06(日) 02:17:14
量子化学だけでなく理論化学も視野に入れるなら、東大や分子研に他の研究室もあるよ。


606 :600:2005/11/06(日) 05:54:39
>>601退官ラッシュ・・・
>>604ありがとうございます^^
東大理の山内研とかですか?
分子研募集2人・・・(;´∀`)

607 :あるケミストさん:2005/11/06(日) 12:03:25
中辻研はあと1年だったか
京大に無理矢理ポスト作りそうで怖いw

608 :あるケミストさん:2005/11/06(日) 12:28:40
実験室で役立てられる資格ってなんですかね?

609 :あるケミストさん:2005/11/06(日) 13:03:06
>>608
秘書検定

610 :あるケミストさん:2005/11/08(火) 23:28:09
第一原理って何ですか?

611 :あるケミストさん:2005/11/09(水) 15:59:40
>>610
今自分がまず第一にしたいことを実行する原理

今俺は第一原理に従ってオナニーしてる

612 :あるケミストさん:2005/11/09(水) 20:33:09
kikudakebakadatta

613 :あるケミストさん:2005/11/10(木) 22:42:43
abinitの構造入力フりーソフトしりませんか?

614 :あるケミストさん:2005/11/11(金) 22:34:21
http://www.google.co.jp/

615 :あるケミストさん:2005/11/12(土) 18:37:56
演算子xがエルミート演算子であることの証明が調べてみましたが分かりません。
親切な方、教えてください

616 :あるケミストさん:2005/11/13(日) 01:19:22
つ[参考書]
絶対何かには載ってる。

617 :あるケミストさん:2005/11/13(日) 08:35:22
>>615
現代量子化学かなんかの本にでてたような?
行方不明でかくにできないが。

618 :あるケミストさん:2005/11/16(水) 13:54:23
なんでうちのGaussViewはdrag&dropや
Windows標準の「開く」に対応してないんだろう…
一つ一つは秒単位で終わる作業なんだけど、
何度も何度も繰り返すから嫌になってきた。

619 :あるケミストさん:2005/11/17(木) 20:27:35
Gaussview持ってるとかウラヤマシス…
研究室でGaussian買ったけど、Gaussviewまでは買えなかった。

620 :あるケミストさん:2005/11/17(木) 20:42:40
ぶっちゃけGaussianよりもGaussViewの方が使用頻度高い

621 :あるケミストさん:2005/11/17(木) 21:41:02
教授にGaussView入れてくださいって頼んだけど、
03を買うからそんな金無いよって一蹴された。
98でいいじゃんヽ(`Д´)ノ

622 :あるケミストさん:2005/11/17(木) 22:39:43
自分がかなり恵まれた環境にあるということがようやく分かってきた。
頑張ろう。。

623 :あるケミストさん:2005/11/18(金) 00:07:23
Poor

|・貧乏研究室
|ジョブファイルはメモ帳で作るものです。

|・金持ち研究室
|ジョブファイルはGaussViewで作りましょう。

|・神研究室
|計算は学生にさせときましょう。

Rich

624 :あるケミストさん:2005/11/18(金) 01:09:25
量子化学の研究室を志望してるのですが、おすすめの微分方程式や線形代数の参考書教えて下さい。

625 :あるケミストさん:2005/11/18(金) 01:16:27
もうちょい詳しく。
今何年生? 数学の素養はどれくらいある?

626 :あるケミストさん:2005/11/18(金) 03:17:54
対角化さえ出来ればもう何も言うことは無い

627 :あるケミストさん:2005/11/18(金) 13:03:25
>>625
今は三年です。
微積、線形代数は一年のときやりました。今はだいぶ忘れますが、参考書を読み返せば思い出すとおもいます。
微分方程式は化学数学でやりました。級数解方で特殊関数を解くのまでやりました。
数学はできる方ではないです。
何か良い本があったら教えて下さい。

628 :あるケミストさん:2005/11/18(金) 18:15:44
それなら数学というより無限ベクトル空間の考え方に
慣れておくというのが一番なんじゃなかろうか。
量子力学の本を読みながら勉強するのがいいと思うよ。

629 :あるケミストさん:2005/11/18(金) 20:31:41
>>627
確かにいろいろ知りたい。
自分はエレガント線形代数がよかったな。


630 :あるケミストさん:2005/11/18(金) 20:33:18
>>622
FACIOがあるし、GAMESSもあれば費用かからないけど。


631 :あるケミストさん:2005/11/18(金) 20:40:54
Facioは嫌いじゃないし機能も多いけど、
GaussViewの方が使い勝手は明らかにいいんだよなあ。

632 :あるケミストさん:2005/11/18(金) 21:11:55
今世紀世界最大の犯罪予告
詳細は、↓をクリックしる
http://aa5.2ch.net/test/read.cgi/nida/1130995497/

633 :あるケミストさん:2005/11/18(金) 22:20:54
>>628 >>629
ありがとうございます。
量子力学の本を読みながら数学の復習をしたいと思います。

634 :あるケミストさん:2005/11/19(土) 08:24:13
>>631
そではあるけど、
GAUSSIANは使いたくないし。


635 :あるケミストさん:2005/11/19(土) 09:29:29
TDDFTってどういう手法ですか?

636 :朝日新聞の記事は他新聞と比べて一番まともではないだろうか? :2005/11/19(土) 10:40:25
朝日新聞の記事は他新聞と比べて一番まともではないだろうか?
日本が右傾化しないように社説で繰り返し述べている。
はき違えた愛国心を煽るようなマスコミを信じてはいけない。
売れさえすればいいという軽薄な商魂の論説ばかりが、
国を危うくするのは太平洋戦争で懲りたであろう。
機会ある毎に日本の過去の過ちに対する反省を促し、
関係諸国との友好を深めようとしているのが朝日新聞である。
なまじ知った歴史の一部で全てがわかった顔をすると恥をかくだけだ。
のうのうと生きていられるのは平和憲法のおかげであることは間違いない。
できもしない自主防衛を唱えていては過去の過ちを繰り返すだけである。
不利なことがわかっていながら、国民を煽って戦争に突入し、
買い物も切符が無ければ買えもしないような生活をさせながら、
運用される資金はすべて軍事行動向け。
動力になるべき燃料もなく、資源も無い日本が何の大義もない戦争を
推し進めるのは狂気の沙汰としか言い様が無い。
進軍ラッパをもう一度聞きたいのか?


637 :あるケミストさん:2005/11/19(土) 12:54:40
>>635
多田野とアッーする密度汎関数理論

638 :あるケミストさん:2005/11/19(土) 13:10:03
>>637
おいおい、嘘言っちゃいかんぜ。
時間依存なディフェンダーテクノロジーだろw

639 :あるケミストさん:2005/11/19(土) 14:39:14
2人とも半分だけ嘘が混じってるな。
多田野とアッーするディフェンダーテクノロジーが正解。

640 :あるケミストさん:2005/11/19(土) 15:05:06
TDDFTの解釈がいまいち判らん。

641 :あるケミストさん:2005/11/20(日) 09:34:40
遷移金属の電子状態を計算したいのですが、
どのような手順で計算すればよいのでしょうか?

642 :あるケミストさん:2005/11/20(日) 10:51:18
計算パックアゲにうちこむだけでいいと思うぞ

643 :あるケミストさん:2005/11/21(月) 11:02:16
ab ishio MDってどういう手法ですか?

644 :あるケミストさん:2005/11/21(月) 19:52:46
>>643
MDの各ステップ毎に分子軌道を計算していくのかな?

645 :あるケミストさん:2005/11/21(月) 20:12:27
>>643
虻-石尾のメッチャダイナミクスのことだよ。


646 :あるケミストさん:2005/11/21(月) 21:10:32
2番煎じはつまらん

647 :あるケミストさん:2005/11/21(月) 21:21:16
突然すみません!

うちの研究室Gaussian買うお金なくて、
スラブ計算用フリーソフトで真空領域を大きくとって、
無理矢理クラスター計算することになりました。

これってクラスター側の皆さんから見たらどうなの??
できれば有益なコメントをいただきたいのですが・・おねがいします


648 :あるケミストさん:2005/11/22(火) 08:02:00
>>647
スラブ計算用フリーソフトって何?

649 :あるケミストさん:2005/11/22(火) 13:37:00
>>648
分かりにくくてごめんなさい。
周期系のスラブモデルの電子状態を計算するプログラムのことです。
有料ではVASPなどが有名なのですが、何しろお金がないので、
フリーのもので試させていただいているのです。

650 :あるケミストさん:2005/11/22(火) 16:30:40
>>649
OSAKA2000も該当するのでは?

651 :あるケミストさん:2005/11/25(金) 19:58:16
>>649
フリーソフトって具体的には何?

652 :sage:2005/11/27(日) 03:07:56
超有望株、計算科学ベンチャー企業アドバンスソフトについて語ろうか。ProteinDFもあるでよ。

653 :あるケミストさん:2005/11/27(日) 12:56:03
>>652
第一原理計算(Advance/PHASE)がいまいちよく判らない?

654 :あるケミストさん:2005/11/30(水) 20:12:27
molproって何が特徴なのですか?

655 :あるケミストさん:2005/12/01(木) 19:49:21
レター誌であるにもかかわらず、フルジャーナル扱い!!

656 :あるケミストさん:2005/12/01(木) 22:03:25
最近注目される量子化学の計算手法って何?

657 :あるケミストさん:2005/12/01(木) 23:06:33
エロゲ法

658 :649:2005/12/02(金) 00:59:03
PHASEは? 無料だしUSPPが非常に充実してるし。
マニュアルもばっちり日本語だし。

ガウス関数基底+周期境界でやりたいなら
CRYSTAL(750ユーロ)や
SIESTA(アカデミックは無料)なんかが良いかもしれない。

659 :あるケミストさん:2005/12/02(金) 04:51:33
周期境界ってどれぐらい信用できるの?
Gaussian03のを少し使ってみたけど、どうも怪しい結果しか出てこなくて。
とりあえず明日SIESTA試してみようかな。

660 :あるケミストさん:2005/12/03(土) 22:54:44
SIESTAって何?

661 :あるケミストさん:2005/12/03(土) 23:40:29
ググれ

662 :あるケミストさん:2005/12/04(日) 15:23:04
GAUSSIANやGAMESSで"GRADIENT"と"OPTOMIZE"の
キーワードがありますが、どうちがうのでしょうか?
使いわけはどうすればよいのでしょうか?

663 :あるケミストさん:2005/12/04(日) 15:23:17
相関エネルギーを含む全エネルギーの求め方
ソフト=Gaussian98W_A7,OS=Win98SE

テスト計算として、Gaussianに付いているサンプルGIF(e10_01a.gjf)を例
にした質問です(対象はシクロヘキサン中のトランス-ジクロロエタン)。
このルートセクションは
 #T B3LYP/6-31+G(d) SCRF(IPCM) SCF=Tight Test 6D

で、SCFエネルギーは
 SCF Done: E(RB+HF-LYP) = -999.024851381 A.U. after 3 cycles

となりましたが、この相関エネルギーは(この計算に限らず)アウトプットの
どの部分を見ればいいでしょうか?

この質問の理由は、E(RB+HF-LYP)を、「制限Becky+HFからLYPを引いた
エネルギー」と解したため、相関を含む全エネルギーが求められていないの
では?と思ったからです。
(実際、最後の所で、HF=-999.0248514 となっています)

凄く基本的な質問ですが、全エネルギーの求め方を教えて下さい。


664 :あるケミストさん:2005/12/04(日) 15:25:34
>>662
"OPTOMIZE"ではなく"OPTIMIZE"の間違いでした。

665 :あるケミストさん:2005/12/04(日) 18:24:36
>>662
せめてソフトのバージョンを書きましょう。
ちなみに、G98には"GRADIENT"というキーワードは有りませんが。。。。


666 :あるケミストさん:2005/12/05(月) 01:54:50
>>665
すみません。ソフトがごちゃごちゃになってました。
比較なのでGAMESSのみの話で
2005年7月のバージョンを使用してます。
RUNTYP=OPTIMIZEとGRADIENTの違いがまずはわかりません。




667 :あるケミストさん:2005/12/05(月) 19:16:52
>>666
1. INPUT.DOC を見る。
2. 計算してみる。
3. 比較してみる。

668 :あるケミストさん:2005/12/05(月) 20:16:00
誘起双極子をGAMESSで計算するにはなにか良い方法はありませんか?

669 :あるケミストさん:2005/12/06(火) 00:18:12
>>667
王道ですね。

670 :あるケミストさん:2005/12/06(火) 01:19:27
安西先生…UNIX版のGaussianが欲しいです…。

671 :あるケミストさん:2005/12/06(火) 08:39:50
計算速度の問題?

672 :あるケミストさん:2005/12/06(火) 21:36:20
>>670
Windows版ですか?
確かに、役にはあまりたちません。

673 :あるケミストさん:2005/12/07(水) 01:11:44
>>660
つttp://www.uam.es/departamentos/ciencias/fismateriac/siesta/

>>658
SIESTAってGauss基底使えたっけ?

674 :663:2005/12/07(水) 07:55:15
(レスが無いので)すみません。。。。
相関エネルギーを含む全エネルギーの求め方(結果の見方)を教えて下さい。


675 :あるケミストさん:2005/12/07(水) 19:04:09
>>663
>E(RB+HF-LYP)を、「制限Becky+HFからLYPを引いたエネルギー」と解したため
全くの見当違い。
Gaussian のマニュアルの DFT の項を嫁。

676 :あるケミストさん:2005/12/08(木) 05:38:42
Becky とか言ってるあたり、
DFT のこと全く知らないんだなぁ、と思ってしまった。
DFT 使うんなら、DFT についてもっとよく調べといた方がいい。

677 :あるケミストさん:2005/12/08(木) 13:10:53
ちんちんが 制限Bocky

678 :あるケミストさん:2005/12/09(金) 06:42:15
GAMESSのTDHFを使用してますが、
周波数依存のPolarizabilityの計算の意味がわからない。
どういう仕組みを計算しようとしているのでしょうか?


679 :あるケミストさん:2005/12/09(金) 07:44:03
>>676
確かに、何でもDFTっていう傾向にあるけど。
でも、DFTもいろいろあるし、よく理解しないととは思うが。
DFTに関して日本語の解説でわかりやすい本って
なんでしょうか?

680 :あるケミストさん:2005/12/09(金) 07:45:42
AM1とかのハミルトニアンって、Hφ=Eφで言うとこのHになるのですか?

681 :あるケミストさん:2005/12/09(金) 17:31:53
>>679
R. G. Parr, W. Yang 「原子・分子の密度汎関数法」
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4431707220/
はどう?

682 :あるケミストさん:2005/12/10(土) 04:48:34
>>681
確かに名著だけど、
ちっと難しい。

683 :663&674:2005/12/10(土) 19:01:04
× Becky
〇 Becke
お恥ずかしい。。。。

ちなみに、R. G. Parr, W. Yang 「原子・分子の密度汎関数法」 は持ってます。
これも、吉田元二先生の遺作(遺訳)になりますね。


>>682 ちっと難しい。

ワテには「密度汎関数法とその応用」(講談社サイエンティフィック)の第2章の
方が難しい。R. G. Parrらの方は、細かいけど理論の応用で重宝しそう。


684 :あるケミストさん:2005/12/11(日) 13:14:37
>>683
山口先生の総説も参考になると思う。たぶん。

685 :あるケミストさん:2005/12/11(日) 19:50:53
PCGAMESSとWinGAMESS中身が違うけど?
何か情報ないかな?

686 :あるケミストさん:2005/12/11(日) 22:59:29
>>685
DFTのフォーマット違うみたい。

687 :あるケミストさん:2005/12/12(月) 00:43:14
これとか?
http://pc-chem.info/apps/gamess.htm

基本すぎるか。

688 :あるケミストさん:2005/12/12(月) 22:53:24
>>685
TDDFTも組み込み済みのようだと聞いたが。
PCGAMESSの2番目のキーがないのでなんとも確認できない。

689 :あるケミストさん:2005/12/14(水) 22:39:03
>>688
PCGAMESSバージョン古いよね?

690 :あるケミストさん:2005/12/18(日) 16:53:05
>>689
GAMESSより先をいってるよ。

691 :あるケミストさん:2005/12/18(日) 23:20:54
SCFってわかりやすく説明するとどう説明すればいいのだろうか?

692 :あるケミストさん:2005/12/20(火) 12:16:36
自己無頓着場

693 :あるケミストさん:2005/12/21(水) 18:11:23
Gaussianを使い始めたのですが、これは部分電荷を割り振ることは可能なのでしょうか?
マニュアル読んでもいまいち分からなくて...

694 :あるケミストさん:2005/12/21(水) 21:18:44
>>693
それは他のソフトを使うことを前提にしているのでしょうか?


695 :693:2005/12/21(水) 22:14:01
>>694
今まで富士通のCACheを使ってましたが、これは原子ごとの電荷割り当てが
すごく簡単でした。そこでGaussianを使って、半経験的と非経験的でどのような差が出るのか
確認したいのですが

696 :あるケミストさん:2005/12/21(水) 23:43:36
電荷を割り当てる方法もいろいろあるわけだが

697 :あるケミストさん:2005/12/22(木) 02:37:50
*.xyz ファイルを三次元で可視化できてその画像をイラストレーター上でいじりたいんですけど、
それができるフリーのソフトってあるんでしょうか?
学校ではchemoffice使ってるんですけど。自分のPCで同じ作業をしたくて。

698 :693:2005/12/22(木) 12:15:38
Chargeキーワードを使えば良いっぽいんですが、マニュアル読んでも使い方が良く分かんないです。
http://www.gaussian.com/g_ur/k_charge.htm
構造最適化の場合のインプットの例は書いてありますが、一点計算の場合はどうしたら良いのか…

699 :あるケミストさん:2005/12/22(木) 15:59:28
つgOpenMol

700 :あるケミストさん:2005/12/22(木) 16:42:43
chargeキーワードは
background charge distribution
の記述なので原子に電荷を置くのとはちょっと違いますよ。
MM計算でpartial chargeを与えたい場合はこちらを参照
http://www.gaussian.com/g_ur/k_mm.htm



701 :693:2005/12/22(木) 18:02:21
Chargeキーワードは違うのですか…
GaussianのMO計算でpartial chargeはそもそも可能なのかすら分からない
始末で...

702 :あるケミストさん:2005/12/22(木) 22:11:58
>>701
同じチャージの処理があるので
比較という意味ではマリケンでも使ったら。
他にはFACIOで入力ファイルを作ってみるものてだけど。

703 :あるケミストさん:2005/12/24(土) 03:22:19
たしけて・・・もうこんなオナ研やめたいよお

704 :あるケミストさん:2005/12/24(土) 04:34:34
詳しく

705 :あるケミストさん:2005/12/24(土) 19:19:47
全然違う分野でプログラムやってんだど、fortranやVBって計算化学で使わないよね。
というか、使えないよね。

706 :あるケミストさん:2005/12/25(日) 00:51:28
理論をソフト化するのは殆ど外注だからなぁ…。
使う機会が無い。

707 :あるケミストさん:2005/12/25(日) 17:23:12
>>705
C++安上がりだな。

708 :Q:2005/12/27(火) 01:07:37
Q-Chemってどうですか?

709 :あるケミストさん:2005/12/27(火) 01:55:42
Gaussianの指標の説明を記述したHPを紹介して下さい。
いままでGaussain.comにその都度聞いていましたが、大概面倒になったので
一覧で説明が得られるページを知りたいです。

ちなみに、ちゃんとUser's Refernceも見てますし、ググってもいます。
例えば、 # HF/6-31G(d) Freq Pop=Full としたときの
Q LOG10(Q) LN(Q)
TOTAL BOT 0.392440D+08 7.593773 17.485308
TOTAL V=0 0.392440D+08 7.593773 17.485308

のBOTやQの意味が分かりません。
(User's Refernceを見ましたが分かりませんでした)

宜しくお願います。


710 :あるケミストさん:2005/12/28(水) 17:29:37
>>708
やめたほうがいい。


711 :Q:2005/12/28(水) 22:08:56
710さんへ
なんででしょうか?
購入するかどうか迷っています。
情報をお分け頂けないでしょうか。

712 :あるケミストさん:2005/12/29(木) 10:09:08
>>710
Q-chemは販売代理店が流転しているので問題あります。
また、ここまで他のフリーソフトやGAUSSIANなどが
あるのにQ-chemを買うメリットが感じられない
というのが意見です。
Q-chemに何か必要な機能があるのでしょうか?
それでしたら話は別ですが。

713 :Q:2005/12/29(木) 11:08:57
>712さんへ
貴重な情報ありがとうございました。
生協で販売されていたので、試してみたいと思っておりました。

特にQ-Chemを使われてみてココが駄目だというのはないでしょうか?


714 :あるケミストさん:2005/12/29(木) 12:15:05
VIPPERが炭素間四重結合を実現

やべー!!!!!!世紀の大発見!!!!!!
http://ex14.2ch.net/test/read.cgi/news4vip/1135825095/


715 :あるケミストさん:2005/12/29(木) 19:36:59
>>713
ここまで費用かけないで
GAMESSのように入手できるのであれば
GAMESSやその他のソフトを自分だったら使うのが
自分の意見です。


716 :あるケミストさん:2005/12/30(金) 01:50:43
お聞きしたいのですが、Gaussianでエネルギー計算をするとき、
初期構造が余りよくないと、"より高い対称性が望みならSymm=Looseを指定しろ"
といわれる事が良く有りますが、Symm=Looseを指定しても同じメッセージが出て
しまいます。自分としては高い対称性で計算したいのですが、対処法はあります
でしょうか?

717 :あるケミストさん:2005/12/30(金) 10:45:10
>>716
初期構造が計算構造とかけはなれているのでは?
MMで最安定構造→低い基底で最適化→目的の基底で計算
っといったところでしょうか。

718 :709:2005/12/30(金) 23:57:39
(Gaussianの指標の説明を記述したHP)

年末でお忙しいと思いますが、レスをお願いしますわん。


719 :あるケミストさん:2005/12/31(土) 01:25:59
中国のサイトや英語のサイトでは見かけたことはありますが、日本語ではそういうサイトはないと思いますよ。
こういうのはありますけどね↓
ttp://www.hpc.co.jp/B-AP-Gau/help/G03ManualKEYWORDS.html

あなたがサイトを立ち上げて、wikiのようにみんなで補完していくっていうのはどうでしょ?


720 :709&718:2005/12/31(土) 02:58:17
>>719 英語のサイトでは見かけたことはありますが、
Thx。
英語のサイトでもいいのでご紹介願います。

Wiki的サイトは。。。そやなー、考えてみますわん。


721 :あるケミストさん:2005/12/31(土) 11:04:43
>>719
確かに日本語ですが、商売目的では...

722 :716:2006/01/01(日) 13:28:56
>>717
そのような戦略で努力したのですが,なかなかうまくいきませんでした。
symmetry判定の際の基準を,マニュアルで設定する等のことは出来ないんでしょうか?
p.s. いろいろやっている内に,symm=verylooseというのも使えることが判りました。
looseよりもさらに基準が甘めのようです。

723 :あるケミストさん:2006/01/01(日) 17:38:37
>>713
>>715
NWChem や UTChem はどう?

724 :あるケミストさん:2006/01/01(日) 23:47:21
>>720

ttp://chem.cias.osakafu-u.ac.jp/~hirao/gaussian/how2gau.html
ttp://www.unc.edu/atn/asg/applications/gaussian/
ttp://www.nsccs.ac.uk/si_gaussian.php

あまり詳しく書かれたページはないですね。


725 :あるケミストさん:2006/01/02(月) 15:39:44
>>723
NWChemは良いと思います。
WebMOで入力ファイルも作れます。

726 :あるケミストさん:2006/01/03(火) 07:47:04
WebMOが使えることよりも、プログラムデザインが気になります。
読みやすく書き換えやすいかどうか。

727 :あるケミストさん:2006/01/03(火) 12:00:34
>>726
GAMESSよみやすい。

728 :あるケミストさん:2006/01/08(日) 22:47:03
論文を読んでいたらトンネル分裂という現象がでてきたのですが知りません。ご存知の方又はその現象が載っている本をご存知の方お教えください。

729 :あるケミストさん:2006/01/09(月) 17:59:58
リップマン−シュウィンガー方程式って何ですか?

730 :あるケミストさん:2006/01/10(火) 19:24:34
>>728
>>729
googleで検索するといろいろありますよ。

731 :あるケミストさん:2006/01/14(土) 16:26:28
PC GAMESSのB3LYP1とB3LYP5ってどうちがうの?

732 :あるケミストさん:2006/01/14(土) 23:16:27
PCエンジンの加トちゃんとケンちゃんってどうちがうの?

733 :あるケミストさん:2006/01/15(日) 09:15:15
>>731
B3LYP1 B3LYP as implemented in NWCHEM and GAUSSIAN 98,
using VWN formula 1 RPA correlation
B3LYP5 B3LYP as implemented in GAMESS (US),
using VWN formula 5 correlation
B3LYP either B3LYP1 or B3LYP5 depending on the value of B3LYP keyword
in the $DFT group, see later.
ってなってた。

734 :731:2006/01/15(日) 20:57:25
GAUSSIANとかで使っているタイプのがB3LYP1でGAMESS独自のものがB3LYP5ってことですか。
ありがとうございました。

735 :あるケミストさん:2006/01/16(月) 13:23:25
>>734
違う。VWN の論文でも読め。流し読みでいいから。

736 :あるケミストさん:2006/01/16(月) 14:11:43
ぶっちゃけコペンハーゲン解釈とか信じてる人いないよね

737 :あるケミストさん:2006/01/16(月) 20:01:48
コペンハーゲン解釈、多世界解釈、パイロット解釈、、、
なぜ「解釈」という名前がついているのかよく考えよう。

738 :あるケミストさん:2006/01/16(月) 20:21:54
>>737は何か勘違いしてると思う

739 :あるケミストさん:2006/01/16(月) 23:21:51
>>738は切腹

740 :あるケミストさん:2006/01/17(火) 13:46:26
科学は信じるか信じないかじゃなく、
それで自然が記述できて再現性があるかどうかだ。

741 :あるケミストさん:2006/01/17(火) 14:23:41
それだと辻褄の合う方程式が複数存在することがある
けど実際起きている現象は一つなんだから信じる信じないという話にもなるだろう

742 :あるケミストさん:2006/01/20(金) 01:59:28
観測問題までいくと、検証可能なのかどうか怪しくなってくるからなぁ。
信じる信じないって、未来で検証できそうな場合に抱けるものであって、
それが絶望的な場合はどれも信じると言えない希ガス。
「仮説」じゃなくて「解釈」ってなってるのは、
そういうところにあるんじゃないかな。

743 :あるケミストさん:2006/01/20(金) 21:30:46
コンパイラーどこの使ってます?

744 :あるケミストさん:2006/01/21(土) 09:20:27
>>743
そう言えば、PGI使わないな。
Linuxはgnuだけど、
intelも使ってる。
Windowsはbccか.net。


745 :743:2006/01/21(土) 13:22:26
ガウシアンのコンパイルはPGI以外でもいけますか?

746 :あるケミストさん:2006/01/21(土) 15:59:32
>>745
Intelでできるとはきいてますが。


747 :743:2006/01/21(土) 22:55:00
PGIは高価なので。。。
何かお薦めは?

748 :あるケミストさん:2006/01/22(日) 18:08:25
パフォーマンスを求めないなら GCC という手もあるけど。

749 :あるケミストさん:2006/01/23(月) 22:02:18
>>747
Intelはアカデミック無償だけど、どのみち自力でコンパイルしないと....
あとは同じくGCC。

750 :743:2006/01/23(月) 23:04:17
Intelはアカデミック無償←ってどこにでてます。URLとか教えてください。

751 :あるケミストさん:2006/01/24(火) 00:49:19
こんなところに書いたら汚れてしまうのでだめです。

752 :743:2006/01/24(火) 08:46:36
751さんへ 
 へ? どういうことでしょうか?

753 :あるケミストさん:2006/01/24(火) 15:13:45
>>749

アカデミック無償だっけ?
C++,FortranのIntelコンパイラfor Linuxって非商用全般が無償だった気がする。

754 :あるケミストさん:2006/01/25(水) 22:04:52
>>753
そうですね。正確には非商用全般が無償ですね。

755 :あるケミストさん:2006/01/27(金) 23:31:33
わけあって
量子化学の話題はこのスレでパート2
を探しています。誰か、保存してませんか?

756 :あるケミストさん:2006/01/27(金) 23:56:12
ほれ。
http://kasamatusan.sakura.ne.jp/cgi-bin2/src/ichi22891.zip.html

757 :あるケミストさん:2006/01/28(土) 18:35:59
ありがとう

758 :あるケミストさん:2006/01/30(月) 21:17:24
GAUSSIANで計算した時、1つの軌道準位の軌道係数の2乗を足して2倍にすると
電子数になるときいてますが、2にならないのはなぜ?

759 :あるケミストさん:2006/01/30(月) 22:40:55
分子軌道法についてもう少し勉強するべきだと思う

760 :あるケミストさん:2006/01/30(月) 23:19:51
重なり積分

761 :あるケミストさん:2006/01/31(火) 08:35:40
H先生は大変なときに工学科長になってしまいましたね。

762 :あるケミストさん:2006/01/31(火) 22:22:24
福井先生?

763 :あるケミストさん:2006/02/01(水) 00:16:27
東大の捏造騒ぎのことだろ。

764 :あるケミストさん:2006/02/01(水) 01:33:34
ヲレはてっきり彼が告発を誘導したのかと思ったよ。
この人なら大丈夫かと踏まれたという意味で。

765 :あるケミストさん:2006/02/01(水) 17:14:43
こっちのほうがいいでしょうか?
どなたか教えてくれませんか?
本当にわからないんです。
黒体放射の特徴で、量子論に基づかないと説明できない2つの特徴とはなんでしょうか?
Planckの量子仮説に基づいているそうなのですが。

766 :あるケミストさん:2006/02/01(水) 18:13:43
量子論における波動関数Ψの条件を4つ挙げなきゃいけないんだけど、
1、一価であること
2、連続であること
3、微分可能すなわち有界であること

あと1つ、何でしょう?
上でも質問してますが、ホントに困ってるんです明日試験なんです

767 :あるケミストさん:2006/02/01(水) 19:09:40
宿題スレに行け

768 :あるケミストさん:2006/02/01(水) 21:01:26
GAUSSIANで軌道ごとの電子密度を各原子ごとに計算する(または出力)には
どうすればよいのでしょうか?

769 :あるケミストさん:2006/02/02(木) 01:46:23
規格化されていることだろうな。

770 :あるケミストさん:2006/02/02(木) 05:33:38
規格化なんて必要ねー。
<Ψ|Ψ> で適宜割って使えばいいじゃん。

771 :あるケミストさん:2006/02/02(木) 12:30:05
>>768
MO から自分で計算すればいい。

772 :あるケミスト:2006/02/03(金) 06:08:17
生化学をやってる者なんですが、量子化学計算を用いたモデリング
というものに興味があります。
将来的に、私のような量子化学の知識が全くなない者が、遺伝子の発現機構や
代謝経路などとの、現在では定性的なモデルを、Gaussianなどのソフトを使って
定量的に解析する事は可能になるのでしょうか?
今のところ、どう言ったとこに問題があるのでしょう?単純にマシンパワーの
問題なのでしょうか、それとも理論的にミクロな現象とマクロな現象を
結びつける事が難しいのでしょうか?

773 :あるケミストさん:2006/02/04(土) 00:46:06
当分無理でしょう
10原子分子でも、計算条件によって平気で定性的にも間違った結果を出す
実験結果が無いと正しいかどうかも分からへんのです

774 :あるケミストさん:2006/02/04(土) 10:04:30
>>770
出力結果のどの数字をどう使えばよいのでしょうか?

775 :あるケミストさん:2006/02/04(土) 10:33:28
重なり積分

776 :あるケミストさん:2006/02/04(土) 14:35:06
ふらぐめんとえむおー

777 :あるケミストさん:2006/02/05(日) 05:36:05
>>774

>>766
 ↓
>>769
 ↓
>>770

>>768 とは無関係

778 :あるケミスト:2006/02/05(日) 08:52:35
>>773
ありがとうございました。


779 :あるケミストさん:2006/02/05(日) 15:12:00
>>777
判りました。


780 :あるケミストさん:2006/02/05(日) 19:33:09
ひとつの虚振動数があると遷移状態だっていうのはどうしてですか?

781 :あるケミストさん:2006/02/06(月) 00:08:08
>>780
お宅は遷移状態がどんなものか理解してないのではないか?

782 :あるケミストさん:2006/02/06(月) 00:33:46
基本的な質問ですが、GAUSSIANでUVスペクトルを計算するにはどうしたらいいのでしょう??


783 :あるケミストさん:2006/02/06(月) 01:30:50
>>781
むしろ虚振動のほうがよくわからないんですけど、
どういうことなんですか?

784 :あるケミストさん:2006/02/06(月) 02:58:06
虚振動→ポテンシャルが山

785 :あるケミストさん:2006/02/06(月) 10:34:19
高校物理で考えてみろ。
ばね定数がkなら振動数はk^(1/2)に比例するだろ。
正ならポテンシャルは下に凸で振動数は実数、
負ならポテンシャルは上に凸で振動数は虚数。
振動数が虚数のモードが1つだけあるのが遷移状態。

786 :あるケミストさん:2006/02/07(火) 01:36:54
>>784-785
なんかわかってきました
ありがとうございます

787 :あるケミストさん:2006/02/08(水) 20:49:33
PdのECPで内核を1S2S2Pとしたい場合どうすればよいのでしょうか?
GAMESSを使ってます。

788 :あるケミストさん:2006/02/09(木) 01:54:42
ソースを書き換える。

789 :あるケミストさん:2006/02/14(火) 19:41:33
>>788
ECPの部分ですよね?

790 :あるケミストさん:2006/02/15(水) 02:05:08
CCSDなど、CCの計算方法に関する日本語の文献ないでしょうか?

791 :あるケミストさん:2006/02/16(木) 04:55:51
>>790
実験化学講座12計算化学(丸善)、天ちゃんパート
かっこいいすわぁ

792 :PNNL:2006/02/16(木) 12:51:24
Gaussianばかり使っているようじゃ、日本の量子化学の将来はないね。
ソフトウェアの輸入ばかりやっているんじゃなくて、自分たちでプログラム
作れよ。

793 :あるケミストさん:2006/02/16(木) 19:35:00
確かにGaussianは高機能だけど、あれだけで済む研究ってのは
かなり範囲が限られるし、そんな人もそう多くはないんじゃないか。
ハミルトニアン自体を弄りたい、なんて要求にはお手上げだし。

794 :あるケミストさん:2006/02/16(木) 21:40:25
>>791
ありがとうございます。


795 :あるケミストさん:2006/02/17(金) 00:13:27
CCならN大先生だろ。

796 :あるケミストさん:2006/02/17(金) 07:25:29
>>792
マジでそのとおりだと思うぞ。

米国産の製品利用して論文書いているようじゃ、日本の基礎研究はどんどん廃れる。
ガウシアンは30年以上進んでいるプログラムだから、こういうのは国家プロジェクトでやるべきだな。


797 :あるケミストさん:2006/02/17(金) 11:16:24
つ http://science4.2ch.net/test/read.cgi/bake/1104533051/

798 :797:2006/02/17(金) 11:17:33
スレ汚しすまん

799 :あるケミストさん:2006/02/17(金) 22:49:34
ただ、「今から量子化学計算プログラムを作ろう!」ってのも後追い的で
よろしくない仕事のような希ガス。

800 :あるケミストさん:2006/02/17(金) 23:41:40
ソフトウェアエンジニアリングなんだから後追い的でもいいよ。
利用者へのきめ細かな気配りとか、まさに日本のお家芸だろ。

801 :あるケミストさん:2006/02/18(土) 00:09:26
国産プログラムというのは難しい問題だね。
必要だという意見もわからなくもないが、一方でそういうプロジェクトの
多くがただの自己満足だという事実もある。
そこをどう越えるかを真面目に考えないと、国産だということ以外に
何の取り柄もないソフトウェアができるよ。

802 :あるケミストさん:2006/02/18(土) 00:12:37
たとえばGauss型関数の積分ルーチンを1から書くなんて
車輪の再発明以外の何物でもない。
ユーザーインターフェースをどうにかしたいのなら
新しいGaussViewを作ろう、だけで話が終わってしまうし、
それは断じて「量子化学計算プログラム」ではない。
要するに「何をしたいか」が先になくちゃいけないわけで、
とにかく何か作ろうぜ、ってのは本末転倒だわな。

803 :あるケミストさん:2006/02/18(土) 00:13:09
時間かぶったけど801と802は別人ね。

804 :あるケミストさん:2006/02/18(土) 00:29:41
真面目な話、新しい量子化学計算プログラムよりも
新しいモデリング&ビューアーソフトを作るほうが
建設的かもしれない。

805 :あるケミストさん:2006/02/18(土) 22:52:05
ところで、SAC-CI法ってGAMESSではまだ使えないのですか?

806 :あるケミストさん:2006/02/18(土) 22:55:23
使えたんじゃなかったっけ?
違う名前だけどw

807 :あるケミストさん:2006/02/19(日) 03:15:04
PC-Gamessがダウンロードできません
説明通りにやってるつもりなのに

808 :あるケミストさん:2006/02/19(日) 04:38:19
2つ目のパスワードを入力する際に
キーボード叩いてもまったく文字が出ません
ご教授願います

809 :あるケミストさん:2006/02/19(日) 07:56:39
>>808
もういちどメールして手順を聞いてみては?

810 :あるケミストさん:2006/02/19(日) 12:40:19
805>>
EOM-CC

811 :あるケミストさん:2006/02/19(日) 20:42:52
>>810
thanks.

812 :あるケミストさん:2006/02/20(月) 22:20:47
N辻先生らのSAC-CIの開発は、理論体系として同様なBartlettグループの
EOM-CCやデンマークグループのものとくらべて、驚くべきことに
10年も先んじていたにもかかわらず、今日世界的には、EOM-CCの名称が
圧倒的にポピューラーなようです。英語の発音的には
SACとSUCK(最低〜)が同じというのが忌々しいところです。
SAC/SAC-CIのGaussianデビューで情勢がかわることを期待しています。

813 :あるケミストさん:2006/02/21(火) 02:06:43
>>812

SACとsuckの発音は違うだろ。
区別がつかない日本人が多いだけで。

814 :あるケミストさん:2006/02/21(火) 08:02:28
全く同じである必要もないと思うが。

815 :あるケミストさん:2006/02/21(火) 15:54:39
>>814

君もcapとcupの聞き分けくらいできるでしょ?
英米人にとっては、別の母音だね。
それより、ご本人の発音が時にsuckなのが、むしろ気になる。

816 :あるケミストさん:2006/02/21(火) 20:22:31
>>812
EOM-CCっていろんなソフトで使えるみたいです。
SAC-CIは日本の開発環境(風土)の問題でこうなったのでは。。。


817 :あるケミストさん:2006/02/21(火) 21:20:48
>>815
同じ子音で比べなきゃ・・・。
子音が違えば母音の聞こえ方も随分変わるぜ。
cap と cup では「全く違う」けど、
SAC と suck だと「違うけど似てる」くらいにはなる。

818 :あるケミストさん:2006/02/22(水) 02:14:11
で、SAC-CIとEOM-CCの違いはなに?微妙に違うって聞いたことあるけど。

819 :あるケミストさん:2006/02/25(土) 03:33:04
SAC-CIって便利なの?
うちの研究室はまだGAUSSIAN98だから関係ないんだけどさ... orz


820 :あるケミストさん:2006/02/25(土) 11:04:15
>>819
EOM-CCはGAMESSでできるようだから
GAMESS使って試してみれば?
もっと何が便利か調査中だけど。。。。

821 :あるケミストさん:2006/02/25(土) 18:09:37
サックは重すぎて使うのやめた
アウトプットも気に入らない

822 :あるケミストさん:2006/02/28(火) 21:40:39
EOM-CCSDの入力いまいち判らん。
誰かサンプル例教えて。

823 :あるケミストさん:2006/02/28(火) 21:41:17
>>822
GAMESSです。

824 :あるケミストさん:2006/03/04(土) 02:40:42
単発質問で申し訳ないですが、溶媒の設定に関して教えてください。
THF溶媒を指定する場合、"SOLVNT=THF"だけでいいんでしょうか?
EPSとかRSOLVとかの指定は当然のごとく不要?

825 :あるケミストさん:2006/03/04(土) 11:30:21
>>824
何のソフト?

826 :あるケミストさん:2006/03/04(土) 12:11:04
>>825
GAMESSです。。。

827 :あるケミストさん:2006/03/04(土) 23:39:18
>>826
アーカイブみたらデフォルトで計算してみたか?って書いてあった。
そのまま計算してみたら?


828 :あるケミストさん:2006/03/05(日) 22:49:34
さっきコンビに行ったら、ガキが安いお菓子をポケットに入れて店を出て行ったんだよ。
それで俺もそのまま追いかける形で店出たら、
そのガキが5〜6軒先の本屋の前で立ち止まって、
店の外で回転するラックんとこで昆虫図鑑みたいの見始めたんで声をかけたのよ。
「さっきの店から持って来たモン、俺が謝って返しといてやるから。もうやるな」って。
そのガキ、しばらく唇噛みながら俺をじっと見つめてたんだが、
だんだん目に涙が浮かんで来て
「ごめんなさい」
って言いながらポケットから菓子出して俺に渡した。
色々有ると思うけど、男はどんな時でも間違った事だけはしちゃいけねえよ
みたいな事を軽く説教してやった。
ガキはずっと黙ってたが、俺がじゃあなって行こうとしたら、
後ろから袖を引っ張って、俺の目を真っ直ぐ見つめながら
「もう絶対しない・・・男だから」
って強い口調で言った。そんで、
俺、その菓子食いながら家に帰った


829 :あるケミストさん:2006/03/05(日) 23:52:08
なんでこんなスレにこんなコピペを貼るのかわからん。
こんなスレの住人ならこれがコピペだとはわかるまい、とか思ったのか?

830 :あるケミストさん:2006/03/12(日) 11:16:02
ACESIIってどんなソフト?

831 :あるケミストさん:2006/03/14(火) 21:09:08
アルファチップのマシン使っている研究室ありますか?

832 :あるケミストさん:2006/03/15(水) 00:09:00
量子でパソコン作れるってマジ?

833 :あるケミストさん:2006/03/16(木) 00:15:03
>>831
前いた研究室ではAlphaが現役だった。それも21164。
まあ、実際には計算はほとんどやらないで、RasMolとかGaussViewのためのX端末と化してたけど。

834 :あるケミストさん:2006/03/17(金) 19:16:30
励起状態での反応を解析する手法は何がよいでしょうか?


835 :あるケミストさん:2006/03/17(金) 22:16:46
僕のちんちんも励起してます

836 :あるケミストさん:2006/03/18(土) 13:26:04
京都の旨いもん屋さらせ。ICQCのとき食いに行くから。さがすのしんどし。

837 :あるケミストさん:2006/03/18(土) 16:57:38
君みたいな無職は北部生協で十分じゃないか。

838 :あるケミストさん:2006/03/18(土) 22:49:32
>>834
何を計算するかによるが、励起状態ならMOPACよりMOS-Fを使った方が妥当と思われ。

839 :あるケミストさん:2006/03/19(日) 23:30:25
>>838
ab-initioではどうでしょうか?

840 :あるケミストさん:2006/03/22(水) 18:33:20
量子化学の入門書はどれですか?

841 :あるケミストさん:2006/03/22(水) 21:01:57
>>840
橋元の物理

842 :あるケミストさん:2006/03/24(金) 02:34:32
Szabo

843 :あるケミストさん:2006/03/25(土) 12:06:33
double-zetaと言ってもいろいろあるけど
何を使えばいいのでしょうか?
基準とかあるのでしょうか?

844 :あるケミストさん:2006/03/25(土) 12:28:25
カンと経験

845 :あるケミストさん:2006/03/25(土) 12:37:30
実際に計算して比較してみる。

846 :あるケミストさん:2006/03/25(土) 18:43:27
>>845
例えば、エネルギーの値で比較してよいのでしょうか?

847 :あるケミストさん:2006/03/25(土) 19:50:43
基底関数増やしても目的のプロパティにあまり影響しないなら、
増やした基底関数はおおむね無駄だった、と。

848 :あるケミストさん:2006/03/26(日) 23:47:08
既定関数はCPU占有時間が長いんじゃゴルァ!ってな苦情が来ない程度に設定するのがヨイ。

849 :あるケミストさん:2006/03/27(月) 12:34:54
量子化学の研究室に入りたい大学三年でつが、
高校時代に物理を取っていませんでした。しかし、量子化学
を極めるためには高校物理はどの程度できなければならないでしょうか?


850 :あるケミストさん:2006/03/27(月) 12:38:43
地方国立大のものなんですが、私大の関西学院の尾崎教授
の研究室ってどうなんですか?論文はかなりだしてるみたいですが・・・


851 :あるケミストさん:2006/03/27(月) 22:25:31
>>849
大学からでも間に合うのでは?


852 :あるケミストさん:2006/03/28(火) 04:36:35
間に合うとかじゃなくて、高校の物理は必須
というか物理化学の気体の運動論とか、どやって乗り切ったか不思議

853 :849:2006/03/28(火) 05:43:28
レスありがとうございます。
もちろん高校の物理が必須なのはわかっていて、今勉強中
です。レベルの問題として、例えば国公立大の入試問題を解けるくらいの
理解力が必要なのでしょうか?それとも簡単な問題集の基本問題を解ける
くらいでいいのでしょうか?

854 :あるケミストさん:2006/03/28(火) 12:55:56
高校物理なしで大学三年まで進める環境に量子化学の研究室があるというのも驚きだな。

855 :849:2006/03/28(火) 15:01:15
>>854
授業で出てきた知らない知識はその都度自分で勉強していました。



856 :あるケミストさん:2006/03/28(火) 21:16:11
>>853
高校の物理をいまさらやっても時間がもったいない。
解析学、線形代数、複素関数論、量子力学、力学、
統計力学、電磁気学、物理数学、微分方程式をやった方が
むだがない。


857 :あるケミストさん:2006/03/29(水) 01:38:32
ガウシアンうごかすだけだったらそんなに要らない。

858 :あるケミストさん:2006/03/29(水) 04:42:17
「量子化学を極める」≠「Gaussian 動かすだけ」

859 :あるケミストさん:2006/03/30(木) 23:03:01
>>858
たしかに。


860 :あるケミストさん:2006/03/30(木) 23:39:29
というか私立大学とか下位国立って、Gaussianあるの?

861 :あるケミストさん:2006/03/31(金) 13:17:15
うち底辺国立だけどあるよ

862 :あるケミストさん:2006/03/32(土) 14:01:19
別にGAUSSIANにこだわる必要ないね。

863 :あるケミストさん:2006/04/02(日) 02:26:03
ICQC少し酷いな、人選が。
少なくともしがらみのない若手はほとんどサテライトに流れるぞ。

864 :あるケミストさん:2006/04/02(日) 04:18:25
>>863

ていうか、サテライトが張り切りすぎなんだよ。
本会議への配慮が感じられないところが、イタイな。

865 :キング ◆Y7mu34jD/I :2006/04/02(日) 13:25:06
よくも「ザ・予告」にカキコ出来なくしてくれたな!

化学板にハリケーンを直撃させます。

キングと話て解決などと2どとないわぁぁぁーー!

866 :あるケミストさん:2006/04/02(日) 16:18:32
>>863
人選ひどいかな? それより参加費が高すぎる。

867 :あるケミストさん:2006/04/04(火) 12:21:49
>>864
だいたい学食がご馳走とかいうド田舎メイン会場が張り切れてないのがイタイだよ。
ホームページも最もしょぼいくね。「本会議への配慮」とかいう役人的感覚がくそ。

868 :あるケミストさん:2006/04/04(火) 18:48:31
>>867

ローム記念館と思ってないかい?会場はテルサだよ。

869 :あるケミストさん:2006/04/05(水) 13:05:41
>>868
会場がテルサというのは知ってる、テルサが学食が食えるところと結構遠いのも知っている。
でも学食しかないというのが京都というところなのだ。京都行ったことなくね?
行ったことあるなら、そんな愚問は出てこないはずだ。

870 :あるケミストさん:2006/04/05(水) 16:16:29
京都駅より南は京都ではない!

871 :あるケミストさん:2006/04/05(水) 19:01:06
京都は下鴨から四条までじゃないの?

872 :あるケミストさん:2006/04/06(木) 16:49:02
VASPの詳しいスレッド教えてください。

873 :あるケミストさん:2006/04/08(土) 08:00:24
>>872
http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp-forum/news.php


874 :あるケミストさん:2006/04/11(火) 03:38:26
>>870
大阪は日本じゃないよな

875 :あるケミストさん:2006/04/11(火) 17:39:30
なにおう!

876 :あるケミストさん:2006/04/14(金) 20:51:18
QMMDやQMMMで簡単にできるソフトって何かない?

877 :あるケミストさん:2006/04/15(土) 08:54:36
チョンは人間じゃないよな

878 :あるケミストさん:2006/04/15(土) 20:56:45
最近100件>>
おまいら、ちょっと待て。
量子化学と銘打ちながら、この板の程度の低さは。
理論化学第一分野でも、最下層の言動が誤解を招くこともあることに注意。

879 :あるケミストさん:2006/04/15(土) 23:12:04
うんこに何言っても無駄。
877とかスレタイも読めない文盲だし。

>理論化学第一分野
これからもそうなのだろうか?
単なる既成ソフトのユーザーが増えてるような..

880 :あるケミストさん:2006/04/17(月) 20:12:28
>>879
たしかに。
「既製ソフトを使うだけで、計算を専門にやってます。
でも理論はわかりません」、
っていう会社があったな〜。
そんなところに就職したくないね。


881 :あるケミストさん:2006/04/17(月) 22:25:38
>>880
会社ならそれでいいかと。
というより「計算やるのに理論わからないなんてバカじゃねえの」みたいな
人は採用されないと思う。

882 :あるケミストさん:2006/04/17(月) 22:35:16
ある程度理論が分かってないと、
計算の正当性の議論ができないじゃんかよ。

883 :あるケミストさん:2006/04/18(火) 00:29:34
営利企業の場合、ある一定のレベルさえ満たしていれば、あとは
役に立つ方法=正当 だからね。
「ある一定のレベル」を判断できないようだと困るが、それさえわかっていれば
既製ソフトを使うだけでも何ら問題ない。

884 :あるケミストさん:2006/04/18(火) 02:32:28
ならオーバーエスチメートとかする糞パッケージを直せよ
計算が正しいかどうかなんて、実験と比較しなきゃ分からんのだし
理論も糞もねー
アブイニチオをもっと信じてやってくれ

885 :あるケミストさん:2006/04/18(火) 10:18:08
ab initio に幻想持ち過ぎかと。
所詮、計算コストと信頼性はトレードオフだぜ。

886 :あるケミストさん:2006/04/18(火) 21:39:07
ヘビーな計算すれば正しい値が出るとも限らないのが厄介なとこだよなあ

887 :あるケミストさん:2006/04/19(水) 08:09:40
>>885
確かに、なんでもかんでもabinitioって感があるね。
自己満足はできるかもね。


888 :あるケミストさん:2006/04/19(水) 10:19:32
それじゃ、実験やって初めて信頼されるわけか?

889 :あるケミストさん:2006/04/19(水) 10:34:38
そこで、mopac使いの漏れが登場ですよ。

890 :あるケミストさん:2006/04/19(水) 18:02:43
実験と照らし合わせて信頼性があると思われる精度で
まだ実験されていない系を計算すれば、
その結果はそれなりに信頼できる。

891 :あるケミストさん:2006/04/19(水) 23:20:11
やっぱ自分でプログラム書けなきゃだめでしょ?!
ただ画牛案つかってるだけの人はダメダメ!
でもまあ、実験やってる人もただNMRやレーザーを
使えるだけの人もいるしね・・・
世の中そんなもんかな?
と、上からものいってるオレもプログラムかけません
トホホ・・・

892 :あるケミストさん:2006/04/19(水) 23:34:13
プログラム書けないって、どういうレベルなの?
フォートランの書き方しらんとか?

893 :あるケミストさん:2006/04/20(木) 08:37:02
ここで自然にフォートランの名前が出てくるこの業界が嫌だ。

894 :あるケミストさん:2006/04/21(金) 07:39:24
>>891
コードかかなくても方程式を解くとかもあえいだが。
でも、そこそこ20原子くらいでガウシアンで
UV計算しました、あいましたということを
さも自分の実力と言っているのも困るな。




895 :あるケミストさん:2006/04/21(金) 11:45:52
>>893
C++もFORTRANもどっちも使えるけど、
コードの読みやすで言えばC++の方が段違いで上だと思う。
FORTRANってどうしたって古い言語だから
設計思想もそれに引きずられて古くならざるを得ない。
この間読んだコードはグローバル変数使いまくり
EQUIVALENCE文使いまくりで
書いた奴に割と本気で殺意が湧いた。

896 :あるケミストさん:2006/04/22(土) 00:21:34
まぁみんなもちつけ





897 :あるケミストさん:2006/04/22(土) 02:59:26
>>895
ある程度はグローバル変数を使わないと、
引数が数行に渡る罠。
FORTRAN77 糞杉。
せめて 90 だな。

898 :あるケミストさん:2006/04/22(土) 16:15:29
>>895
C++のコードを増やして欲しいな。


899 :あるケミストさん:2006/04/22(土) 18:29:38
>>890
>まだ実験されていない系
ってのは、計算と照らし合わされた系とどの程度の差までが許されるんだ?

900 :あるケミストさん:2006/04/22(土) 18:37:00
>>899
究極的には、その予言が実験で確認できるかどうかだと思われ。

901 :あるケミストさん:2006/04/22(土) 19:38:47
>>897
>引数が数行に渡る
これもC++なら構造体なりクラスなりを使って回避できるし、
参照渡しすればオーバーヘッドもたいしたものにはならない。
ついでに言えば引数が数行になるのも
一種の「文化」として許容されているわけで…
もちろんFORTANにも良いところがあるのは分かるけれど、
もう少しC++で書かれたコードが増えていいと思うよ。

902 :あるケミストさん:2006/04/22(土) 20:42:13
ふぉーとらんでも別にいいから、
せめて 90 以降使えと言いたい。

903 :あるケミストさん:2006/04/22(土) 20:48:56
77なんて使いにくいだけなのに

904 :あるケミストさん:2006/04/22(土) 21:35:30
F77 のココがダメ!

・引数チェックが弱い
・構造体が無い
・再帰呼出できない
・長い名前が非標準
・while, switch, break, continue 相当の構文が無い
・END DO が非標準
・コードの書けるカラム範囲が決まってる
・行番号を使う
・浮動小数点数がデフォルトで単精度

905 :あるケミストさん:2006/04/23(日) 14:11:33
あえてF77を使っているところって
伝統技を継承しているんだろうな。


906 :あるケミストさん:2006/04/23(日) 16:07:41
>905
古いコードの流用とも言うな

907 :あるケミストさん:2006/04/23(日) 20:01:46
F77 しか教える能力が無いんだよ。

908 :あるケミストさん:2006/04/24(月) 03:34:34
F77サイコー!あほにこのスマートさがわかるか!
学生君も数日でプログラムがかけるようになるシンプルな仕様すごすぎ。
いちいちプロトタイプ書いとたられるかぁ。
アロケーターだけはほしいけどな。

909 :あるケミストさん:2006/04/24(月) 03:53:39
漏れのセックスは非経験的で自己無頓着

910 :あるケミストさん:2006/04/24(月) 11:02:57
>>908
はいはい、入門言語入門言語。

911 :質問:2006/04/26(水) 14:28:41
このスレで質問していいんでしょうか?もし分野違いとかなら誘導お願
いします。

オービタルの【d軌道】のdの語源教えて下さい。




912 :あるケミストさん:2006/04/26(水) 15:10:22
DELTAです

913 :あるケミストさん:2006/04/26(水) 15:14:36
それは脳波の D 波では。

914 :911:2006/04/26(水) 16:43:25
>>912 >>913
d軌道の『d』は デルタのdってことで宜しいのでしょうか?
厚かましいですが、正解の方をお願いしますm(__)m

915 :あるケミストさん:2006/04/26(水) 17:01:59
delta wave は脳波のδ、θ、α、β、γ波のδ波(D 波)であって、
S 波 P 波 D 波の D 波とは別なはず。
後者の D 波も何かの頭文字だけど、何だったか忘れたなあ。

916 :あるケミストさん:2006/04/27(木) 01:41:46
パワ〜ウェイヴ!
パワーゲイザーのコマンドが難しいんだよね!
な〜んちゃって!

まじめに答えると、なんか原子スペクトルが
s軌道は sharp な形
p軌道は principal な形(中心に山がある)
d軌道は difuse な形(広がってブロードってことかな)
らしいよ〜、オレは実験やったことないけど!


917 :あるケミストさん:2006/04/27(木) 02:00:53
あー、そうだったそうだった。
よく覚えてるね。

f と g まであったと思うけど、
f と g は何だっけ?

918 :911:2006/04/27(木) 09:56:13
皆さん有難うございます!医大生曰く、
s sharp
p principal
d diffuse
f fundamental
らしいです。パンキョーの教科書にあったらしいです。
ネットにはなかったのになぁ…

919 :あるケミストさん:2006/04/28(金) 18:00:45
ですね。
gから先はfに続くアルファベット順です。
もう考えるの面倒くさかったんだろね。

920 :あるケミストさん:2006/04/28(金) 21:23:37
f,g,h,i,kでkから後はアルファベット順ね

921 :あるケミストさん:2006/04/28(金) 22:47:28
あれ?
Gaussian で J 軌道無かったっけ?

922 :あるケミストさん:2006/04/29(土) 02:35:25
>>873
2ちゃんねるでVASPのこと書いてあるところ探しています。

923 :あるケミストさん:2006/04/29(土) 12:35:36
>>922
ない。
密度汎関数に関するHPがあったけど(日本語)。
場所わすれた。

924 :あるケミストさん:2006/04/30(日) 20:33:48
CACheでGaussian03が動かせた。チョー感動。

925 :あるケミストさん:2006/05/01(月) 03:45:12
コマンドラインでうごかせ。

926 :あるケミストさん:2006/05/01(月) 23:59:11
ここに書き込みしている人の中で
CASTEPとかDMol使ってる人いる?
GUI でやりたい人はアクセルリスの
ばか高いソフト使うのかな?
でもDMolはDFTしか使えないか。
やっぱここの人はGaussianばっかり?

927 :あるケミストさん:2006/05/03(水) 08:54:58
>>926
GUIなくてもCASTEP高い。
他のソフトを考えた方がいい。

928 :あるケミストさん:2006/05/03(水) 12:42:25
>926
つVASP
つPWscf

GUIにこだわってると
損するよ。
作る側からすると手間の割りに恩恵が少ないから。

929 :あるケミストさん:2006/05/03(水) 23:36:23
>>926
でも計算化学/量子化学出身の人以外で計算やる
ひとはGUIかな? まずUNIXコマンドわかってない
しね・・・
やっぱGAMESS/MOLPRO/MOLCAS は GUI がないから
あんまり普及しないのかな?
でもGaussViewでGaussianやってるのかも。GaussViewも
高いけど。

930 :あるケミストさん:2006/05/04(木) 11:29:05
>>929
GAMESSは探すと結構便利はツールが
あるよ(WinGamess、ghemical、facio..)。
GAMESSのサイトにも紹介されてるし。

931 :あるケミストさん:2006/05/04(木) 12:06:51
全体的に量子化学計算のGUIはやっつけ仕事っぽいところがある。
開発者側の意識が>>928だからな。

932 :あるケミストさん:2006/05/04(木) 12:14:28
そういうところにプログラマーとして食い込めないかなあ…

933 :あるケミストさん:2006/05/04(木) 15:36:04
結果の可視化はいいけど、
入力に関しては GUI に魅力を感じないどころか、
CUI の方が遥かに便利に思う。
一連の計算の自動化とか、
CUI だとスクリプト書けばいいケド、
GUI だと GUI 自身にその機能がないと辛い。

GUI なんかどうでもいいから、
インプットファイルの文法をもっとしっかりして欲しい。

934 :あるケミストさん:2006/05/04(木) 15:42:38
確かに便利なポストプロセシング環境がほしいな
結果の可視化はGUIの法が圧倒的に有利

935 :あるケミストさん:2006/05/04(木) 15:45:51
条件を試行錯誤しないといけない
計算化学でいちいちGUIでジョブ投入なんてしないよ
シェルスクリプトとかpythonで
一気にやっちゃうのが効率的でしょ

936 :あるケミストさん:2006/05/04(木) 22:00:03
確かにCUIでやった方が効率的だね。
でも会社に入って実験から計算に転向した人は
GUIだろうな、きっと。
オレも研究室に入るまでは Windowsサイコー!って
思ってたし。今はターミナルがサイコー!、マウス
なんてイラネーだけど。
でも python は使ったことないな、pymol はきれい
だから使ってるけど。

937 :あるケミストさん:2006/05/04(木) 22:00:12
ただ、そういうところで革新的なGUIを投入するのが本当の天才プログラマだな。
まあ、そういう人はもっと食える世界に行っているわけだがw

938 :あるケミストさん:2006/05/04(木) 22:05:58
売れるソフトつくるってなったら、やっぱりGUIが必要なんだろうな。
でも量子のひとで可視化プログラムかけるひとはいないだろうなー。
企業レベルならまだしも研究室では・・・
やっぱ OpenGL ? いまは DirectX なのか? それとも
Fortran90 とか C++ で1から可視化してたらエライね!

939 :あるケミストさん:2006/05/04(木) 23:32:57
プログラムが書ける人がいたとして、
雇ってくれる所はあるのか?

940 :あるケミストさん:2006/05/04(木) 23:42:28
>939
とりあえず書けば商品なり交渉材料なり
にできるんじゃね?

941 :あるケミストさん:2006/05/05(金) 04:19:50
>>939
幕張のF通

942 :あるケミストさん:2006/05/05(金) 14:21:49
>>940
うれる数から、現実は厳しいね。


943 :あるケミストさん:2006/05/05(金) 15:14:57
だから商品とするよりは
プログラムで自分を売り込むしか…

944 :あるケミストさん:2006/05/06(土) 00:33:16
おれガウシアンのある部分のプログラムつくった人にあった。
てか毎日見てる。
同じ研究室やもん。
ガウシアン使うのも大事だけど、解釈も頑張ってね。


945 :あるケミストさん:2006/05/06(土) 00:34:16
 ハ,,ハ
('(゚∀゚∩_ おいらをどこかのスレに送って!
/ヽ 〈/\ お別れの時にはお土産を持たせてね!
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| .モツ煮..|/
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946 :あるケミストさん:2006/05/06(土) 20:52:28
ICQCの発表内容がまだ無いわけだが
見切り発車した要旨との乖離がやばすぎる・・・

947 :あるケミストさん:2006/05/07(日) 12:45:22
俺なんかICQCと学心が重なって死にそうだ
ICQCのポスター作り始めてすらないし

948 :あるケミストさん:2006/05/08(月) 02:18:05
G98W_A7を使っていますが、出力のIOpの読み方が分かりません。例えば、CO2の
B3LYP/6-31G(d)による最適化の場合(# B3LYP/6-31G(d) Opt)、このIOpは
--------------------
1/14=-1,18=20,26=3,38=1/1,3;
2/9=110,17=6,18=5/2;
3/5=1,6=6,7=1,11=2,25=1,30=1/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=4,42=-5/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20/3(1);
99//99;
2/9=110/2;
3/5=1,6=6,7=1,11=2,25=1,30=1/1,2,3;
4/5=5,16=2/1;
5/5=2,38=4,42=-5/2;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20/3(-5);
2/9=110/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
99/9=1/99;
---------------------
となります。これらをhelpを参照しながら(自分なりに)読むと、 1/14=-1は「Overlay 1のIOp(14)」
と解釈して、
  IOp(14)
  L103: Maximum number of bad steps to allow before doing a linear minimization
  (i.e., no quadratic step) will be attempted:0 Default. (0 for TS, 1 for minima).
となりますが、-1という指定値は存在しません。また、 2/9=110で「Overlay 2のIOp(9)」を見ても
110という指定値しません。
読み方が根本から間違っている可能性がありますが、アドバイスを願います。
また、「4//1」のダブルスラッシュ//の意味も教えて下さい。

949 :948:2006/05/08(月) 02:28:54
すみません・・・・ 
上では出力IOpを全部貼ったため、かなり縦長になってしまいました。
以後気を付けます。

950 :あるケミストさん:2006/05/08(月) 02:34:04
とりあえずダブルスラッシュは
スラッシュの間に何もないだけ。
その出力の読み方は忘れた・・・。

951 :あるケミストさん:2006/05/09(火) 13:25:11
第三次荒し戦争の幕開けだ

952 :あるケミストさん:2006/05/11(木) 06:44:53
>>948
隠しオプションがある場合も・・・あるかもね。

953 :あるケミストさん:2006/05/12(金) 18:41:37
いい加減学会のポスターつくらんと…。

954 :あるケミストさん:2006/05/13(土) 01:16:25
誰も俺のポスターなんか見ないさ…
なのにこの苦労は一体

955 :あるケミストさん:2006/05/13(土) 01:17:44
英語で質問されるよりはマシだよ。

956 :あるケミストさん:2006/05/14(日) 11:47:38
質問です。
1辺が1mの立方体の中に1kgの物体がある。
この物体の最低エネルギー順位とその上にあるエネルギー順位の差を求めよ。

という問題なのですが、n=1とn=2の時のエネルギーの差をとればいいってことは
わかるのですが、1辺が1mの立方体に入っているというのをどう利用するのかが
わかりません。何の意味があってこんなこと言っているんでしょうorz


957 :あるケミストさん:2006/05/14(日) 11:59:23
すみませn。すれ違いのようで、、質問スレ行きます。

958 :あるケミストさん:2006/05/23(火) 20:09:29
ICQC逝ってる人いる?

959 :あるケミストさん:2006/05/24(水) 02:27:22
毎日行ってるお

960 :あるケミストさん:2006/05/24(水) 02:31:08
関西人なら ICQC

961 :あるケミストさん:2006/05/25(木) 19:07:49
UHF とは?

 13ch 以降のやつ → 一般人
 unrestricted Hartree-Fock → 量子化学者
 ultra-high frequency → これもある種のマニア

962 :あるケミストさん:2006/05/27(土) 04:52:22
初歩的な質問でスマソ
3-21G(d)と6-31G(d)で比較した場合、軌道のエネルギーレベルって結構変わってくるものなの?
それとも大体同じくらいになるの?

963 :あるケミストさん:2006/05/27(土) 22:43:28
大学時代に物理化学を専攻していたのですが、だいぶん忘れてしまいました。
10年前の話しです。

もう一度、量子化学を1から始めたいと思っています。
何か良い学術書やウェブページがあったら教えてください。

964 :あるケミストさん:2006/05/27(土) 23:49:49
>>963
http://www.sweetnote.com/images/3dec0e31050b9b44ed86082bee32d80a.jpg

965 :あるケミストさん:2006/05/28(日) 10:41:04
>>963
新しい量子化学

966 :あるケミストさん:2006/05/28(日) 11:27:05
>>965
バカ此を見ろ
http://dremnet.ash.cc/halfangels/image006.jpg
ヘヘヘwww今度は真面目に
http://www.senris.com/tgp/mg/3447.jpg
>>963
さっきの間違いね此を見ろ見てほしいのぉ〜














http://www.sweetnote.com/images/3bec0e31050b9b44ed86082bee32d80a.jpg

967 :あるケミストさん:2006/05/28(日) 11:41:24
>>965今度こそ間違わないで此を見ろ河馬
http://dreamnet.ash.cc/halfangels/image006.jpg

968 :あるケミストさん:2006/05/28(日) 22:47:55
こんなあからさまに怪しい URL 踏む奴なんているのか?

969 :あるケミストさん:2006/05/29(月) 02:03:19
グロ系?見てないけど。量子スレってレベル低いね。

970 :あるケミストさん:2006/05/29(月) 13:16:46
ICQCで日本人の講演を聞いたけど、単語と単語の間に「アッー!」と入れる癖があるから聞きにくかった。もうHOMOかと。

971 :あるケミストさん:2006/06/13(火) 02:24:13
エラい先生が子飼に発表練習させる習慣はそろそろ止めた方がよいな。

972 :あるケミストさん:2006/06/13(火) 19:57:30
金属系の場合って全スピンはどうなると思います?

自由電子はスピンにどのように寄与するのかわかりません。
だれかお知恵を〜

973 :あるケミストさん:2006/06/13(火) 23:23:50
日本語でお願いしまーす

974 :あるケミストさん:2006/06/14(水) 00:02:54
>>973
国語の成績悪かったでしょ。

975 :あるケミストさん:2006/06/14(水) 00:41:47
漏れは973ではないけど、「全スピンはどうなると思います?」はヒドイ質問ではないかとw
何がききたいのかさっぱりわからん

976 :あるケミストさん:2006/06/14(水) 22:21:00
無機でも勉強したら。

977 :あるケミストさん:2006/06/15(木) 03:29:52
自由電子にもスピンはある。

978 :973:2006/06/15(木) 21:28:22
972=974

げらげら

979 :あるケミストさん:2006/06/16(金) 12:28:48
おまえらって摂動近似何次まで手計算できますか。

980 :あるケミストさん:2006/06/18(日) 16:22:19
質問です。
テトラアンミン銅(U)イオンはSP3混成軌道ではないと言われたのですが、
自分で考えても他の答えが思いつきません。
どなたか、教えて下さい。お願いします

981 :あるケミストさん:2006/06/20(火) 11:33:15
>>980

・銅の電子配置はどうなってるの?
・p電子はどっからでてくるの?
・配位錯体は習ったの?

参考文献:ポーリング、クールソンの(化学結合論)あたりかな。図書館にあるっしょ。


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